德国担任欧洲理事会轮值主席国
继任的德国将人权作为其议程的核心，这与芬兰担任欧洲理事会轮值主席国时不同。2007年1月17日，德国总理安格拉·默克尔（Angela Merkel）在德国就任轮值主席国发表演讲时强调，柏林不会忽视欧俄关系中的“新闻自由（和）公民自由”等问题。[77]默克尔对俄罗斯的立场是加剧德国任期内欧俄对抗的关键。
默克尔对俄罗斯的态度表现在，她将《合作伙伴关系协议》的续签附加了一项条款，即俄罗斯必须就能源供应可能中断的问题向欧盟发出警告。[78]她向普京提出这个想法时，普京不愿意进行这个承诺。[79]因此他发起了反击。[80]他指责欧盟推行会产生分歧的政策，没有尊重俄罗斯的利益。他表示：“集团心态（不应该）在欧洲政治中占上风，在我们大陆上也不应出现新的分界线，亦或单边项目的实施损害我们邻国的利益和安全。”[81]
普京声称，《合作伙伴关系协议》的续签受到欧盟内部决意在续签问题上采取统一立场的影响。他说：“我们知道我们的合作伙伴在发展统一立场方面要面对诸多困难。”[82]他警告说：“对话里的任何停顿都是适得其反的。”这与之前他对《合作伙伴关系协定》的谈判立场截然不同。在拉赫蒂峰会后举行的新闻发布会上，他否认推迟谈判会对俄罗斯和欧盟的关系产生负面影响。[83]普京无意成为准欧盟成员国，同时也反对加入欧盟，他认为，《合作伙伴关系协议》似乎是发展欧俄关系的唯一途径。他强调：“在可预见的未来，俄罗斯无意加入欧盟，也无意与欧盟建立任何形式的机构联系。”[84]普京在《俄罗斯中期战略》中一再否认与欧盟一体化，并强调：“俄罗斯应保留其决定和实施对内和对外政策的自由、保障其作为一个欧亚国家和独联体中最大国家的地位和优势，保持其在国际组织中的立场和活动的独立性。”[85]普京在《合作伙伴关系协议》谈判上重申这一立场，这表明他打算维护俄罗斯对外关系的自主性。
俄罗斯政府有意维持自主性，这成为其与欧盟关系冲突的根源。欧盟贸易委员彼得·曼德尔森（Peter Mandelson）在谈到普京关于俄罗斯既不打算与欧盟紧密结合，也不打算加入欧盟的声明时表示：“这种（欧盟）称之为俄罗斯孤立主义的局面只（会）把俄罗斯引向错误的方向。”[86]欧盟和俄罗斯对价值观的理解存在巨大差异，加速了俄罗斯向“错误方向”的转变。曼德尔森说，“部分俄罗斯人”不相信法治对俄罗斯的长期政治和经济发展具有决定性的作用。他表示，欧盟有义务向俄罗斯政界人士解释：“他们致力于建立一种基于相互依存的关系，这种关系由可预见的规则为双方提供保障。”[87]
曼德尔森呼吁对俄罗斯采取统一的政策。他强调，欧盟需要“一个基于共同利益的、明确的、单一的对俄政策，而不是像过去那样，基于不信任的、多样化的对俄政策”[88]。曼德尔森谴责欧盟对俄罗斯缺乏统一政策，并坦率地说，这令人担忧，因为“没有任何国家能像俄罗斯那样暴露欧盟的分歧。这是整个欧洲的失败，而不是某个成员国的失败。这对欧盟的利益没有好处。由于俄罗斯对欧盟性质和状况的误解，加上欧盟内部的分歧让俄罗斯失望和幻灭，这也不符合俄罗斯的利益”[89]。
