渐行渐远的伙伴关系
甚至在汉密尔顿主义者和威尔逊主义者都发现了他们在美国内部政治力量的局限时，他们也逐渐开始发现他们共同的全球主义议程中的冲突和摩擦。与10年后相比，威尔逊主义者与汉密尔顿主义者于1990年更接近达成共识。
大部分问题源于威尔逊主义者日益怀疑汉密尔顿主义工程的两个核心特征。第一，日益增强的环境保护运动开始把汉密尔顿主义者毫无限制的自由贸易计划看做对国内外环保工作的颠覆。在国内，环保主义者认为，世界贸易组织和北美自由贸易区削弱了美国改善捕鱼方式的努力，比如要求捕捞金枪鱼和虾时，只能分别使用不伤害鲸鱼和乌龟的鱼网。在国外，环保主义者一般更视汉密尔顿主义的贸易和投资政策有利于自由放任的发展战略，不给那些牺牲环境质量、关注眼前利益和工作的人设置任何障碍。
另一个反对派成分是因汉密尔顿主义议程对劳工权利造成的后果而形成的。20世纪90年代，许多著名人权组织把劳工权利提高到首要人权的地位，这是一种缓慢前进、不引人注目的运动。尤其是，自由结社的权利一直被视为一项基本人权，允许自由组建政党。90年代，人权组织逐渐感觉到这些观点的力量，即自由结社权利也包括组建自由工会的权利，人权观察、自由之屋和大赦国际等组织在重要权利清单上还添加了几项劳工权利，侵犯这些权利应该招致国际公民社会的强烈反应。
最为独特的是，人权团体和环保团体都希望国际惯例和法律制裁那些侵犯核心劳工和环境标准的人。这是对汉密尔顿主义议程核心内容的直接挑战。确定自由贸易惯例的世贸组织规则厚颜无耻地省略了所有与劳工和环保做法有关的条款。工会、环保团体和人权组织运用国际公民社会力量强制实行劳工和环境标准的想法，让美国内外的汉密尔顿主义者惧怕不已。往好里说，这些复杂而分歧较大的新问题将使美国朝着汉密尔顿主义世界经济秩序前进更为困难；往坏里说，随着公民社会对其脆弱规则和程序的要求越来越高，整个世贸组织体系将会崩溃。
随着20世纪90年代的推进，汉密尔顿主义者和威尔逊主义者之间的这些问题显然不会消失。在对华政策上的不断冲突表明，虽然他们都认为美国有必要采取强硬的全球政策，但他们在政策方向和重点上的分歧会导致美国多数（如果不是全部的话）全球交往的停滞。保护主义者幸灾乐祸地看着威尔逊主义者和汉密尔顿主义者在对华贸易问题上分歧不断，就像威廉·波拉哈幸灾乐祸地看着威尔逊与汉密尔顿主义者参议员洛奇之间在国联问题上的分歧一样。
世贸组织体系还给威尔逊主义者造成了其他问题。考虑到许多成员国政府的敏感性，谈判人员为解决冲突、审理裁决，确立了很高的隐私和保密标准。会议不对媒体开放，会议记录秘密存放，公民社会团体不能在世贸组织会议议程中提供旁证。
威尔逊主义者不能漠视这些问题。“国际空间”的管理、国际协议和机制的领域是威尔逊主义思想家最感兴趣的话题。国际空间原本由政府和大公司主导。国际空间的民主化——非政府组织、工会、政党及其他非公司利益的出现，被威尔逊主义者视为对国际秩序和法律的健康增长和发展至关重要。随着国际空间的扩展（威尔逊主义者的一个关键目标），国际治理中“民主赤字”问题逐渐走向了前台。
随着公民社会团体逐渐看到国际机构作出的决定对自己国内的轻重缓急息息相关，随着因特网等新技术降低了公民社会团体之间的合作国际成本，增加了合作方法，强有力的联盟逐渐形成，因而能在贸易政策等国际问题上发起国际运动。
