攻灭赤眉军的战争
更始三年（公元25年）六月，刘秀在鄗县称帝，改元建武后，立即派大司马吴汉统军十余万围攻洛阳，同时命耿弁、陈俊屯兵五社津（今河南巩县以北），警戒荥阳以东。
此时，更始政权军队（绿林军）正与赤眉军激战于新丰附近，无法顾及东边的洛阳。吴汉率朱祐、岑彭、贾復、坚镡等11位将军攻打洛阳，更始将领朱鲔孤军守城，顽强抵挡（李轶因朱鲔中刘秀借刀杀人之计而被其刺杀）。吴汉一连攻打了两个多月，未能得手。后刘秀亲至河阳，坐镇指挥，也未能奏效。九月，赤眉军攻陷长安，更始政权覆亡，刘秀遂遣岑彭劝说朱鲔投降。起初朱鲔以曾主谋杀刘演及阻拦刘秀去河北之事，不敢降。刘秀向他明确表示不计前嫌，朱鲔见外援已绝，洛阳孤城早晚将破，遂开城投降。十月，刘秀定都于洛阳，控制了关东的战略要地，与西进的邓禹，对关中的赤眉军形成了夹击之势。
邓禹在河东击败更始王匡等所统的十余万大军之后，七月，自汾阴（今陕西韩城东南）渡过黄河，进入夏阳（今陕西韩城西南），在衙县（今陕西白水北）又击破了更始中郎将左辅都尉公乘歙之兵十余万。此后，邓禹军一路所过，各地豪强及更始驻军纷纷望风而降，邓禹军急速膨胀，号称百万，名震关西。赤眉军进占长安后，邓禹部属皆劝邓禹攻取长安，邓禹认为自己部队人数虽众，但能战者少，又缺乏足够的军资，不能与锐气正盛的赤眉军争锋，于是率军向北，至栒邑，控制了上郡、北地、安定3郡，一面休整部队，一面窥伺关中赤眉军动向，限制其向北发展。
赤眉军进入长安后，其四周：东有洛阳的刘秀，东南有南阳的成丹，南有汉中的刘嘉，西有天水的隗嚣，北有栒邑的邓禹，关中还有一些更始政权的残余力量，处于四面受敌，孤立无援的境地。但赤眉军没有制定任何相应的策略，来改变这种不利处境，将几十万大军屯驻于长安地区。而关中地区，由于屡遭战乱，人民饥馑，各地豪强反对赤眉军，纷纷坚壁清野，使赤眉军无法筹措到粮食，补给严重困难。建武二年（公元26年）正月，长安粮尽，赤眉军决定向西发展，走陇上（今陕西陇县）就食，寻找出路。但是，在那里赤眉军遭到隗嚣的拦截和暴风雪的袭击，冻死不少士兵，损失惨重，被迫退回。
当赤眉军离开长安西去时，邓禹军立即由上郡等地南下，轻而易举地攻取了长安，但邓禹并没有致力作好防卫准备，忽见赤眉东返，匆忙派兵迎击，结果大败而归，邓禹慌忙退出长安，入据云阳（今陕西三原）。
九月，赤眉军再入长安。这时，更始二年（公元24年）起兵于汉中的延岑经散关进入关中，联合更始将领李宝，合兵数万人，进驻杜陵（今陕西西安东南），伺机占取长安。赤眉军派逄安率10万精兵进攻杜陵，大败延岑、李宝联军，斩杀万余人。延岑收集散卒逃走，李宝投降。但李宝并非真降，而是企图从内部搞垮赤眉军，他使人秘密勾通延岑，让延岑还军挑战，透使逄安空营出击。当逄安率军疲惫不堪地回营时，李宝早已将赤眉旌旗全部换上了自己的旗帜，赤眉军顿时大乱，经不往李宝与延岑的两面夹击，几乎全军覆没。逄安仅率数千人走脱，逃归长安。这一战使赤眉军的元气又一次受到了极大伤害。
当逄安率10万精兵出击延岑、李宝时，邓禹探知城中只有刘盆子及一些羸弱之兵，立即返身还攻长安，赤眉守军拼死抵抗，战至晚间，谢禄所率赤眉后卫军赶到，与邓禹战于城内槀街，击败邓禹军，邓禹退守高陵（今陕西高陵）。刘秀见邓禹两战皆败，遂于十一月令其返回，另派冯异为征西大将军，接替邓禹，西攻赤眉军。
