2.惩治汉奸
第四战区军法执行监部已改为第二方面军军法执行监部，吴仲禧仍担任军法执行监。但他的任务已不限于惩治军内违法案件，主要转为惩治汉奸罪行。当时《新中华报》《新华日报》都对吴仲禧肃奸行动进行过报道。
抗日战争延续8年，汉奸如过江之鲫，多得数不清，肃奸工作任务相当繁重。第二方面军在“受降接收委员会”内设立“审查组”（由第二方面军法监部兼理）负责此事。
当张发奎、吴仲禧得悉大汉奸汪精卫的妻子陈璧君、伪广东省长褚民谊等一批伪政府官员仍蛰居广州，即令肃奸人员将陈璧君、褚民谊和伪广东省府民政厅厅长周应湘、伪财政厅厅长汪宗准、伪建设厅厅长李荫南、伪教育厅厅长陈良烈、汪精卫女婿何文杰、褚民谊的秘书徐义宗、高齐贤等9人逮捕，并奉国民党中央政府的电令递解南京审讯。
但是，国民党各派系从一开始就没有想着如何肃奸，反而都认为肃奸是一个大肥缺。蒋介石也想肥水不流外人田，最后指定“由军统局兼理负责”，肃奸的机构定名为“肃奸专员办事处”（简称肃奸处），但此机构“挂靠”在张发奎的长官部。
一时间，魑魅魍魉齐齐登场，上演利益争夺大戏。有的在汉奸逃避之后，将各伪机关或汉奸住宅占为己有，将其内部尚未拿走的现金财物抢掠一空。汪精卫在德政北路住宅藏有大量珍藏古玩，伪省市政府机关内有大量现金财物及家私用具等，军统人员如获至宝，巧取豪夺，等罗卓英以省政府名义去接收时，仅剩空荡荡的建筑，别无它物。
特务针对汉奸的一些比较好的房屋产业，要么威迫其交出契据，改换成自己或亲属的姓名；要么转手一卖了之，痕迹全无；要么以“保护”作为交换条件，令部分奸商交出货物或所占之股份，一旦不答应则“公事公办”。奸商畏惧特务淫威，也恐被举报，并想摘掉“汉奸”帽子，一般都顺水推舟、“洗脚”上岸。被贪污的数字难以估计。
军统大小特务虽未能在日军手中公开“合法”地接收，却都喝了“头啖汤”，无不势利双收，腰缠万贯。
除特务和喽啰外，中央各特派大员也加入贪污舞弊之序列，胆子更大，手段更狠，无所不用其极。因其均为中央各部院长之亲信，有强大的官方背景和靠山，他们冲锋在前，背后另有受益者，因此肆无忌惮、明目张胆，如变卖隐藏、伪造涂改接收清册单据等，等于明抢或劫掠。
中央银行黄金盗窃案尤为引人瞩目。在日军移交物资中，原本有黄金和白银库存共约数十吨、珠宝钻石首饰万余件。经广州行营经理处、财政部特派员和中央银行特派员三方面派员现场点收之后，封存于中央银行广东分行仓库内，由中央银行负责保管。蹊跷的是，不久后，一部分黄金和钻石珠宝就不翼而飞，价值巨大。但经调查，仓库封条并无启封痕迹，看来是“内鬼”作案。调查之后，不少接收人员露出马脚，但在官官相护之下，终未有明确的处理结果，成为一笔谁也说不清，也不想说清的糊涂账。
具体到张发奎第二方面军，有一些权力的人物与前述贪污行为相比是小巫见大巫，但大偷小摸现象也层出不穷。
张发奎对贪污腐败行为咬牙切齿。
他拍案大怒：“我们虽赢得了胜利，但我们先哲遗下来的羞耻观念，却已荡然无存了。”
张发奎问吴仲禧：“听说老百姓中流传一首民谣？”
吴仲禧犹豫，说不出口。
张发奎说：“知道什么就说什么，我就想听真话！”
“看错老蒋，迎错老张，搭错牌楼，烧错炮仗。”
张发奎极为恼火：“多数接收人员的低能和贪污，直接造成了接收工作的混乱，接收人员为个人打算的多，为国家设想的少。他们藏匿埋没、折扣报销、贵贱调换、敲诈勒索，手段层出不穷。结果发财的是私人，吃亏的是国家。我相信，如果不管，‘胜利财’与‘劫收’两个词，将来是会添入‘辞典’的。而最让人不堪的是，人民由希望的高峰跌进了失望的深渊。胜利的光荣，因此而黯淡褪色。”
吴仲禧建议：“对于罪大恶极的汉奸该抓就抓，该杀就杀，值此特殊阶段，不杀鸡不足以儆猴，先速办几个汉奸，让老百姓看一看，鼓舞一下精神。”
吴仲禧建议先拿吕春荣开刀。
吕春荣是高州人，钦廉讲武堂毕业。1910年加入同盟会。历任广东南路八属联军第二师师长，高州善后绥靖处长。1923年任陈炯明粤军第四师师长，长期盘踞南路。
