2006年

1月1日，中卫市局、各县局开始发布突发气象灾害预警信号。

4月，宁夏回族自治区气象局印发《中卫市国家气象系统机构编制调整方案》：中卫市气象局机构规格为正处级。内设办公室（人事教育科、中卫市气象局应急管理办公室）、业务科技科（政策法规科）、计划财务科，其规格为正科级。中卫市气象局直属科级事业单位4个，中卫市气象台（中卫市气象信息中心）、中卫市气象科技服务中心、中卫市雷电防护技术中心、中卫市人工影响天气技术中心。另外，保留中卫市气象局财务核算中心，挂靠计划财务科。中卫市设中卫国家气候观象台（挂沙坡头区气象局牌子）、中宁县气象局（中宁国家气象观测站一级站）、海原县气象局（海原国家气象观测站一级站）、兴仁气象站（兴仁国家气象观测站一级站）4个县级气象局（台、站），机构规格为正科级。其中，中卫国家气候观象台与沙坡头区气象局实行局台合一；中宁、海原两个国家气象观测站一级站与县气象局实行局、站合一。

5月，中卫市气象局高红贤被宁夏回族自治区劳人厅和宁夏回族自治区气象局联合表彰为全区气象工作先进个人。

8月5日，海原县曹洼乡老虎行政村老虎自然村遭受暴雨袭击，造成6人死亡。

是年，中卫市气象局在自治区气象部门地市局目标任务年度考核中为优秀达标单位。