派系林立：国民党友军有难，不动如山
如果说团结一致是我人民解放军无坚不摧、取得胜利的重要保证，那么，国民党军队派系林立，军队内部不和谐，导致“友军有难，不动如山”，应该是促使国民党军队最后失败的直接原因之一。
国民党军队的派系早在孙中山依靠地方军阀建立政权时就产生了，后来几经整编平叛，终于成立了由国民政府军事委员会统一指挥的国民革命军。实际上，第一批成立的8个军就分为8个派系，在接下来的北伐战争中又有各路军阀接受了国民政府的收编，这就使本来已经复杂的派系变得更为复杂。
在军阀混战中，蒋介石战胜了其他各路实力派，成为掌握全国军政大权的领袖人物。事实上，蒋介石因为自身实力有限，加上红军在全国各地的革命以及日本对中国的逐步蚕食，他又不得不依靠这些名义上归顺中央的军阀维持现状，以维护他的统治。抗战胜利后，大派系还留有李宗仁、阎锡山等，其他小派系如马步芳、马鸿逵、冯治安、刘汝明、刘文辉、邓锡侯等更是不胜枚举，就连蒋介石所谓的中央军也分嫡系和旁系，嫡系大的部队就有陈诚、胡宗南和汤恩伯率领的部队，小的则有孙立人、杜聿明、王耀武、李弥率领的部队，当然还有别的一些分支。
这些派系的形成使得国民党军队内部矛盾重重。嫡系看不起旁系和杂牌，作战时总让杂牌充当炮灰。杂牌则为自保，出工不出力。在同一系统中又因争权夺利而产生矛盾。这就从根本上形成了嫡系与杂牌之间的互不信任，同系与同系间的面和心不和，从而给了人民解放军各个击破的机会。
据第五绥区副司令胡临聪回忆，在1946年9月的定陶战役中，整三师师长赵锡田为陆军总司令顾祝同的外甥，为人骄横跋扈，对绥区抱若有若无态度，私人之间与绥区司令官孙震亦少接触，彼此存有隔阂。赵锡田接到郑州绥署的进攻命令后，不向绥区司令官孙震请示即径往前线，意欲一战成名而取代孙的位置，使孙甚为不满。当赵锡田部被围请求增援时，孙有意使赵栽跟斗，以报赵目中无人并企图取而代之之恨，没有令在附近的整四十一师积极增援，致整三师被歼，赵锡田被俘。
1947年7月，作为中央军的宋瑞珂（陈诚系中坚骨干）整编第六十六师被围于羊山集，负责指挥的第二兵团司令官王敬久命令杂牌刘汝明的整编第五十五师和整编第六十八师驰援，但刘汝明的两个师先前已经遭到解放军打击，为保存部队实力和自己的政治资本，名义上服从出援的命令，实际却行动缓慢，坐看整六十六师的覆没。为挽救宋瑞珂，蒋介石亲飞开封督战，以期解救出第六十六师，但战役进行了12个昼夜，其他国军部队也没有一个能抵近进行救援，其中攻击受阻是主要原因，但其他部队见死不救保存自己也是重要原因。战役进行至第9日，国民党王仲廉率整编第十师、第二〇六师、第八十二旅已抵冉固集，距羊山仅一天的路程；王敬久距羊山5公里；鲁道源在万福河对岸，与羊山隔河相望。倘若援敌主动接战，进展迅速，不但可以打乱我解放军的总攻部署，甚至有把第六十六师接应出去的可能。但他们都没有这样做，如王敬久近在咫尺，除了一次次欺骗的电告，并不肯接近羊山集一步。宋瑞珂当时已经认识到：战不胜，守不固，非吾之罪，内自致也。再有开封战役，守军指挥官李仲辛将自己仅有的一个旅担负全城防务，而将兵力众多的刘茂恩杂牌赶出城外充当炮灰，最终灰飞烟灭，李仲辛一旅之众又如何能守住城池？刘茂恩在其回忆录中心痛地指出，如李仲辛能合理使用他的部队，则开封战局未必会如此惨败。