经查实，广州沦陷后吕春荣降日充当汉奸，出任日伪广东治安维持委员会副委员长兼保安处长，后任伪广东省政府副主席兼广东和平救国军总司令。1939年吕春荣任汪伪军事委员会委员、军事参议院中将参议。吕春荣初任保安处长不久，即在爱群酒店附近遇刺，但“大难不死”，后央求日本宪兵予以保护，并收罗当时流氓地痞组成所谓“自警团”，由日本人发给枪支以壮声势。吕春荣之妾刘惠群还献媚日寇办了一间“惠群学校”，在百姓的孩子中推行奴化教育。1939年初，吕春荣还与电白县汉奸地主许宝石父子勾结，私运钨矿资敌。1939年7月6日，伪广东新闻记者联合会在文德路公余俱乐部成立，吕春荣到会训话，大放日华亲善谬论，会后领导巡行。翌日为日寇在卢沟桥发难两周年，伪会承日人意旨，定是日为“兴亚纪念日”，在中山纪念堂开庆祝大会，由吕春荣任大会会长，又集合鼓乐、醒狮、顶马、飘色等在市内巡行，并一连数天在大德、新星、新华、金声各院放映日本宣传片，免费入场，酣嬉歌舞以献媚敌人。是中华民族的大败类、大汉奸。
时吕春荣被羁押，吴仲禧前去提审。
吕春荣言语粗鄙，面目可憎，虽知罪大恶极，仍奢求生还之机。
吴仲禧对其所犯罪行一一宣告，问其还有什么话说，其“扑通”跪下，声泪俱下，祈求只要不被枪毙，做牛做马都行。
吴仲禧厌恶地瞥了他一眼，拂袖而去。
在吴仲禧主持的军事法庭裁定下，吕春荣等汉奸被判处死刑。
吴仲禧建议张发奎在对吕春荣执行死刑前召开记者发布会，大造声势，张发奎认为主意甚好。
10月14日，是执行吕春荣死刑的日子。
张发奎特别举行记者招待会说：“肃奸必须雷厉风行，我虽与吕有旧交，亦决不徇情，为大快人心起见，特在天字码头执行枪决示众。”
时吴仲禧副官林云青担任监斩官。他全副武装、骑马前导，囚车跟在后面，沿途人山人海，喊声如雷，这是抗战胜利后广州地区首次枪毙大汉奸，广州市民高呼“枪毙大汉奸”“吕春荣死有余辜”，不少群众还投掷石头、泥块击打，无不感到出了一口恶气。
吴仲禧后来回忆，当时还枪毙了日伪间谍黄美莲、勾结日伪的“大天二”高根（广州沦陷后，珠江三角洲的绿林由李福林等收编成立游击司令部，却不给这些人经费，这些人便演变为霸地打劫、鱼肉百姓、无恶不作的“大天二”，高根便为其中之一）。
同期，还有一批汉奸分别于各地被处决。如原韶关维持会会长陈修爵、西江保安处长范德星、东江抗红义勇军少将司令李潮（李剑琴）、雷州守备司令符永茂等。
吴仲禧想，能为千百万在抗战中受苦受难的人民讨还血债，平民愤、惩奸腐，是百年难逢的大快人心之事。而在当时利益纷争复杂的情形下，吴仲禧虽身陷泥淖但出淤泥而不染，体现出高尚的道德情操。他久历贫富而不移，多次力拒送上门的不义之财。若说唯一“例外”，便是分配给他的房屋。按当时规定，连房屋原有物品在内全归新住房者所有。当时原房主是日本主管文化出版的官员，家中有大半个房间的白纸，吴仲禧经熟人变现补贴生活之需。
1946年2月，第二方面军奉命改为国民政府军事委员会广州行营（简称广州行营），张发奎任行营主任。
在张发奎的提议下，1946年2月下旬，肃奸处“改组”为广东肃奸委员会，他当主任委员，亲自领导肃奸工作。
广东肃奸委员会隶属军事委员会广州行营，由第二方面军司令部、广东省政府、广东省党部、广州特别市党部、广州市政府、军法执行监、广东高等法院、广东省参议会、广东省保安司令部、广州市警察局等10个单位各派高级官员1人为委员。后来又增加了三青团的代表，共计11人。他们是：余俊贤、曾三省（省党部）、江冷（广州市党部）、詹朝阳（省政府）、祝秀侠（市政府）、吴仲禧（军法执行监）[5]、诸光祖（广东高等法院）、赵超（省参议会）、张祖华（省保安司令部）、陈鲁慎（三青团广东省党部）、袁公超（广州市警察局）。委员们推荐余俊贤为主任委员（后由李大超代理）、詹朝阳为秘书长。委员会下设总务、检举、逮捕3个组。