车臣问题争论的中心转移到欧洲理事会议会大会
随着欧盟对车臣战争的批评减弱，斗争的舞台转移到了欧洲理事会议会大会。欧洲理事会议会大会负责在欧洲维护民主，自1999年以来，这一非欧盟组织就通过了一系列决议，谴责车臣战争，并敦促俄罗斯不要侵犯人权。[87]4月6日，普京选举获胜大约两周后，欧洲理事会议会大会通过了一项史无前例的决议：暂停俄罗斯代表团的投票权。[88]与之前的决议比起来，本次俄罗斯必须提供证据，证明车臣情况有所改善。[89]欧洲理事会议会大会对制裁的认真态度，在另外一点也有所体现，它呼吁欧洲理事会部长委员会，如果俄罗斯未能遵守人权机构的停火要求，就暂停俄罗斯参与活动。[90]欧洲理事会议会大会主席大卫·拉塞尔·约翰斯顿（David Russel-Johnston）对暂停俄罗斯投票权一事进行了解释，他认为，俄罗斯违背了它作为一名欧洲理事会成员国的承诺。他说：“俄罗斯是一个文明的欧洲国家，是欧洲委员会的一员。因此俄罗斯要遵守更高的行为准则规范，这是人们对它的期望，也是它的义务。俄罗斯的敌人的行为可能野蛮，但这并不能成为它违反自己承诺遵守的原则的理由。”[91]
欧洲理事会议会大会的俄罗斯代表团对被暂停投票权感到异常愤怒，径直走出了大厅。[92]在离开之前，代表团团长德米特里·罗戈津（Dmitry Rogozin）嘲讽地说道：“我们（俄罗斯代表团）希望你们（欧洲理事会）一切顺利，再见。”[93]
一周后，俄罗斯国家杜马的代表们仍然在批评欧洲理事会议会大会的投票禁令，称之为一种“侮辱”，是一种“对权利的侵犯”[94]。他们宣布，只有在“修改了其歧视性决定”之后，才有可能与欧洲理事会议会大会合作。[95]国家杜马副主席、因煽动性言论闻名的弗拉基米尔·日里诺夫斯基（Vladimir Zhirinovsky）对大会的决议做出了批评。他将俄罗斯在车臣的行为解释为一种打击恐怖主义的手段，并对欧洲理事会说：“俄罗斯在保护你们，阻止恐怖分子从高加索地区进入欧洲，而你们却谴责我们。”[96]
与此同时，俄罗斯外交部长伊戈尔·伊万诺夫指责欧洲理事会议会大会的代表依靠车臣恐怖分子提供的信息。[97]他谴责投票禁令为“严重的错误，（因为）对于国际恐怖主义和那些对车臣艰难的恢复和平的进程进行破坏的人来说，（这）是一个可乘之机”[98]。为了证明俄罗斯车臣行动的正当性，伊万诺夫宣称车臣冲突和科索沃战争“有某些相似之处”。伊万诺夫摆出欧洲捍卫者的姿态，他说，就像在车臣一样，“极端主义分子以民族主义或分裂主义的名义活动，试图破坏局势稳定，令主权国家解体”[99]。同时，他还贬低欧洲理事会议会大会对外交政策的影响，说它“并没有在欧洲事务中发挥重大作用”[100]。
在投票禁令宣布后的第二天，为了避免对俄罗斯的冒犯，欧洲一些重要官员，虽然引发了争议，但还是竭尽所能地让欧盟与欧洲理事会议会大会保持距离。在车臣战争期间与俄罗斯关系友好的哈维尔·索拉纳在莫斯科举行的一个新闻发布会上强调，欧洲理事会并不是欧盟的一部分，而是一个独立的组织。[101]他向俄罗斯领导人保证，欧盟不会就车臣问题对俄罗斯采取进一步制裁。他说，欧盟是“务实的”，并且“需要一直和俄罗斯进行对话”[102]。索拉纳对于务实的强调，体现在他和欧洲理事会葡萄牙轮值主席在克里姆林宫与普京的会议中。[103]会议的议程，是为即将到来的卢森堡欧俄峰会和部长级会议做好准备。[104]
在同一天，葡萄牙外交部长杰米·伽马（Jaime Gama）代表欧洲理事会轮值主席国发表讲话，并试图减小欧洲理事会议会大会禁令的严重性。他说：“这一禁令并不是最终决定，它目前还只是一项提议。我希望，在我们最后做出决定时，俄罗斯已经创造了有利条件，能让我们采取完全不同的看法。”[105]在与普京和索拉纳的会谈中，伽马保持着这一通融的态度。他说：“尽管在某些问题上与俄罗斯存在分歧，但欧盟有意继续与俄罗斯发展建设性关系。”[106]伽马保证，欧盟“不会在车臣问题上与俄罗斯展开全球对抗”[107]。
对于伽马让欧盟与欧洲理事会议会大会保持距离的做法，俄罗斯外交部长伊戈尔·伊万诺夫表示欢迎。欧洲理事会议会大会的“提议无论如何都与欧盟无关”，伊万诺夫显然对此表示满意。[108]葡萄牙的立场对俄罗斯领导人影响深远。欧盟与欧洲理事会议会大会宣布制裁七个月后，伽马、伊万诺夫和普京进行了会晤，会晤之后，国际文传电讯社（Interfax）援引俄罗斯外交部消息人士的话，感谢“里斯本，就算在车臣问题上也没有胁迫我们……它明白……这个问题对于莫斯科来说有多么痛苦”[109]。
2000年5月，普京满足了欧洲理事会的要求，在车臣设立人权办事处，这一决定初看之下似乎是一个重大让步。普京任命外交官弗拉基米尔·卡拉马诺夫（Vladimir Kalamanov）为总统特别代表，负责监管人权。卡拉马诺夫的团队设法加强司法制度，同时向被拘留的人提供法律咨询，并提供俄罗斯侵犯人权的证据，但他们无权调查申诉或发起刑事诉讼。[110]欧盟部长理事会“认可俄罗斯当局所做出的这一努力，因为他们同意让欧洲理事会的专家在卡拉马诺夫先生的团队里工作”[111]。
办事处改善当地局势的能力有限，这在它成立的9个月后变得明显起来。欧洲理事会的专家发现，对卡拉马诺夫团队提出的申诉，俄罗斯检察官要么回复得并不令人满意，要么根本就不回复。在提交给民事检察官的429份申诉书中，只有169份收到答复。[112]卡拉马诺夫自己承认，他的角色是模棱两可的，并称自己“像一个在马戏团的小丑，没有正式的权力，但每个人（都）可以看到和听到我”[113]。卡拉马诺夫的声明，以及对申诉的有限回复，都表明他的团队的设立更像是一种形式，而没有提供一个合适的制度框架，解决人权侵犯问题。