司法确认程序的具体操作
（一）启动
首先，司法确认应该由当事人向法院申请，而且必须是共同向法院申请，而且依《人民调解法》第33条和《民事诉讼法》第194条之规定，申请应该在调解协议生效之日起的30日内向调解组织所在地基层人民法院提出。
当事人申请确认调解协议时，向人民法院提交的材料应该包括：司法确认申请书，调解协议、当事人身份证明以及与调解协议内容相关的财产权利的证明等证明材料（比如张三在调解协议中同意以私家车一辆折抵所欠李四债务若干，张三应当提供相关材料证明该车归其所有，且车辆没有设定抵押或质押权），并提供双方当事人的送达地址、电话号码（用于送达法律文书）等。委托他人代为申请的，须向人民法院提交由委托人签名或盖章的授权委托书。
（二）受理
人民法院在收到当事人司法确认后，会在3日内决定是否受理。但属于确认身份关系、确认收养关系、确认婚姻关系等涉及公民人身关系的，人民法院不予受理，同时，调解协议内容不属于人民法院受理民事案件的范围或者不属于接受申请的人民法院管辖的，不予受理。
★有待《民事诉讼法》司法解释解决的问题
《人民调解法》和《民事诉讼法》规定司法确认程序由基层人民法院受理，接受司法确认申请的人民法院必须对纠纷享有管辖权，这在制度中就形成了一个空洞。比如许多地区的知识产权案件是由中级人民法院一审的，若当地调解组织针对知识产权纠纷促成调解，那么，应该向谁申请司法确认呢？调解组织所在地的基层法院将依照“接受申请的人民法院对纠纷不享有管辖权，不予受理”拒绝受理，而有管辖权的中级人民法院，却因为法律规定“司法确认只能由基层人民法院受理”而不能受理，那么，这类纠纷的司法确认该由谁受理呢？这是个问题。目前，有些地方的法院采取变通方式，即由有管辖权的中级人民法院发函指定调解组织所在的基层人民法院受理司法确认申请，但这毕竟只是临时性的变通方法，有待于司法解释明确解决。
（三）裁定确认或驳回申请
人民法院在受理司法确认申请后，由独任法官或合议庭对调解协议进行审查，在必要时，可通知当事人到场，当面询问当事人，在审查过程中，认为当事人的陈述或者提供的证明材料不充分、不完备或者有异议的，可以要求当事人补充陈述或补充证明材料，当事人无正当理由未按时补充或者拒不接受询问的，可以按撤回司法确认申请处理。
法院审理调解协议确认案件，其审查的重点是：
一是调解协议是否由当事人自愿签订，是否存在欺诈、胁迫、乘人之危或重大误解的情形；(https://www.daowen.com)
二是调解协议的内容是否违反法律、行政法规的强行性规定；
三是调解协议的内容是否损害到国家、社会的公共利益，是否损害第三人合法权益；
四是调解协议的内容是否具有给付内容，是否具有可执行性。
★办案体会
甲法院受理的一起民间借贷纠纷，当事人在当地人民调解组织主持下达成调解协议后，向法院申请司法确认。负责审查的李法官将被告姓名输入“审判信息管理系统”检索时发现，被告张某在法院有多起借贷纠纷，部分案件已经判决生效并进入执行程序。李法官心生疑窦，遂通知双方当事人到法院接受询问，在约定的时间，被告并未出现，只有原告及其代理律师到场。
李法官首先询问双方的债权债务如何形成。原告说：自己租住的写字楼产权属被告所有，某年某月（借款合同上的时间），被告以自己公司急需周转资金为由，向原告借了200万元借款，约定一个月内归还，但债务到期后，被告并未归还。
在询问中，李法官发现诸多疑窦：原告虽然提供一份由双方签名的借款协议，调解中被告对借款事项并不否认，但原告提供的转账凭证，款项是从第三人账户转至被告名下银行账户，第三人电话可打通却无人接听，询问原告，原告称第三人在国外旅游，短期内无法回来，只能提供由第三人亲手书写的情况说明。
李法官紧接着询问原告在被告无法归还欠款时，为何不及时起诉，却在其财产被查封法院即将委托司法拍卖时突然起诉，原告讷讷不能答。
李法官审查后认为，原告一直与被告保持联系，对被告因多宗债务纠纷被起诉也了解情况，在被告陷入债务危机时，对200万元的借款，原告迟迟不提起诉讼，有悖常理；原告选择在被诉讼保全不动产即将被拍卖时快速与被告达成调解协议，目的显然是参与执行款的分配；借款支付过程存疑；不能排除原被告双方串通设立债权，以图参与执行分配达到稀释债权的目的。最后，法院裁定驳回司法确认申请。
（四）裁定驳回后的救济措施
法院裁定驳回司法确认申请后，当事人是否可以申请再审？答案是否定的。因为再审的前提是纠纷在法院有一个生效的判决，裁定驳回司法确认申请只是法院拒绝赋予调解协议强制执行力，并不是生效的判决。当事人应该走另外的路径实现权利救济。
比如前面的案件，法院在裁定驳回当事人申请后，原告完全可以就200万元借款纠纷向法院起诉，请求法院判决支持。其他的纠纷，当事人也可以请求调解组织再次主持调解，达成新的调解协议，再次申请司法确认。
如果案外第三人认为经人民法院确认的调解协议侵害其合法权益的，可根据《民事诉讼法》第56条第3款的规定，通过提起案外人撤销之诉维护自己的合法权益。案外人撤销之诉，权利人必须在知道或应当知道其民事权益受损之日起6个月内，向作出判决、裁定、调解书的人民法院提出。