合作：从孙中山到袁世凯
张謇的家乡通州，九月十八日（11月8日）迎来光复。通州军政府成立后，张謇之兄张詧出任总司令。大生系统企业安然无恙，张謇已无后顾之忧，便在上海、苏州等地积极活动，谋求全国形势的向好发展。
在此期间，他曾分别写信给铁良、张人骏等军政要员，希望他们不要与革命军为敌。他发表了《致袁内阁代辞宣慰使、农工商大臣电》，坚拒清廷以官位拉拢，公开表示与清王朝决裂。当江浙联军攻克东南重镇南京后，他立即以原咨议局改组而成的江苏省议会和通海实业公司的名义，捐赠大量财物犒军。十月十一日（12月1日），民军经过血战光复南京，张謇协助程德全以江苏都督身份移驻南京，取得了江苏全省的最高统治权。
十月十六日（12月6日），醇亲王载沣引咎辞职，名义上由裕隆太后垂帘听政，实际上却是袁世凯大权独揽。袁世凯企图用又打又拉的手法迫使革命军臣服，他派出了唐绍仪作为谈判代表赴南方。袁世凯很重视张謇在南北调和中的作用，曾秘密嘱咐唐绍仪，要他到上海“先晤张謇探其意旨”。
南北和议于十月二十八（12月18日）正式开始。表面上，唐绍仪与南方代表伍廷芳在英租界议事厅谈判，但唐会后常到赵凤昌的私宅惜阴堂，与张謇、黄兴、汪精卫等密商。
孙中山赠送张謇的照片
张謇是两大阵营都信任的调停者。过去他曾长期“通官商之邮”，现在又成了可以“通南北之邮”的中介人。革命党人欢迎他转向共和的立场，对他极为尊重；清廷因他没有完全失君臣之义而愿意听他进言，袁世凯则因为与张謇的互动进而在政见上多有共识。
十一月六日（12月25日），革命领袖孙中山从海外回到上海。张謇、赵凤昌等对孙中山的突然归来稍感意外，但他们敬重这位革命领袖，因为民国的建立毕竟是出于孙中山的倡导和革命党人的努力。孙中山在上海一登岸即受到各界热烈欢迎，张謇特地与他会见商谈。
十一月十日（12月29日），各省代表在南京公举孙中山为临时大总统。无论是革命党人还是原立宪派、旧官僚，在选举前即已把孙中山看成暂时过渡的总统，而且感到也只有孙中山才有资格担当这样的重任，因此都没有提出任何异议。
1912年1月1日，孙中山从上海到南京就任临时大总统，临时政府正式成立。张謇也应黄兴之约，在这天到达南京。1月2日，孙中山通电各省改用阳历，并以临时大总统就职之日作为中华民国建元的开始。张謇在这一点上表现了诚朴的特点，此后的日记改用民国纪元，尽管他仍习惯用阴历。他还在自己住宅的大门上，亲笔书写“民时夏正月，国运汉元年”的对联，以纪念一个旷古未有的时代的开始。
在临时政府筹建过程中，为解其燃眉之急，张謇不惜以大生纱厂为抵押借贷50万元资助。而当新建立的临时政府拟请张謇担任财政总长时，他深知南京临时政府的最大困难在于财政，自己无力解决每年8000万两左右的财政亏空问题，于是坚辞不就。孙中山等转而敦请张謇出任实业总长。
1月3日，孙中山在宣布各部人选的这一天，曾与张謇一起商讨有关政策问题。谈话的具体内容已不可考，张謇对孙中山的评价是四个字：“未知崖畔”。崖畔就是边际的意思，孙中山先生远大的情怀与张謇“做一分是一分”的准则不相符合。2月，临时政府为解决资金短缺问题而与日本人签约合办汉冶萍公司，张謇书争不得而自劾辞职。孙中山再三挽留，终未能有所改变。
孙中山与张謇还是惺惺相惜的。1922年，中山先生在上海会见张謇之子张孝若时，谦虚地说：“我是空忙，你父亲在南通取得了实际的成绩。”三年后，孙中山逝世，张謇在追悼会演讲中高度评价了这位伟人：“不但为手创民国之元勋，且为中国及亚东历史上之一大人物。”
1912年2月12日，清廷正式颁布了《清帝逊位诏书》，宣布最后一位皇帝爱新觉罗·溥仪正式退位，延续两千多年的封建帝制和268年的清王朝从此终结。
