5.掩护田汉撤离
吴石长期的担忧终于演变为现实。1944年春夏，关内日军的76万部队中有51万人用于执行进攻豫、湘、桂的“打通大陆交通线”作战。
在紧要关头，桂林文化界在中共中央南方局领导下发动了声势浩大的“保卫大西南”抗日救亡宣传活动。7月7日，一场扩大的宣传活动在柳州举行，吴仲禧、李章达等人昂然地走在游行队伍的前列为号召团结抗战而积极出力。
吴石一再电请国民党中央调兵支援，但国民党“为了北扼共产党，南灭异己，竟然不发一兵一卒，且下达的军令还与战区时常出现矛盾，令部队无所适从”。[18]
9月初，蒋介石两次电令张发奎等死守广西北大门全州，以争取广西全境主动。但9月14日，当日军第十一军和第二十三军同时对全州发动进攻时，因张发奎部九十三军军长陈牧农失职而导致全州失守，张发奎一怒之下枪毙了陈牧农。
11月11日，桂林、柳州失守。张发奎见战况不妙，随即作出后撤部署。计划分两步撤退：第一步撤至南丹六寨镇；第二步向贵州的独山、都匀、贵阳方向撤退。广西省政府则从桂林迁往百色。
一时间，桂林火车站人山人海，桂黔公路人车拥挤不堪。加之天气又极冷，老百姓拖儿带女、颠沛流离，上有敌机轰炸，后有敌寇紧追，大批难民折臂断足，血流殷地，偃仰僵仆，令人目不忍睹。吴石的一个儿子也在这次逃难中不幸身亡。
左洪涛得到周恩来指示——务必不遗余力地协助田汉、邵荃麟、端木蕻良、许幸之、更夫等一大批党内外文艺工作者和民主运动知名人士安全撤离。
“皖南事变”后，田汉根据中共南方局关于“隐蔽精干，长期埋伏，积蓄力量，以待时机”的方针，由党组织安排离开重庆，乘船东下。1941年夏间，田汉偕老母幼女欣然来到秋意正浓的桂林，与前三次来去匆匆不同，这一次，他一住就是3年。田汉除了指导帮助杜宣进一步筹建新中国剧社外，又指导帮助文艺歌剧团和中兴湘剧团的成立；不仅在生活上关心艺人，更重要的是写剧编戏支持他们的艺术事业。在抗战期间，田汉最突出的贡献之一是创作了大量的激励和团结全国军民抗日救国的话剧和电影剧本，除《卢沟桥》外，还有《最后的胜利》、《怒吼吧，漓江》、《秋声赋》、《再会吧，香港》（1942年初，与夏衍、洪深合著，因遭禁演，后改名《风雨归舟》）、《黄金时代》等。
对于这样一位为抗战宣传作出特大贡献的著名人士，吴仲禧困难再大也要保证让他安全撤离。但车票一票难求，怎么办？吴仲禧、左洪涛想方设法从长官部副官处、兵站总监和柳州铁路交通警备司令部等单位购到几十张火车票、汽车票。后来有人忆述，“吴仲禧与王昌明，还协同‘特支’成员执行周恩来指示大力帮助经柳州撤退的知名人士田汉等20多人，并用第四战区军法监部的公务名义，代搞免费的火车票与撤退汽车”[19]。随后，吴仲禧将田汉、金仲华、周钢鸣等一部分文化界知名人士送到金城江车站安全撤离。几天后，金城江车站大火，交通完全断绝。
吴仲禧还想到徐明诚一家。他让王昌明去桂林将徐明诚一家接到柳州一起撤退，王昌明回来说徐明诚一家已于前一日从桂林离开。
按照既定撤退方案，大部队先撤至距柳州近300公里的六寨。但受车辆、辎重、伤员制约，经十余日方到达。
六寨是一个小地方，方圆不到3公里，当数万难民和后方机关人员麇集于此时，街镇显得异常拥挤。
张发奎的指挥所也临时设立于此。
但谁都没有想到，一场厄运正在悄悄逼近。
时国民革命军第九十七军军长陈素农见距南丹县城东南方向约50公里的六甲、拔贡、侧岭、八圩等火车站已无人看管，车厢货物无主。为不落入日军之手，他电报重庆派飞机轰炸，并阻击进入六甲和拔贡的日军。国民党重庆方面收到电报后，与美空军研究决定派飞机轰炸。
27日下午1时许，十几架飞机出现在六寨上空，因能清楚地看到是美军飞机，难民惊喜异常，都高兴地冲出去观看，认为这下可以有效阻击日军的追赶。张发奎部亦士气大振。
