另一层紧张关系
在2006年1月至2007年5月期间，围绕能源政策的争吵以及围绕延长《合作伙伴关系协议》期限的僵局，都与人权方面的冲突碰巧发生在同一时间段。2007年5月18日，在萨马拉（Samara）举行的欧俄峰会加剧了两国的对抗关系。
反对派“其他俄罗斯联盟”（Other Russia coalition）组织的“异议者游行”和萨马拉峰会同时进行，给峰会蒙上了一层阴影。“其他俄罗斯联盟”选择在萨马拉示威的事实证明，欧盟对俄罗斯反对派的行动具有持久的重要性。由于使用高压手段未能禁止游行，俄罗斯当局软禁抗议者，将他们送进监狱，并拘留了打算采访一些抗议者的记者。[103]担任欧洲理事会主席的德国总理安格拉·默克尔谴责俄罗斯当局对抗议者使用暴力。[104]为了确保这一问题不会破坏欧俄峰会，萨马拉市长维克托·塔尔霍夫（Viktor Tarkhov）准许“异议者”于5月18日举行抗议游行。[105]
萨马拉峰会的主要议题是新成员国和俄罗斯之间的双边争端。俄罗斯与爱沙尼亚、波兰和立陶宛之间的摩擦阻碍了峰会宏伟议程的进展，这些议程包括能源政策合作、共同睦邻合作和续签《合作伙伴关系协议》。[106]欧盟和俄罗斯未能续签《合作伙伴关系协议》，因为他们无力解决波兰与俄罗斯在肉类进口问题上的争端。[107]加之俄罗斯石油管道运营商（Transneft）决定关闭一条向波罗的海国家输送俄罗斯石油的管道，因此，立陶宛也否决了开启《合作伙伴关系协议》的提议，续签协议的计划进一步遭到破坏。[108]
峰会前，巴罗佐曾表示支持这三个新成员国。他解释了欧盟对俄罗斯与波兰、立陶宛和爱沙尼亚冲突的立场，并强调说：“欧盟以团结为原则，一个成员国的困难就（是）所有成员国的困难。”[109]他宣称：“波兰的问题是欧洲的问题，立陶宛的问题也是欧洲的问题。”[110]由于成员国与俄罗斯持续的双边争端，谈判被搁置。然而《合作伙伴关系协议》将于2007年12月1日到期，而俄罗斯一直不愿解除对波兰肉类的进口禁令（事实上，俄罗斯直到2007年12月19日才宣布禁令无效），因此，该协议被延长了一年。[111]
欧盟与新成员国团结一致的行为明显引发了俄罗斯的不满。在峰会当天，即波兰政府不愿与俄罗斯对话的一年之后，普京嘲讽道：“现在，默克尔总理代表波兰发言，这是件好事。”[112]据俄罗斯外交部副部长兼常驻欧盟代表奇若夫说，欧盟的团结很可能导致欧俄关系的进一步冲突。关于欧盟在爱沙尼亚和俄罗斯塔林青铜士兵冲突中所做的调解努力，奇若夫说：“我们已经看到，欧盟内部的团结比基本的客观性更为重要。这不能不引起人们的警惕。毕竟，以后如果遇到其他问题，这种团结将占主导地位，那么，俄罗斯在了解了这些欧盟新成员国的政策特点之后，欧俄关系可能会遇到问题。”[113]
10月26日在马夫拉（Mafra）举行的欧俄峰会面临僵局。峰会举行的前两天，欧盟对外关系和“欧洲睦邻政策”委员贝妮塔·费雷罗-瓦尔德纳博士重申了德国作为欧洲理事会轮值主席国对俄罗斯侵犯人权的行为持公开批评的立场。她宣称：“限制新闻自由、攻击记者、向非政府组织施压以及北高加索局势这些人权问题，应该在峰会上提出并得到关注。”[114]她强调：“这将是一个评估我们关系状态的重要机会。虽然有几个问题无法解决……我们将在莫斯科这个过渡时期为未来的工作奠定基础。”这指的是2008年3月在俄罗斯举行的议会和总统选举。据费雷罗-瓦尔德纳表示：“这次选举是（对）民主原则和人权承诺执行情况的一次重要考验。”[115]
除了对人权和民主化的担忧外，欧盟对俄罗斯作为其主要能源供应国的依赖，仍是双方关系不稳定的一个因素。欧盟对此的担忧进一步加剧，因此它制定了一个可以绕过俄罗斯能源供应渠道的计划，即纳布科管道计划（Nabucco pipeline）以实现能源供应多元化。该计划正在尝试通过土耳其和巴尔干半岛将里海的天然气输送到欧洲，这是欧盟实现能源来源和获取能源途径多样化的新计划之一。[116]尽管这条管道能够输送的天然气并不多，但它表明欧洲此举是为了避免对俄罗斯天然气过度依赖。俄罗斯驻欧盟大使奇若夫反驳了欧盟对俄罗斯作为欧洲能源供应国的可靠性的担忧。他表示：“我们不会把能源和经济问题与政治问题混为一谈。”[117]
纳布科管道计划的制定存在严重缺陷。欧盟委员会难以与提供天然气的国家达成协议，这是影响纳布科管道计划可行性的一个主要问题。[118]据欧洲能源政策委员皮耶巴尔格斯说，纳布科管道计划起初预计从阿塞拜疆、伊朗、伊拉克和埃及输送天然气，但后来考虑了从哈萨克斯坦和土库曼斯坦（Turkmenistan）获得天然气的可行性。[119]为了解决纳布科管道计划的供应问题，2008年4月，欧盟对外关系和“欧洲睦邻政策”委员与土库曼斯坦谈判，达成一项天然气协议，专门为纳布科管道计划供应部分天然气。[120]2008年，土库曼斯坦拥有全球1.6%的天然气储备，位列全球第二，仅次于俄罗斯。[121]