（五）阴主阳从
阴主阳从的观点自古就有，但未引起普遍的注意，有人错误地只看到表面现象，认为应该是阳主阴从。《素问·阴阳离合论》说：“阳予之正，阴为之主。”阴显阳动，阳见阴则动，阴见阳则静；阳见阴生力，阴见阳失力。
人们常说阴阳互动，那么阴阳相互制约是平等的吗？不是，是阴为主导，阳为从动。阳升取决于阴降。老子在《道德经》第十章中说，“天门开阖，能为雌乎？”一句话点明了阴阳之差异：阴是宁静，不易受刺激；阳则易受刺激，易被激动。神理和物理正是阴主阳从的关系，物理是由神理所决定的。
物理表现为可见的阳，物理的机理是阴，神理是看不见的规则六行。阴阳运行的结果，以阳表现，只是运行过程人们还不知道。神理和物理作为一对阴阳，就揭示出神理和物理同为客观存在。中医是神理和物理的结合。
在中医理念中，阴阳主从关系表现在病能否治好，取决于阴能否下沉。六行运行，在人体中表现为精神在操控肉体。病人的精神能起到重大作用。意念为阴，症状为阳，症状阳可随意念阴而生。思维阴由行为阳表现，面貌阳随精神阴而变。阴不可见，所以只见阳升，内因仍是阳受阴激，只是阴激过程不能表现而被忽略。阴激可以经感官和意念产生。器官的阴阳，阳为症状，阴为病因。
生活中有实例证实，人靠意念或说意志力能承受超乎想象的力，承受几百公斤的重压和超高速、超重力，能在冰水中泡10分钟。靠意念使身体在恶劣环境中不受伤害，这就是阴主阳从的证明。有些硬气功师能够击破石块、击弯铁棍、抗拒刀锋，也是意念力的暴发，有思维勇气在先。
还可以用日常生活中的思维与身体的表现来举例：思维紧张，心跳加快；悲伤，掉眼泪。阴面的思维不可见，尽管神经系统结构可见，但作用机理是不可见的。
老子说“负阴而抱阳”，而不反过来说“抱阴”，就揭示了阴为主因、阳为从动的本质。一般人的思维相反，只见阳抱阴，理解不到相反的景象。“负阴”为从动，“抱”为主动。阴阳互动，暗藏阴主阳从。这就是阴阳六行的实际内涵。从运行动力来看，阴主为力，阳从为动。
这一关系类似于牛顿力学第二定律：质量m为可见的阳，因有力F而从动，产生可见的加速度a；力看不见，只见加速度，于是有等式F=am，这等式就是阴F与阳am的平衡，此时的阳已由不动变成动，是a和m两个可见项之积。于是从物理看，这一关系是牛顿第二定律；从神理看，是阴主等于阳从，阴阳平衡。
所有数学等式，都可以看作左右两边阴与阳的平衡。等式两边为函数和函数值，函数具有自变量，则函数值称为因变量。表面上看自变量为随便取值，得到一个相应的因变量。但是，自变量不是可以随便取值的，而是因变量允许取的才能取。因变量是未知数，但是只有因变量存在，才可能得到想取的那个已知数。这一事实就是用数学等式描述的神理和物理的关系。看不见的因变量存在，决定了看得见的自变量存在。自变量已知了，因变量还未算出来，只是人看不见，事实上在自变量取定的瞬间因变量就存在了，与人算不算出结果无关。
物理上把等式左右两边都看作物理，而不会想到阴阳平衡，这只是一种思维方式。这种思维方式认为等式只要写出来，两边都是可测量的物理量，等式全部归物理所有。神的作用退到等式背后，是这个等式之所以存在的原因——阴阳平衡。于是就出现信神和不信神两种观点。不信神的认为，关系式的存在与神理无关。然而，用物理的思维方式，最后也会回到神理。
物理思维的特点就是现象总有存在的原因。就在这种思维指导下，物理发现了一个个原理而成长壮大起来。那么问一句，等式成立的原因是什么？例如，为什么等式F=am成立？如果回答实际测试结果就如此、本该如此，那就已回到神理的思维。本该如此的实际含义就是神奇、自然而生、自然如此，与一切由神安排的说法无区别。神理的回答反而不含糊：等式F=am成立的原因是阴阳必须平衡。
