建立符合实际的“跨区域集中管辖”制度
2014年，最高人民法院《关于全面加强环境资源审判工作为推进生态文明建设提供有力司法保障的意见》[3]指出“着眼于从水、空气等环境因素的自然属性出发，结合各地的环境资源案件量，探索设立以流域等生态系统或者以生态功能区为单位的跨行政区划环境资源专门审判机构，实行对环境资源案件的集中管辖，有效审理跨行政区划污染等案件”。意见还明确了“环境资源纠纷司法救济渠道畅通；环境资源源头保护、损害赔偿、责任追究制度得到落实；环境公益诉讼、环境资源案件管辖等制度不断完善；环境资源刑事、民事、行政、执行等司法保护体系更加健全；环境资源法官队伍专业化水平和司法能力显著提高；环境资源审判工作全面加强，职能作用充分发挥”的目标任务。为实现上述六大目标，提出有序推进环境资源司法体制改革，要合理设置环境资源专门审判机构，积极探索环境资源刑事、民事、行政案件归口审理，探索建立与行政区划适当分离的环境资源案件管辖制度。
调研数据显示，三江源国家公园拥有12.31万平方公里的面积，农牧民群众总人数却不足7万人，在如此大的反差下，若在每个法院都设立一个集“三审合一”的生态环境专业审判团队则会出现案件数量少与审判资源合理配置之间的矛盾，势必会造成审判资源的不必要浪费。因此在确定“三江源”地区案件管辖方式时，应着重依托设立三江源生态法庭实现生态环境类案件跨区域集中管辖。
1.管辖范围与行政区域相分离
为集中优势生态环境审判资源，将人民法院生态环境类案件管辖范围与行政区域进行分离，不局限于行政区域，凡在园区范围内的符合一审受理条件的简单刑事、民事、行政案件，均在三江源生态法庭进行审理。
2.环境公益诉讼案件的集中管辖
2014年，最高人民法院《关于审理环境民事公益诉讼案件适用法律若干问题的解释》第6条第1～2款规定：“第一审环境民事公益诉讼案件由环境污染、破坏生态行为发生地、损害结果地或者被告住所地的中级以上人民法院管辖。中级人民法院认为确有必要的，可以在报请高级人民法院批准后，裁定将本院管辖的第一审环境民事公益诉讼案件交由基层人民法院审理。”第7条第1款规定：“经最高人民法院批准，高级人民法院可以根据本辖区环境和生态保护的实际情况，在辖区内确定部分中级人民法院受理第一审环境公益诉讼案件。中级人民法院管辖环境民事公益诉讼案件的区域由高级人民法院确定。”2015年12月28日，青海省高级人民法院出台实施《关于环境资源案件跨行政区域集中管辖实施意见（试行）》作了相关规定，西宁市城西区人民法院集中审理西宁市、海东市、黄南藏族自治州辖区应由基层法院管辖的一审环境资源民事、行政、刑事案件。海晏县人民法院集中审理海北藏族自治州、海南藏族自治州辖区应由基层法院管辖的一审环境资源民事、行政等案件。玉树市人民法院集中审理玉树藏族自治州、果洛藏族自治州辖区应由基层法院管辖的一审环境资源民事、行政等案件。格尔木市人民法院集中审理海西蒙古族藏族自治州辖区应由基层法院管辖的一审环境资源民事、行政、刑事案件（见表7、表8）。
表7 基层法院跨行政区域集中管辖环境资源案件范围(https://www.daowen.com)
表8 中级人民法院跨行政区域集中管辖环境资源案件范围
3.理顺人民检察院在跨区域集中管辖的协同关系
一是对一般环境案件应尽快设立生态检察室与三江源生态法庭相对应，便于诉讼。
二是针对环境民事公益诉讼案件，人民检察院作为公益诉讼人，可打破地域限制，前往指定集中管辖法院进行诉讼。