对如今欧盟与俄罗斯关系的这种评估在1999年是不可想象的，当时，俄罗斯和欧盟为了共同利益团结一致，共同努力解决科索沃战争。欧盟内部的分裂、俄罗斯倾向威权主义，以及两国在价值观对其关系重要性上的分歧，这些都导致了欧俄关系危机。曼德尔森说：“这种关系包含了冷战结束之后我们从未见过的误解甚至不信任。”[90]曼德尔森对欧盟和俄罗斯关系的看法与1999年形成了强烈的对比，当时，俄罗斯与美国和北约基于不信任建立的关系正面临冷战结束以来最严重的危机，而欧盟和俄罗斯的关系却在蓬勃发展。[91]
欧盟对莫斯科缺乏统一外交政策的影响，加剧了俄罗斯、欧盟及其部分“新”成员国之间的紧张关系。爱沙尼亚和俄罗斯之间的对峙是由于塔林（Tallinn）解放者纪念碑的搬迁引起的。对爱沙尼亚人来说，这座纪念碑象征着苏联的镇压，而对爱沙尼亚的俄罗斯人来说，它象征着与希特勒斗争的英雄主义。[92]为了防止对立情绪进一步恶化，爱沙尼亚总理安德斯·安西普将这座纪念碑——一尊士兵铜像搬迁出塔林。这引起了爱沙尼亚民族主义者和俄罗斯示威者间的暴力抗议。[93]俄罗斯外交官没有参加安西普在胜利日举行的纪念搬迁士兵铜像的仪式，这时，爱沙尼亚和俄罗斯之间的危机变得很明显。[94]这场危机的严重程度反映在俄罗斯外交部的一个警告中，即给“爱沙尼亚和俄罗斯的关系造成了严重的后果”[95]。与此同时，爱沙尼亚驻莫斯科大使馆遭到国家支持的俄罗斯青年运动组织“纳什”（Nashi）的封锁，封锁时间长达一周。[96]他们在大使馆前放了喇叭，播放斯大林时代的军乐，以此作为挑衅。[97]爱沙尼亚外交部长乌尔马斯·帕依特（Urmas Paet）在局势恶化时请求欧盟的支援。他发表了一份引人注目的声明，声称：“欧盟正在受到攻击，就像俄罗斯攻击爱沙尼亚一样。”[98]他敦促欧盟“尽可能积极”，请求欧盟推迟与俄罗斯的《合作伙伴关系协议》谈判。[99]
欧盟团结一致支持爱沙尼亚导致爱沙尼亚和俄罗斯之间的对峙加剧。欧盟“共同外交与安全政策”的高级代表索拉纳和欧盟委员会呼吁俄罗斯当局“尊重与爱沙尼亚的关系”。担任欧洲理事会轮值主席国的德国在解决俄罗斯和爱沙尼亚关系中的危机方面发挥了重要作用。[100]德国外交部长弗兰克-瓦尔特·施泰因迈尔（Frank-Walter Steinmeier）代表欧洲理事会轮值主席国从中斡旋，让双方达成了妥协，结束了危机。[101]这表明，欧盟的任何一个“新”成员国与俄罗斯发生危机都会成为欧盟的政策问题，而不是这个成员国的国内政治问题。
欧盟对爱沙尼亚的支援表明，苏联卫星国加入欧盟改变了欧盟对俄罗斯的外交政策。这是1999年以来，欧盟成员国与俄罗斯第二次发生双边冲突。俄罗斯决策者担心，欧盟在成员国与俄罗斯的双边矛盾中支持成员国，这可能会影响俄罗斯在欧盟的民意。俄罗斯总统助理谢尔盖·亚斯特列任布斯基对塔林试图与欧盟结盟感到担忧，并强调：“俄罗斯正努力确保欧盟听取我们的意见，并理解我们对爱沙尼亚当局的行动感到关切的深刻原因，这些行动符合美化纳粹主义的趋势。最重要的是，这些行动正在逐步推动欧洲国家对二战结果进行全球修正……我们不希望所谓的‘欧盟新手’（EU neophytes）煽动欧洲舆论，导致舆论发生了180度大转弯。这些人往往自我夸大，有着根深蒂固的历史情结。”[102]