二、制定书院章程
梁鼎芬在书院担任山长期间，为了规范书院日常教学管理，制定了四大规章制度，大大提高了书院的教育水平和管理效率。其中，包含了《端溪书院章程》《生徒住院章程》《端溪书院监院章程》和《端溪书院院役章程》。
其一，制定《端溪书院章程》。后世所知的端溪书院章程为清光绪十三年（1887年）山长梁鼎芬所制定，共22条。主要内容涉及入读生徒的身家、品行、礼仪、课业、奖惩等。主要条款归类如下：
（1）凡洋佣子弟及身家不清者，好做状禀及遇事包揽者，好做枪替声名狼藉者，均不得与考，查出驱逐。
（2）凡吸食洋烟者，不得与考，查出驱逐。
（3）生徒贽见，用大钱一百文。
（4）生徒未曾谒见，不准应课，以杜假冒。
（5）随封[29]系书院陋规，与衙门门包无异，即行革除。
（6）每月廿八日官课期，初八日府署课期。
（7）每月初三、十八日院长课期。
（8）每课题目文诗题外，并课古学，生徒有志读书，能兼作者，当加优奖。
（9）课期限两日缴（交）卷。
（10）凡应课抄录蓝本者，请人枪替者，第一次由正课降附课，第二次扣除。
（11）凡应课不列一二次及漏课一二次者，按课扣膏火半月，加给前列，至三次扣除。
（12）每月初三日投考，另榜列名。有正课不守规条者革除，以投考前列之生徒按次递补。
（13）每课在堂上发卷。
（14）凡发卷日，文字优劣经院长分别宣告，各生徒不得因某卷内少有疵累，或堂上哗笑，或出外传扬，既非君子之心，亦失朋友之谊。
（15）每月逢一、六日讲书。生徒听讲者，辰初到院。
（16）凡听讲日，各生徒不得笑语跛倚，如有不遵，当堂斥退。
（17）凡发课讲书日，院长升讲堂，生徒分东西立，一揖，院长坐，生徒两旁侍坐。事毕，生徒仍分东西立，一揖，皆退。
（18）凡应课生徒，路遇师长，皆旁立稍待，不得疾趋。
（19）凡应课生徒，如有短衣出门者，查出扣除，以重礼法。
（20）凡应课生徒，每月朔到院领取日记簿，将每日读书、行事，有无心得，有无过失，细注于上，听讲时呈阅。不得欺饰偷懒。
（21）院内藏书数千卷，略备观览，在院内肄业者，准其借读，院外者准其到院翻阅，不得携出。
（22）院内藏书未富，拟与官长商议，再行捐置，见由院长、监院先捐出数十种，以劝来者。[30]
其二，制定《生徒住院章程》。
古代书院称学生为“生徒”。清代书院生徒大都分两类，一类不住书院，属于走读性质；另一类入住书院，为住院生徒。为了管理住院生徒，梁鼎芬于清光绪十三年（1887年）订立了《生徒住院章程》，共16条，主要内容如下：
（1）凡应课生徒，由院长慎选入院读书，以谨守乡学，年少有志之士为上等，一切规条，务当遵依。
（2）凡住院生徒，见由制府加给膏火，以资鼓励，庶与院外肄业者有别。
（3）院内膏火，以地方之远近，定膏火之厚薄，广东省肇庆府每名加给银一两，广州府、罗定州、阳江厅每名加给银一两五钱，惠、潮、嘉、南、韶、连、高、廉、雷、琼各属，每名加给银二两，广西省府、厅、州各属，每名加给银二两。
（4）凡正课、附课生徒，皆可住院，惟必要院长择取，不得自行迁入。
（5）每月朔望，院长率同在院生徒诣景贤阁行礼。
（6）各生徒不幸有父母之丧，院长、监院到房唁问致赙，同院生徒到房唁问，量力致赙，路近者到家唁问。(https://www.daowen.com)