委员会的职责是：发动全省机关团体及民众，从事检举汉奸工作；检举省区内大小汉奸；统一受理检举及处置汉奸事宜；防范及消弭一切汉奸行动或言论。在“省检委会”领导下，番禺、高要、惠阳、中山、三水、英德、博罗、遂溪、海口、台山、海康、顺德、东莞、澄海、潮安、德庆、曲江、始兴、南海、湛江、汕头等21个县市也先后成立了检举汉奸的组织机构。国民党广东省政府还公布了《人民检举汉奸实施办法》（简称《实施办法》），提出：“凡参加敌伪组织各级人员及附逆分子，均应检举之”，“凡属中华民国人民或机关团体，均应负检举汉奸之义务”。要求检举人等用书面形式详述汉奸及附逆分子的犯罪事实与罪证，指出其藏匿地点等。还规定，对于举报有功者给予奖励。
此时，军政部特派员莫与硕和张发奎的办公厅主任李节文的不法行径入了吴仲禧的法眼。莫与硕虽然是上面下来的特派员，但行政职级上是张发奎的下级。吴仲禧接到密报，莫和李二人有倒卖枪械的行为。
他当即去找张发奎。
张发奎勃然大怒：“他们这是吃了熊心豹子胆！”
莫与硕因是陈诚的人，有背景有后台，故上任后疯狂劫收，有人曾提醒他慎重一些，他不以为然：“我现在取名为田夫，立心要做田舍郎，还怕什么？”
张发奎也有些耳闻，但一直顾及陈诚的面子，只希望莫与硕做得不要太过分，但没想到他胆敢联合自己的“心腹”将接收过来尚未启用的数千支步机枪卖给中山护沙总队及黄角乡一带五龙堂之地方土匪恶霸，那可都是全新的装备，这哪里是什么贪污，简直是祸国殃民、罪大恶极！
莫与硕的算盘打得却精。他请省政府主席罗卓英（罗是陈诚系中主要骨干）派李节文担任护沙总队长，如此，既可树立自己的武装势力，又可让李当卖枪之掮客，一举两得，势利双收，真是处心积虑，谋划已久。
据情报人员侦悉，是夜，莫与硕与李节文将在天字码头用轮船装运枪械。吴仲禧报告张发奎后，张发奎迅速调集兵力，令六十四军一五九师师长刘绍武率队前往侦查进剿。
数千支步机枪的装运非短时间可以完成。当部队疾行而至时，只见月黑风高之下的码头人影幢幢，士兵们正在忙着搬运武器。刘绍武一声令下，战士们齐刷刷现身，咔嚓嚓拉响枪栓，吓得作案者魂飞魄散、举手投降，赃物全部缴获。
莫与硕、李节文落网后，为防陈诚包庇徇私情，张发奎让吴仲禧立即起草电文上报中央。此事立即引起较大震动，何应钦、白崇禧等人也纷纷借此案攻击陈诚。后经蒋介石批准，莫与硕、李节文被判处死刑，于1947年9月16日由吴仲禧监斩，在广州执行枪决。
可吴仲禧哪里知道，张发奎表面上清廉，实则也在劫收过程中捞了不少好处。有人悄悄告诉他，张发奎光是全新的汽车轮胎就贪污了一万多二万条，还有日军及汪伪政府各大仓库，张发奎也不放过。张发奎在沙面的住宅地下室，装满了古玩、珍品及上好紫檀、酸枝器物。
与贪官污吏丑陋行为形成鲜明对比的是，时广州物价飞涨，米每斤超过法币100元，猪肉每斤720元，牛肉每斤420元，柴火每担2200元。人民的日子苦不堪言。
期间，张发奎还组织“日军战犯调查组”，进行日军在华南之具体罪行调查，逮捕第一批战犯21人，包括华南级别最高、广东第一号战犯田中久一。
对于田中久一，吴仲禧恨得牙根痒痒。他听李汉冲言，待在监狱中的田中久一对中日战争不大发表意见，只简略地说过，此次中日战争，日本应负侵略责任，不过这是政府的责任而不是军人的责任。他不承认军事上的失败，说日军的失败不是战略战术的失败而是日本政府政策之失败。说日军的南进是错误的政策。但他又说军队作战只能一鼓作气，拖长了士气就会下降，近二三年来日军士气下降了，纪律也废弛了，再打下去日军也确实无法维持。谈到他个人的希望时，他说日本侵略的罪恶，作为一个高级军人，应该负一定的责任，现在和平了就是好事。他说他也日夜祈祷和平，并拿出他写的一本“和平亲善”给人看。问他有什么要求时，他说他个人无所要求，任由中国政府处置。
吴仲禧本想去会会田中久一，看看这个恶贯满盈、双手沾满中国人民鲜血的刽子手的心到底黑成什么样子，又一想，秋后的蚂蚱蹦跶不了多久，多看他一眼多一些晦气，随他去吧。