双边政府间计划以新的方式继续
1991年之后，双边科研合作的第一个进展是努力维持正式政府间协议的框架（至少在美国和俄罗斯之间是如此），这种努力显得毫无新意。20世纪70年代初，尼克松与基辛格开创的缓和时代中发起的美苏双边政府间项目重新开展，只不过主体变成了美国和俄罗斯联邦（除此之外，美国也有与苏联签署其他政府协议）。早期项目涉及的范围仍然广泛，如下可见：
·《科技合作协议》（Agreement on Science Technology Cooperation）（签署于1993年12月16日）
·《公共卫生和生物医学研究领域合作协议》（Agreement on Cooperation in the Fields of Public Health and Biomedical Research）（签署于1994年1月）
·《为尽量减少放射性污染对健康和环境的影响而开展的辐射影响研究合作协议》（Agreement on Cooperation in Research on Radiation Effects for the Purpose of Minimizing the Consequences of Radioactive Contamination on Health and the Environment）（签署于1994年1月）
·《保护环境和自然资源领域合作协议》（Agreement on Cooperation in the Field of Protection of the Environment and Natural Resources）（签署于1994年6月）
·《燃料和能源领域科技合作协议》（Agreement on Scientific and Technical Cooperation in the Fields of Fuel and Energy）（签署于1992年6月）
·《关于为和平目的探索和利用外层空间的合作协议》（Agreement Concerning Cooperation in the Exploration and Use of Outer Space for Peaceful Purposes）（签署于1992年）
·《和平利用原子能科技合作协议》（Agreement on Scientific and Technical Cooperation in the Field of Peaceful Uses of Atomic Energy）
·《海洋研究合作协议》（Agreement on Cooperation in Ocean Studies）（签署于1990年）〔66〕
这些政府间项目在戈尔-切尔诺梅尔金委员会相对宽松的管理下进行，该委员会一直持续到克林顿政府结束以及弗拉基米尔·弗拉基米罗维奇·普京成为俄罗斯总统为止。正如在《海洋研究合作协议》一样，一些协议下的活动进展较快，该协议下的研究议程与大规模的跨国项目相挂钩。在其他协议方面，正式协议诸如《科技合作协议》等为新型国际关系架构了桥梁，例如美国国家科学基金会就与新成立的俄罗斯基础研究基金会建立了联系。然而，在《和平利用原子能科技合作协议》中，因为两国政府多年来就如何处理事故责任及其他损害赔偿责任的问题上未能达成共识，合作进度停滞不前。这个难题使许多人迷惑不解，但有人认为，这背后隐藏着更深层次的问题。
科学院间交流项目是冷战时期科学家们往来交流的核心工具，它在冷战结束后仍持续了18年之久。但是，20世纪90年代和21世纪初，国际氛围更加开放，对经由官方赞助的结构化项目而进行科学家个人访问的需求已经减退，取而代之的是通过直接性的学术任命来支持互访活动，世界上其他国家所采取的措施也是如此。到2009年，科学院间交流项目结束了。有人可能会说，冷战时期酝酿的仇外情绪和镇压情绪，使得备受尊敬的科学院间交流项目得以出现，而此时这两种情绪却又重新回到了俄罗斯。
在介绍本节时，我提到过，政府间协议继续开展固然重要，但却是1991年以后双边科研合作中最不引人注目的进展。新型合作项目各个环节都与之前大不相同：基础理念和目标、项目管理、大型的第三方项目首次亮相、资金来源和资金流动，所有这些都打破了冷战时期精心设计的模式。用一位曾经深刻经历过这两个时期的国务院科学官员的话来说，“一切都发生了天翻地覆的变化。”〔67〕