五、现代应用
1.感染性疾病
（1）肠道感染：黄连及其所含主要生物碱于肠道保持相对高浓度，故肠道感染是黄连及小檗碱的最主要适应证，大量的研究报告均表明黄连对急性菌痢、急性胃肠炎有很好疗效，小檗碱早已成为对此病的常用药物，疗效也佳，此外，黄连对霍乱、肠伤寒以及胆道感染也有一定疗效。小檗碱对霍乱有一定疗效，有报告于其初期黄连疗效较佳，小檗碱对轻、中度患者能控制腹泻。曾报告黄连及小檗碱对肠伤寒均有一定治疗作用，如以黄连药粉2g每4小时服一次或小檗碱3.6～9 g分4～6次服用，以后者疗效为优，但另有报告小檗碱或香连丸治疗伤寒带菌者无效。
（2）呼吸系统感染：黄连作为多种中医传统方剂及现代中成药的主要组成药物用于多种呼吸道感染的治疗，如上呼吸道感染、支气管炎、肺部感染以及多种呼吸系统感染病，据称疗效尚可。另曾有用黄连或小檗碱单独治疗某些上述疾病的报告，如用黄连粉或小檗碱治疗大叶性肺炎或支气管肺炎、小檗碱口服加气管滴入治肺脓肿、小檗碱喷雾治疗急慢性支气管炎、黄连治疗白喉、百日咳等。对于病毒性呼吸道感染如小儿肺炎、流感等可用黄连复方进行治疗，也曾有用黄连制剂治疗麻疹的报告。
（3）五官科感染：多种五官科感染应用小檗碱、黄连或黄连复方局部治疗有较好疗效。眼科炎症如结膜炎、睑缘炎、睑腺炎以及角膜炎、沙眼等用黄连局部应用有效，可用黄连浸液、煎剂滴眼或眼浴，但常配以硼砂应用，还可用小檗碱溶液行离子透入法治疗。中耳炎用黄连制剂局部治疗有显著疗效，如曾报告以黄连配伍硼砂治疗急性化脓性中耳炎63例、慢性中耳炎12例、弥散性外耳道炎2例均有较好疗效。曾报告用0.1%小檗碱做下鼻甲注射或10%黄连液浸纱条填塞鼻腔治疗萎缩性鼻炎能使嗅觉恢复，分泌物减少。用黄连、黄连硼砂、小檗碱等作上颌窦内注射治疗上颌窦炎有一定疗效，小檗碱液浓度为0.1%或0.2%，黄连液浓度30%，黄连硼砂为10%加3%。急慢性扁桃体炎可用小檗碱局部治疗，用0.1%小檗碱作扁桃体内注射治疗慢性扁桃体炎102例有效率为88.2%，小檗碱喷雾治疗急性扁桃体炎也有效。
口腔、颌面感染性炎症也可用黄连制剂进行治疗，报告用小檗碱口服治疗口腔颌面部炎症的有效率为81%。对于疮疹性口炎、复发性口炎、口腔黏膜溃疡用黄连复方溃疡面局部应用疗效佳，奋森氏口腔炎用10%黄连硼砂局部应用或黄连液漱口也有疗效。
（4）外科感染：黄连也是中医感染性外科疾病常用药物，对于皮肤化脓性感染，如痈、疖、痞、脓肿、淋巴腺炎、瘭疽以及乳腺炎等可用黄连制剂局部敷贴并内服以治疗之。另报告治多发性疖肿用如意金黄散外敷，芩连解毒汤内服有较好疗效。黄连解毒汤内服加外洗治疗81例脓疱疮全部治愈。
另曾有一些报告用黄连制剂治疗肾盂肾炎、败血症、布鲁氏菌病、钩端螺旋体病、猩红热、麻风病等均有一定疗效。多种妇科炎症，如阴道炎、附件炎、宫颈糜烂也均可用黄连复方治疗。对于烧伤，黄连制剂外用不仅能抗感染，还能减少渗出，促进结痂。如报告用黄连煎剂外敷治疗Ⅱ度烧伤，用黄连地榆粉、复方黄连解毒膏治疗烧伤其效也佳。
2.糖尿病
小檗碱有降糖作用，临床研究表明黄连制剂对糖尿病有明显疗效，如金芪二甲双胍。
3.心血管系统疾病
小檗碱、黄连的心血管药理研究结果促进了其在这方面的临床研究，尽管小檗碱口服吸收很差，血药浓度甚低，但临床治疗效果却也佳良，如心律失常、高血压、充血性心衰等。
（1）心律失常：小檗碱对快速型心律失常有较好疗效，报告用小檗碱口服，每次0.6～1.0 g，每日3～4次，治疗室性期前收缩及房性期前收缩患者。另报告用0.4 g，每日4次口服治疗室性期前收缩和房性期前收缩，2～4周的总有效率为77.8%。
（2）高血压：曾报告大剂量小檗碱口服治疗高血压有一定疗效，如每日从0.75 g至4g口服治疗原发性高血压与急性肾性高血压等。另报告单用小檗碱每日0.6 g、1.2 g及1.8 g治疗高血压患者88例，显效率分别为70%、80%及93%。
4.胃炎、胃溃疡
报告用黄连食醋白糖山楂饮治疗萎缩性胃炎24例，经胃镜复查可见21例胃黏膜萎缩性病变消失，空腹胃液总酸度、游离酸度均恢复正常。用小檗碱0.5 g1日3次口服治疗胃十二指肠溃疡，20～30日的治愈率为67.6%。
5.其他疾病
黄连的多种复方制剂还可用于其他多种疾病，如用黄连阿胶汤治疗焦虑症、顽固性失眠108例均获近期疗效。