什么是物理？以牛顿第二定律来说，F=ma，力F等于质量m和加速度a的乘积。观其静为物m，观其动为理a，而左边看不见的力F是神机。力F是否存在，只能观其动，以运动的加速度a体现。物理和神理始终是一体，物理称F为力，神理称F为阴；物理称a为加速度，神理称a为阳表现。可以说，如果没有神理存在，没有阴阳平衡的规则在先，就没有物理等式存在。
从可见性看，神理主动在阴，不可见；物理为阳，可感知。神理和物理是现象的两面，如同自旋的以太子。以太子可见的阳面供物理测试，不可见的阴面是对阳面的支撑，阴面看不见但可用阳面来描述，两者之间有函数关系，如同数学的函数。
从物理看，可以每分每秒地看着蛋的孵化，解释每一个微小变化的过程。从阴阳运作，阴为主、阳为从看，物理只见到阳从，看不见阳从动的原因为阴主。阴主就是六行运作规则，土生金、木生气，复苏新生，爻线阴阳翻转或移动的规则。
为更令人信服地说明阴主阳从的阴阳运行原理，我们再来看八卦六行的微观结构图。按八卦六行规则绘制的六面体，以乾坤体对角线为轴自旋。六面体看得到的三个面，最显大的称阳面，其特征数为7，六行为金；其余两个面，按右旋方向顺序为木和火。于是永远只有金、木、火三个面的轮回转动可见，即特征数7、8、5轮流转动；另外三个面气、水、土永远看不见，即特征数1、4、2三个数表示的面看不见。
对于生命体来说，六行显示生命的态势，金为诞生，木为成长，火为衰亡。我们所见到的生命，也就是这个周而复始的轮回。生命体中的气、水、土是对生命的支撑，源泉、动力却永远看不见，只能以生命体外观分析。这就是阴阳运行、阴主阳从的形象描述。能看见的不是本质，本质永远看不见，只能靠对现象进行思维、分析、判断而知。自旋转的动力和看不见的水土气在背后，要靠表现出来的金、木、火的特性分析气、水、土的状况。这如《悟真篇》之言：“见之不可用，用之不可见。”
这就是用八卦六行描述事物的结果——透过现象看本质，而不只看表面规律。这种思维，就是《老子》和《阴符经》中“生为死根，死为生根”的哲理，是难以真正理解的哲理。
六行的微观，木、金、火的轮回，是宇宙万物存在的规则。背面的水生木、土生金、气生火都看不见，看见的只是已生之后的木、金、火，看见的只是相克——火克金、金克木——和诞生之后向死亡的运行。
对非生命体来说，有存在、放置、消失三个阶段。没有永久存在的东西，只是时间长短而已。例如：财富，得到、拥有、散失；事件，发生、发展、结束；知识，学会、使用、忘掉；病理，萌发、扩大、消亡。
按中医理念，发现人体上火，以金、木、火三阶段轮回看，实际病态已发展到末期了。病态在萌发、扩大阶段应该就能发现，但因疏忽或难以发现而没能及时发现。
轮回、周而复始、诞生、休眠、一年一发芽、孵化、婴儿思维的起始、本能等这一切的机理已进入神理的领域，物理不可能彻底解释清楚。
实际上，阴阳运作、阴主阳从这一观点在《圣经》中也有，只是人们没把《圣经》与中国的阴阳论相对照。《圣经》认为，神和人的关系，是创造和被造的关系；神为主动者，人为被动者。神造万物，有两个含义：一是神为主动，物理为被动；二是神为阴，不可见不可知，物理为阳，可见可知。
中国历史上，宋朝周敦颐画的《太极图》的产生过程，已有阴主阳从的思想，而未引起人们的普遍认识。人们也不知道周敦颐画的太极图产生流程图中，为何上下两个椭圆，阴静在上，阳动在下，静生阴为先，阳动生六行于后。有人认为这是上下子午位颠倒，他们还理解不到周敦颐的灵感，不理解太极图为旋转、运动着的阴阳，或者说不理解午生阴、子生阳的意义，午为阳极，子为阴极，极而生反（参看“太极图之始”一节中的周氏太极图）。