（7）各生徒有疾病者，院长、监院到房看问，同院生徒到房看问，同时，料理汤药。
（8）各生徒清晨即起，二鼓后即睡，起居有常，方能读书。
（9）各生徒每日将功课注写日记簿上，荒懒欺饰者，革课出院。
（10）各生徒如以事他出，务当向监院门首写号注明。不遵者，革课出院。
（11）各生徒禁止夜出，不遵者革课出院。
（12）各生徒在房读书，无事静坐，不得结队聚谈，高声肆叫。不遵者，记大过一次，至三次，革课出院。
（13）各生徒不得短衣赤足，群立房门，既玷斯文，尤乖礼法，不遵者，记大过一次，至三次，革课出院。
（14）各生徒服役人等，务当严行管束，不得喧哗滋事，唱曲赌钱。如违，即日驱逐，该生徒记过一次。
（15）门庭洒扫，古人小学之一端也，各生徒务饬服役人等清晨扫地，不得芜秽。如违，由监院查明某房某丁，即日驱逐，该生徒记过一次。
（16）院内禁用水火灯，各生徒勿以价贱，违例点用。[31]
其三，制定《端溪书院监院章程》。
监院相当于书院行政首脑，地位仅次于山长（院长）。为了规范监院的职责、义务和权利，清光绪十三年（1887年），梁鼎芬制定了《端溪书院监院章程》，共8条，主要有：
（1）监院例有贽见、随封，百年来通省恶习，必须洗涤。今徐、朱二君[32]共拟全行革除，生徒不得循例致送。
（2）院内各事，监院责成甚重。此次徐、朱二君系由制府慎选，所有从前克扣膏火、奖赏、插名录遗，与院科通同作弊等事，一切革除。
（3）凡每月膏火，监院在讲堂发给。
（4）凡应课生徒，无论在院内院外，遇见监院，均宜恭谨，不得侮慢。
（5）凡住院生徒，到院之日，往监院厅上一揖，以示敬礼。
（6）院内生徒，新设出入写号簿。凡写号者，至监院门首自写，不得私出。
（7）每日酉刻，监院将院内巡察一回。（徐、朱二君各十五日分任其事，幸勿疏忽。）
（8）院内院科、号房、更夫、院丁各色人等，全归监院管理，勤者加奖，惰者斥退。[33]
其四，制定《端溪书院院役章程》。
为了进一步明确和规范后勤人员的职责与注意事项，规范后勤人员行为，保证生徒正常学习和生活。清光绪十三年（1887年）梁鼎芬制定了《端溪书院院役章程》，共9条：
（1）院科每与各署礼房通气，盘踞多年，凌侮生徒，克扣银两，通省皆然。今已查出弊端，本当送县枷号，姑念弊非一日，事非一人，概从宽恕，即行斥逐，如敢私自充当，查出究治。
（2）生徒应课，每有贿托院科，倩（请）人代应，免扣膏火，殊可怪叹。此后院科如敢仍蹈前辙，定即斥逐，送县究治，并将该生徒斥退，以端士习。
（3）院科作弊既工，尤有气焰，每见生徒坐谈嬉笑，不知检束，自经此次惩创，以后院科凡见生徒必要旁立，不得放肆，如违斥退。
（4）每逢课期交卷，院科移桌子于门外收卷，各生徒不得入院科房，院科亦不得擅请生徒入房，如违，查出斥逐。
（5）院科果能恪遵规矩，勤慎当差，每节由院长自行优奖，以示鼓励。
（6）号房专司传帖拜客及看守门首各事，如敢不敬监院、生徒，即行斥逐，私自作弊者送县究治，勤者有赏。
（7）院丁、更夫、水夫，各司其事，如敢不听监院、生徒使唤，即行斥逐。私自作弊者，送县究治，勤者有赏。
（8）有敢在院聚赌者，吸食洋烟者，查出斥逐，送县究治。
（9）不得容留无赖人等在院住宿，及聚众在院喧哗唱曲，查出斥逐。[34]
经过梁鼎芬订立的一系列规章制度，端溪书院的管理逐步规范化、制度化。