又如1947年5月间，号称国民党军五大主力之一的张灵甫整编第七十四师被围于孟良崮，得知七十四师被围，蒋介石急令各部齐头并进，拼死也要解张灵甫之围。遂一方面命令张灵甫坚守阵地，吸引共军主力，另一方面严令孟良崮周围的10个整编师，特别是李天霞、黄百韬的部队尽力支援整编七十四师，以期内外夹击，消灭我军于孟良崮地区。在蒋介石的催逼下，汤恩伯命令张淦统一指挥两个纵队救援七十四师。可是，张淦是新桂系白崇禧的爱将，当然不会卖力气，就在电报上扯皮。那边黄百韬也一样，张灵甫向他喊话时，黄百韬竟然还引用曾国藩的话教育张灵甫要先求稳当、次求变化。李天霞与张灵甫素有矛盾，所以，在蒋介石的催逼下，他的整编八十三师只派出一个团的兵力驰援，以致张灵甫直接向外围的嫡系第八军和整十一师求援。但远水解不了近渴，整编七十四师的覆没就这样成为了定局。荒唐的是，在战后的检讨会议中，负有责任的李天霞、黄百韬不仅没有受到处罚，还在半个月后被分别授予三等和四等云麾勋章。后在舆论以及阵亡将士眷属的压力下，才将李天霞调为第一绥靖区附员，黄百韬则被撤职留任。用“友军有难，不动如山”这句话来形容这几个战例中的国民党军队，实在是太贴切了。
国民党军的大派系之间也是如此。从民国成立即盘踞山西的晋系军阀阎锡山，为保地盘稳定，只允许南京中央的军队在晋南驻军，其余地方不得涉足。而阎锡山本身兵力不足，加上他历来只要部队番号不管部队实力等因素，只能是接连战败，最终扔下太原一座孤城只身逃往广州。盘踞青海宁夏的马步芳、马鸿逵（“二马”）两派，面对指挥陕西战局的西安绥靖公署主任胡宗南的命令阳奉阴违。马鸿逵多次指示部队：宁夏军队到达咸阳，就算完成任务，决不过咸阳河。对共产党不打硬仗，要保存实力，就是将来投降共产党，也有资本。1949年7月间的扶眉战役中，彭德怀亲自指挥第一、第二、第十八三个兵团围歼胡宗南部。马步芳、马鸿逵在我十九兵团钳制下不敢前往救援，坐视胡宗南部被歼，并悄悄从礼泉、乾县地区撤退。我军将胡宗南部4个军4万余人聚歼于扶风、眉县地区，解放宝鸡等18座县城，取得了扶眉战役的巨大胜利。
同时，在“二马”内部也存在着派系之争。1949年4月，张治中作为国民党方面和谈首席代表到北平与中共谈判，遗下西北军政长官一职，成了马鸿逵与马步芳争夺的目标。5月上旬，马鸿逵约马步芳到西宁与兰州之间的享堂会面，经过讨价还价，双方达成“君子协定”：马鸿逵保举马步芳为西北军政长官，马步芳保举马鸿逵当甘肃省政府主席，并且将宁夏兵团开赴陇东，与马步芳之子马继援率领的青海兵联合作战，阻止人民解放军西进，以保住甘肃、宁夏、青海。于是双方各怀鬼胎分了手，马鸿逵回到兰州后，一面致电国民党中央保举了马步芳担任西北军政长，一面电令宁夏第一二八军军长卢忠良出兵陇东，与青海兵团组成宁夏联合兵团合力进攻陕西。5月18日，国民党行政院明令发布马步芳代理西北军政长官（不久又实任）。马步芳率领自己的一套班底从西宁赶到兰州上任，原长官公署的要员几乎全部撤换，只留下属桂系的副长官兼参谋长刘任等人。另外，马步芳故意留下甘肃省政府主席郭寄峤，以抵制马鸿逵，等时机成熟再逼他让位。与此同时，马步芳还发动各地大肆献马献旗，派代表来兰州祝贺，为自己大造声势，完全把马鸿逵撂到一边。马鸿逵在兰州左等右盼，也不见马步芳保举自己当甘肃省主席，一怒之下电令宁夏兵团往后撤，结果，很快丢失了长武、泾川、平凉等重镇。马步芳、马鸿逵也因胡宗南的落败而成为孤军，最后被各个击破，落得流亡海外的命运。
同中原、西北两战场的僵局不同的是，在东北战场，国民党军队本已占据优势，但因其他战场的失利，迫使东北国民党军队停止攻势，从而给了林彪重整旗鼓的机会并进而实施反攻。值此关键时刻，南京国防部不仅不体谅杜聿明，反而转派陈诚接替指挥。而陈诚一到东北，以东北战局失利等原因，大肆撤换他系将领，转而扶持自系将领，结果导致原有将领不服，新升将领又缺乏威信，使得战局急转直下。陈诚最终落得借“病”辞职落魄地离开了东北。此后接管东北的卫立煌只能弃攻为守，勉力维持。但蒋介石并不满意非黄埔出身的卫立煌，再次以杜聿明接替指挥。如此朝令夕改，国民党军队在东北又怎能不败？
