侦查思维中的因果推理的缺点
（一）对普遍因果律的预设是不恰当的
探究因果关系的一个基本预设就是因果齐一性原则。因果齐一性是所谓的自然齐一性预设在因果关系上的表现。自然齐一性一般被理解为过去的情况和将来的情况相似或者一致，也可以理解为个别情况与其普遍情况相似或者一致。它被视为所有归纳推理的基础，但是它具有两个致命缺点：一是它本身是一种无法证明的假定；二是即使承认自然齐一性，也不能证明归纳推理的合理性，因为归纳推理的结论总是或然的，用自然齐一性是无法解释的。
因果齐一律原则是说原因和结果齐一地相连。一个特定事态造成一个特定结果，即是说该类型的其他事态（在产生该事态充分类似的条件下）将造成与先前结果同种类型的结果。也就是说，同类原因导致同类结果。一个原因的产生伴随着一个结果的产生，都是普遍因果律——如此的事态总是伴随着如此的现象——的一个实例或者事例。基于此，如果在其他情形下出现了与事态C同类的事态，但是没有出现现象E，那么人们就有理由认为事态C并非一个特定场合下结果E的原因。特定事态是特定现象的原因的每一个断言都意味着存在某个因果律，每个因果链接的断定都包含着与普遍性有关的一个关键成分。因果律是普遍的，它断言无论事态以何种方式发生于何时何地，如此这般的事态下恒常地伴随着一个特定种类的现象。问题在于：人们是如何发现这种普遍性断言的？
一种观点认为，因果律不是纯粹演绎的，它不可能通过任何先验的演绎推理所发现。因果律只能诉诸经验后或者经验地发现。但是人们的经验总是与特定情形、特定现象以及现象的特定次序有关。这样，人们的经验具有主观性、选择性、可错性甚至不充分性、不完整性。的确，人们能够观察到一个特定事态C下的几个事例，人们观察到的事例也确实能够被一个特定种类的现象P的一个事例伴随。但是，人们未来能够经历的事例仅仅是世界上事态C中的部分甚至很少的事例而不是全部事例，这些观察能够展示给人们的也仅仅是P伴随着C的部分甚至很少的事例而不是全部事例。但是，人们的目标却是要建立一个普遍的因果律。这就需要用到枚举推理，然而其合理性却受到质疑。
（二）对相关性的预先分析是不充分的
密尔在论述因果推理时，无一例外地假定人们可以确定“只有一个事态相同”的实例或者“只有一个事态不同”的实例。其中的问题在于两个方面。（1）在实际运用中，由于主客观因素的限制，人们难以甚至不可能检查所有可能的实例以及这些实例的所有事态，以便确定它们是否仅在一个事态方面存在差异。（2）由于实例及其事态异同的复杂性，实例及其事态的异同都不是唯一的，而是多重的。
实际的情形是，在运用因果推理时，人们心中所考虑的不是所有实例以及这些实例的所有事态，而是所有相关的实例及其事态——仅有一个相关事态是共同的或者仅有一个相关事态是不同的。也就是说，人们只能将因果推理应用于与待探究的因果关系有关的事态而非所有事态。如果在先行事态中真正相关的事态没有得到确定因而这些事态没有得到利用，那么即使严格运用因果推理也可能得出错误的甚至荒谬的结论。这样的例子不胜枚举，有些还得出了惨痛而深刻的教训。
如果人们仅仅考虑相关的事态而非所有事态，那么就得区分哪些事态是相关的、哪些事态是无关的。但是，究竟哪些事态是相关的？仅用因果推理，人们不知道哪些事态是相关的，现实世界中的实例及其事态并没有贴上“有关的”或者“无关的”这样的标签。
为此，人们必须关注因果推理将要运用的具体语境，并且预先在心中对相关性作出一些分析。分析相关性固然需要背景知识等智力因素，有时也需要勇气、想象、直觉甚至一些运气等非智力因素，甚至还得受到客观因素的制约，相关性分析的充分性、真实性、完整性都是无法确保的。此外，因果推理以观察到的相关性为前提，然而即使十分精确的观察也可能是表面上正确而事实上错误的。因此，相关性分析或者是错误的或者是片面的。也正是基于此，因果推理不足以发现因果关系，只能得出或然性结论，得出的结论也只能作为侦查假说或者进一步探究问题的线索对待，并不像密尔声称的那样“可以用作发现因果关系的工具，得出确定无疑的结论”。比如，对于契合法而言，由于它主要指望确证实例，因此它本身常常不足以确定正在寻找的原因。侦查人员很少能够如此便利地整理可用数据，以便使得确定所有实例都契合的一个情形成为可能；而当研究显示对所有实例都契合的情形不止一个时，仅仅运用契合法就不能评价那些可选择的可能性了。
（三）缺乏对规则的形式化和精致化剖析
因果推理致力于制定一些推理规则，探究在诸如自然其一律和因果重复律等预设之下运用这些规则如何得出确定无误的结论。但是，由于缺乏对规则的形式化和精致化剖析，因果推理的这些规则总体上而言还是比较原始、初步甚至粗陋的。要运用这些方法得出比较可靠的结论，需要满足很多条件，但是因果推理对这些条件的研究又是不充分的或者不够的，尽管是必要的。因果推理结论的可靠性与两个条件有关：“（1）基本现象条件：因果推理事例中观察到的那些现象必须是简单现象，而不能是复合现象；（2）孤立性条件：必须保证所观察到的事例不受事例之外的未观察到的现象的影响。”[38]如果这两个条件未得到满足，就会产生较多的复杂情况，使得推理所作出的因果断言就很可能是不可靠的甚至虚假的。更重要的问题在于：这样两个影响因果推理结论可靠性的条件，在因果推理的规则中并没有得到描述。
此外，19世纪的英国哲学家威廉姆·斯坦利·杰文斯（William Stanley Jevons）探究了因果推理用于探究原因时可能出现的一些困境：（1）原因在我们的经验之外，所以人们不太容易理解原因；（2）原因之间联系紧密，所以很难通过推理与它相关的原因去发现一个主要原因；（3）原因经常由于各种原因被抵消或者修改而使人困惑；（4）某个结果可能被任意一个原因所影响；（5）那些看起来作为某个结果主要原因出现的因素，可能仅仅是一个附属原因。[39]