孰料，突然间，这些美军飞机在无辜且善良的人们头顶投掷了无数颗重型炮弹——轰、轰、轰，只见难民群集之处血肉纷飞、鬼哭狼嚎；旋即，飞机低飞盘旋俯冲，以机关枪轮番扫射，如无头苍蝇乱窜的难民齐刷刷倒下……持续半个小时的轰炸、扫射，导致上万难民葬身火海，尸横遍野。
张发奎的长官司令部也受到重创，张发奎险些遇难，在卫士的及时救护下方才幸免，而军训部中将督查陈克球、干训团少将教育长王辉武，另有一个高射炮少将指挥官、8名上校及800多名官兵葬身美机炸弹之下。
请求轰炸车站和阻击日军的战斗机为何对自己人下狠手？因六甲距六寨仅50公里，九十七军对空联络指明是炸“六甲”，美机领航译音错误，把“甲”译成“寨”，一字之差，导致二战史上最惨重的误炸发生。
张发奎号啕大哭。他虽身经百战，但从未见过如此惨状。他在回忆中说：“这是我一生最难忘的往事，对于盟机的作战史上亦是荒唐愚昧的一幕。部队里的一个中将、两个少将、八个上校和很多员官长、八百多名士兵都葬身于盟机的炸弹下，其他民众的死亡最少在五千以上。”
吴仲禧一家侥幸躲过此劫。
时吴仲禧大女儿随夫婿所供职银行职员一起撤离，大儿子在交大读书不在现场，4个男孩由吴群继带领随军部疏散专车先行撤往南丹，后转移至贵州安顺。
由于军法执行监部有案犯、档案、军事法院，机构庞大，疏散车比较宽敞，左洪涛、林默涵等随车西撤。
吴仲禧则由长官部统一分配一辆小车，直到日军占领全州才带着王静澜和2岁多的小女儿出发。为了多带食品，连卫士也没有带。可是，司机在驶出柳州后突然说马达坏了，车中没有备用零件不能行驶——这是当时一些司机的惯技，趁主人不得不步行走远后，将汽车和车上细软一并开走。
吴仲禧出于无奈，又怕司机行凶逃逸，遂拔出手枪：“如能在20分钟内修好并把我们安全送到目的地，可保司机人车自由，如果修不好，我就用枪击穿轮胎，大家共同步行。”
司机识时务，不久，说车已修好，可以继续行驶。
在小汽车驶往贵州新的长官部途中，吴仲禧看到两列火车连车顶上都挤满了人，据说火车在连续转弯和过隧道时，由于车顶没有牢固抓手，不少人坠车死亡。
画家沈振黄则出了意外。他自己包车从六寨护送妻儿及军属去独山，在行驶中，将座位主动让给难民老妇坐，自己则爬上车顶。车至老甲河时，因让道急转弯，他从车顶尾部跌地脑盖破裂而牺牲。第四战区军法监部上尉书记官武奇雷坐后部汽车路过，见是本部长官吴仲禧的朋友遇难，便主动帮助将沈振黄遗体埋葬在独山邻近山坡，又帮助沈振黄爱人刘曼华，将悲痛欲绝的母子扶上车，护送到军法监部的贵阳新驻地……沈振黄是三十年代上海有名的画家，与鲁迅素有往来。在第四战区当干事时，他身穿军服，脚穿草鞋，以漫画、木刻画、小画报形式进行抗日救国宣传，与吴仲禧关系要好。后来，重庆文化界进步人士在沈钧儒[20]支持下召开追悼大会，又由张发奎、郭沫若、茅盾等49人联名登报为遗属募集基金。新中国成立后，沈振黄被追认为革命烈士。
往事不堪回首……
“桂柳会战后，吴老（指吴仲禧）和张励、麦朝枢、左洪涛、黄中厪、何家槐等与张发奎在百色策划，如果日军打到重庆，张就联合云南的龙云在桂滇边另行开创局面。”[21]但后来情况变化未能实现。孙慎则言，“左洪涛、黄中厪随即邀请张的幕僚与张发奎共同研究具体办法，决定在云南、贵州、广西、广东地区开创一个强大的抗日民主根据地。吴老参加了这次会议，并分工由他和麦朝枢、张励与李济深、蔡廷锴、谭启秀等进行联系”[22]。
而经历了这一切，尤其一个儿子不幸罹难，吴石对自己效忠的“党国”产生了怀疑，他开始醒悟，“认识到西南战场之所以一败再败，绝非军队装备差、训练差或指挥失当所致。国民党腐败专制独裁、脱离民众才是根本原因”[23]。
吴石在极端愤懑之时，对家人说：“我再也不干了！”
此时，宋代白玉蟾的《慵庵铭》不断在他心里跃动：
慵观溪山，
内有画图；
慵对风月，
内有蓬壶；
慵陪世事，
内有田庐
……
他愤而辞去第四战区参谋长之职，“告老还乡”。