辽沈战役结束时，淮海战役正进行得如火如荼。先是遭到中央军歧视的第三绥靖区，在中共地下党员副司令官张克侠、何基沣的指挥下宣布起义，又有邱清泉等坐视黄百韬第七兵团覆没于碾庄而不救。决战未开，就失去了两个作战集团，国民党军队在淮海战役一开始就注定了失败的命运。
主持华北军政的傅作义出身晋军，但又自成一系。东北国民党军队覆没后，蒋介石要傅作义将华北国民党军队撤往长江以南，以加强长江防线，于是以委任傅为“东南军政长官”相诱。然而傅作义则顾虑重重，担心南撤后自己的嫡系部队被蒋介石吞并从而成为光杆司令，遂提出坚守平津的主张。因为，傅作义明白自己的地盘在绥远、察哈尔，失去地盘等于失去了自己的军权，他宁愿选择困守华北也不愿意南下，蒋介石对此也无可奈何。随着北平的解放，蒋介石能赖以作战的精锐损失殆尽。
国民党实质上是松散的联合体，就是在蒋介石被赶出大陆之日，他也未能将所有的地方实力派真正统一于其政权之内。国民党的主要派系有李宗仁、白崇禧的桂军，何建的湘军，朱培德的赣军，刘湘的川军，龙云的滇军，张学良的东北军，冯玉祥的豫军，阎锡山的晋绥军。各派系之间的矛盾此伏彼起，在各种矛盾中，蒋介石嫡系与非嫡系（主要为以李宗仁、白崇禧为代表的桂系及西南诸地方实力派）间的矛盾居于主要方面。过去，双方之间的控制与反控制、吞并与反吞并的斗争从未间断，只不过由于蒋介石的力量过于强大，对方只好忍气吞声，暂时忍让。尽管经过8年抗战的“整合”，国民党的军事系统，虽然公然能与蒋介石兵戎相见的军阀没有了，可是从1927年南京政府成立时就存在的军阀基因，却始终没有消失过。毛森在《孟良崮会战追忆》中说，第七军及四十八军编成一纵队，受张淦指挥，此军乃李宗仁基本部队，作战经验丰富，但与中央互相猜忌，军心不服，指责当局待遇不公，没有与蒋嫡系同样补给。如令进攻或应援，懒洋洋不肯尽力；遇敌来袭，才肯奋力拼战。毛森听到他们的论调：硬仗总是我们担当，补给总轮不到，没有美式装备；所有的枪械，自北伐用到现在，口径愈打愈大，已自七九变成九七了。但到了1949年，嫡系军队在内战中损失殆尽，非嫡系的离心力愈来愈大。大家对蒋介石或虚与委蛇，阳奉阴违；或见危不救，以泄旧怨。即使在嫡系军队内部，也不是铁板一块，同样有着各种矛盾和对立。比如胡宗南集团，其第七兵团司令官裴昌会、第十八兵团司令官李振，前者是原北洋军阀孙传芳的部下，后者属粤系，都因胡宗南的歧视，积怨甚深；再加上中共党组织的争取，最后在川西游离而出，义举反蒋之旗。
三大战役结束后，国民党军队将士人人自危，士气也随即衰落到低谷。在此危急时刻，国民党内部理应抛弃前嫌精诚合作，但是派系在军内的根深蒂固，使得这些将军已经无法看清症结所在。解放军发起渡江战役后，国民党军队各自为“战”，根本不听统一指挥。嫡系部队还能稍事抵抗，杂牌部队则是一路从长江南岸“转进”到福建广东，其行军速度倒是堪称一流。而同时，蒋介石对李宗仁、白崇禧的“逼宫”深怀愤恨。本来，解放军渡江以后，国民党军的主力部队嫡系汤恩伯集团和桂系白崇禧集团，如果二者能和衷共济，携手合作，也许尚可苟延残喘于一时。但蒋介石为报一箭之仇，不惜处处拆李宗仁、白崇禧的台，使原本就已支离破碎的防线变得更千疮百孔。1949年5月，当解放军二野部队渡江后出皖南挺进浙西、赣东，有一举切断浙赣线的意图时，国民党南京政府国防部本应在赣江上游地区凭险据守，以阻解放军西入赣南，下粤东。但蒋介石却密令胡宗南兵团撤往潮汕地区，致战局更加不利。9月，衡宝战役前，已退至湘南一带布防的白崇禧集团，为保障右侧后的安全，将自青岛南撤至闽的刘安琪兵团调往粤北大庚岭布防。蒋介石却反其道而行，将该兵团调往海南岛。这样，就为解放军第二、第四野战军入粤作战扫除了障碍。胜利之师加上无防之地，解放军如虎添翼，数日之间席卷粤北、粤中，不战而下南国重镇广州，为最后围歼白崇禧集团奠定了基础。