这份退位诏书仅350字，却字字珠玑，堪称大手笔，它究竟出自谁人之手？诏书传世以来，其作者有多种说法，流传最广的，就是由状元张謇所拟。袁世凯侍从武官唐在礼亲眼见证了裕隆太后移交诏书的过程，他曾回忆：“传闻最盛的是南方张季直与赵竹君（凤昌）所拟之稿，用电报传递至京，后经汪衮甫、徐世昌等修改。”赵凤昌的儿子赵尊岳在《惜阴堂辛亥革命记》中说，退位诏书是张謇应其父赵凤昌所请而起草的。赵尊岳也承认张謇的手稿在他们家还保存了好些年，“张手稿存惜阴堂有年，某年《申报》国庆增刊，嘱余记辛亥事，因影印以存其真，惟张谱失载其事”。
张謇去世之后，张孝若在《南通张季直传记》初稿中谈到“不久内阁即日逊位的复电，来到我父的手中”时，摘录引用了复电的内容。胡汉民读到传记初稿后，明确表示退位诏书是张謇所写，“清允退位，所谓内阁复电，实出季直先生手”。胡汉民还说，是他请张謇起草的退位诏书。在其自传中，胡汉民重申了此说法，“清帝溥仪退位之宣言，由张謇起草，交唐绍仪电京使发之”。
担任民国政府农商总长时的张謇
对于张謇起草退位诏书一说，虽然目前得到最广泛的认可，但尚未形成完整的证据链，更没有找到直接的证据——原稿尚未发现。无论如何，对照张謇当时在惜阴堂促成南北议和的往事，他参与了诏书起草应是大概率事件。而百姓更愿意相信，清末这位才华横溢的状元，用他的如椽之笔草拟出了王朝的最后一道诏书。
袁世凯代替孙中山担任临时大总统，尽管张謇认为这有利于全国政局稳定，但他没有在袁世凯掌权后马上参加其政府。直到一年后，他推荐的老友熊希龄出任内阁总理，张謇才受其坚请赴京进入“名流内阁”，开始了与袁世凯的又一段合作。
1913年10月21日，张謇在京就任农林、工商两部总长；年底，他请求将两部精简合并为农商部并受任为农商总长，又兼任全国水利局总裁。
张謇初入内阁时就曾声明：我生性不喜欢做官，如今年过六十，又逢此纷扰庞杂的时局，怎么能有干问政事的念头？这次因各方面的敦促，才匆匆忙忙地来赴任，至于任期的长短，就得看我的志愿是不是能行得通，以及身体精力能不能胜任了。
张謇就职伊始，在国务会议上发表了《实业意见宣言书》，提出了迫切需要解决的四件大事，即“乞灵于法律”“求助于金融”“注意于税则”“致力于奖励”，并把经济领域的立法放在首位。他认为“法无行之百年而不弊者”，主张“当变一切之死法”。
在张謇的主持下，修订和颁布的法律法规有20多个，涉及工商矿业、农林牧渔、权度、银行金融、交通运输、减免税则及经济社团等各方面。1914年11月，张謇主持的农商部颁布了中国首部《森林法》。张謇可以说是将立宪运动中实业家们强烈的立法需求变为了现实，也为实践其一贯倡导的“棉铁主义”打下了基础。张謇在总结自己担任农商总长的业绩时说：“首订法律，次事查勘，次设劝业银行。”
袁世凯当选正式大总统后，迫不及待准备黄袍加身，复辟称帝，张謇认清真相后，拒绝与其同流合污。1914年10月，张謇借“勘视淮灾”请假南下，至11月递上辞呈，未获袁世凯批准。1915年，袁世凯与日本签订“二十一条”，以换取日本对他称帝的支持。张謇忍无可忍，数次提出辞职，袁世凯于这年夏天批准张謇辞去农商总长职务。8月16日，张謇借故请假南归，并在回到南通后坚决辞去了全国水利总裁及参政的职务，意在与袁世凯彻底决裂。年底，他的第四次辞呈终于获得批准，至此张謇彻底退出了政界。1916年4月，四面楚歌的袁世凯函请张謇北上，被其断然拒绝。得知袁世凯病逝的消息后，张謇感慨万分地在日记里写道：“三十年更事之才，三千年未有之会，可以成第一流人，而卒败于群小之手。谓天之训迪吾民乎？抑人之自为而已。”
张謇故居濠南别业，门前两株百年紫藤系张謇先生手植