威尔逊主义者逐渐远离汉密尔顿主义贸易议程使这一议程的进展戛然而止。在激烈的西雅图街头抗议中召开的1999年世贸组织部长级会议的破裂证明这种趋势显然已经存在：90年代初的汉密尔顿主义议程已经失去政治动力。美国实现汉密尔顿主义重要目标的能力令人怀疑，这次同样不是因为外国对这些设计的反对，而是因为美国内部的意见分歧。(https://www.daowen.com)
汉密尔顿主义者同时也发现，自己越来越远离威尔逊主义议程的核心要素。经济制裁，尤其是单边经济制裁，是汉密尔顿主义原则和具体而强大的汉密尔顿主义利益所不能容忍的。对威尔逊主义者而言，制裁是对付外国病态政府的相对便宜的工具。对它进行贸易制裁。缅甸的人权记录冒犯了所有好人吗？阻止美国公司到那儿投资。卡斯特罗逮捕了独立记者吗？收紧对其的禁运。
汉密尔顿主义者把这看做自作自受的疯狂。威尔逊主义者视之为明确的道义责任。汉密尔顿主义者多少有些不情愿地承认，贸易制裁可能是有用而适当的。之所以有这种让步，部分是因为多边制裁比单边制裁显然更有可能奏效，也是因为汉密尔顿主义者充分理解有效的多边制裁一般都藏而不露。威尔逊主义者随意地认为多边制裁比单边制裁更为可行，但还是认为美国的原则有时需要美国人表明立场，而不管其他人如何做。
人道主义战争问题也让这些学派产生分歧。随着20世纪90年代的推进，威尔逊主义者对这些干预的明显热情逐渐让汉密尔顿主义者感到沮丧。威尔逊主义式的干预看起来成本高、风险大、收益低且不稳定。与美国入侵之前相比，海地变得更民主多少呢，距持久的政治或经济秩序更近了多少呢？汉密尔顿主义者想知道，美国军队在前南斯拉夫共和国再待多久才能回家呢？威尔逊主义者在这些情况下的具体政策后果是什么呢？为了追求他们的目标，威尔逊主义者愿意冒多大的风险，与中国和俄罗斯以及美国的盟国发生冲突呢？
无论在任何情况下，杰克逊主义者都反对有限战争。关于美国的海外干预行动，汉密尔顿主义者更为灵活，但依然希望得到更为明确的答案，威尔逊主义者当然做不到这一点。此外，与威尔逊主义者同行相比，汉密尔顿主义者一般更能容忍国内外的道义缺陷。虽然他们在公开场合不经常说“不”，但汉密尔顿主义者认为，种族压迫已经存在了很长时间，而且种族清洗在20世纪的欧洲已经成为家常便饭。这尽管丑陋、险恶和令人不齿，但这真的是一种罪过，值得美国派兵反对吗？
看着克林顿政府政策的威尔逊主义因素，汉密尔顿主义越来越感到失望，且心中暗想国务卿玛德琳·奥尔布赖特的威尔逊主义诉求正把美国带向危险的方向，正在从事一种冒险的事业，不必要地招致其他大国的敌视和嫉妒。
1999年，美国及其北约盟国对南斯拉夫发动了空袭，这种失望更加深重。除了对克林顿政府的谈判策略、缺乏明确目标、战争之路上的明显误判普遍不悦之外，汉密尔顿主义现实主义者还惊讶于为战争辩护的法律理论的革命性质。一般来说，汉密尔顿主义者不盲目崇拜国际法，但他们认为美国是安全问题上的保守派、现状派。汉密尔顿主义者一般不喜欢创造削弱国家主权重要性的先例。
此外，皮诺切特的逮捕让汉密尔顿主义者大为震惊，认为美国的威尔逊主义者与国外同行沆瀣一气，削弱了美国外交官和总统将来可能也需要的法律学说。就像1919年一样，威尔逊主义者试图建立高于国家主权的国际法律体制，与汉密尔顿主义者认为任何力量都不应强于美国政府的想法正好发生了冲突。
21世纪初，汉密尔顿主义者与威尔逊主义者之间的对立正在深化，全球主义者联盟正在四分五裂。