赤眉军回到长安后，饥馑更加严重。十二月，赤眉军终于决定放弃长安东归，此时，赤眉军尚有20多万人的兵力。刘秀命破奸将军侯进等屯兵新安（今河南渑池东）、建威大将军耿弇等屯兵宜阳（今河南宜阳西），切断赤眉军东归的要道，同时令冯异西入函谷关迎击赤眉军。冯异西进途中进展顺利，沿途招降各地割据势力，很快进入函谷关，进抵华阴，与赤眉军相遇，双方相持60多天，互有胜负。建武三年（公元27年）正月，奉命东返的邓禹率东骑将军邓弘等到达湖城（今河南灵宝西）。邓禹因屡为赤眉军所败，企图借冯异兵力，击败赤眉军，挽回面子，遂邀约冯异与赤眉军决战。冯异认为时机尚不成熟，反对出兵，但邓禹坚持己见，命邓弘首先出击。赤眉军见邓弘来攻，立即挥军迎敌，与邓弘军激战，战至午后，赤眉军佯败，将装满泥沙伪装成粮食的辎重车全部丢弃，邓弘军兵士饥饿难忍，纷纷抢食赤眉军丢弃的“粮食”，阵势大乱，赤眉军立即返身回攻，大败邓弘军。冯异、邓禹见邓弘战败，急忙领军来救，一度将赤眉军击退，冯异见士兵饥饿疲劳，主张停战息兵，邓禹不从，继续向赤眉军进攻，赤眉军重振军威，终于击败邓禹、冯异军。邓禹军全军被歼，邓禹仅率24骑逃回宜阳。冯异见势不妙，急忙弃马上山，仅带数人回营。
这一仗，赤眉军虽获胜，但并未改善饥疲的困境，东归的道路仍被冯异堵塞。冯异回营后坚守不出，很快又重新集合了队伍，补充了兵员。二月，冯异利用赤眉军东归心切的弱点，命令一部分精兵身着赤眉军服装，乘夜埋伏于大路两侧，使人赴赤眉营中约期会战。次日晨，赤眉军以万人进攻冯异军前部，冯异故意仅派少量部队增援，赤眉军误以为冯异兵少，乃出动全军来攻，冯异才以主力迎战。战至午后，赤眉军攻势渐弱，冯异急令伏兵出击，赤眉军已极度饥疲，见敌援兵又至，且无法辨别敌我，无心再战，全军惊溃，冯异挥军追杀，一直追到崤底（今河南洛宁西北），迫降赤眉军男女8万余人。至此赤眉军已兵无斗志，所剩10余万人，在樊崇统领下，折向东南。
刘秀知赤眉军战败，正向东南宜阳疾进，立即亲赴宜阳，调后遣将，严阵以待，等候赤眉军。三月，樊崇率赤眉军到达宜阳，陷入刘秀重兵的包围之中，赤眉军粮尽力竭，不能再战，遂全部投降。延续10年之久的赤眉军起义终于失败。同年夏天，樊崇、逢安等再谋起义，但很快即被镇压下去。
消灭赤眉军后，整个黄河中下游地区皆为刘秀据有，其政权统治渐趋巩固，为以后统一全国奠定了基础。
赤眉军自从起义以来，英勇善战，战术上亦较机动灵活，因此几乎每战必胜，多次以少胜多打败新莽军队，后来又推翻了更始政权（绿林军），占领了统治全国的中心。但是由于赤眉军没有明确的政治纲领和通盘全局的军事战略计划，单纯采取军事进攻的手段，自东方至长安，几乎占一地，弃一地，不建根据地，使自己没有可靠的后方。占据长安后，几十万大军集中在长安地区，不知所措，既不肃清关中各地的割握势力，也不把守各关口，利用关中优越的自然地理条件，建立巩固的根据地，更没有发展生产，巩固已得胜利，致使赤眉军的控制范围只有长安及附近地区，不仅处在敌对势力的重重包围之中，而且连维持军队最起码的军粮供给问题都无法解决，最后的西进和东归都是无奈之计，不是出于任何战略决策，因此赤眉军的失败是毫不奇怪的。
反观刘秀，在昆阳之战中已见其卓越的战略眼光。当赤眉军西攻更始政权时，刘秀准确地判断出“赤眉必破长安”[1]，因此自己不出兵直攻更始，而是亲率主力经略河北，继续肃清敌对势力，巩固后方，同时派邓禹乘机绕道取河东，从北面威胁长安；令寇恂巩固河内，作为攻取洛阳的基地，以待将来夹攻赤眉军。这一决策是非常正确的，它使刘秀得以坐山观虎斗，客观上利用赤眉军攻灭更始政权，又不失时机地为下一步刘秀自己打败赤眉军作好了准备。在消灭赤眉军的过程中，刘秀抓住了赤眉军缺粮这个致命弱点，又一次准确地做出赤眉军“自当东来”[2]的判断，同时鉴于赤眉军内部比较团结，战斗力较强的特点，作出了“以饱待饥，以逸待劳”[3]的作战方针，避免与东归心切的赤眉军争锋、硬拼。邓禹急功近利，所以失败，征西大将军冯异忠实执行刘秀的这一作战方针，终于使赤眉军丧尽锐气，最终全军覆没。