2006年，教育部批准学校更名为云南财经大学，明确学校由云南省领导和管理，学校发展所需经费由云南省统筹解决。此后，学校隶属关系没有变更。在领导体制方面，学校坚持党委领导下的校长负责制。2015年1月1日，《云南财经大学章程》颁布实施，明确“学校实行中国共产党云南财经大学委员会领导下的校长负责制”。2017年2月24日，学校印发《中共云南财经大学委员会落实党委领导下的校长负责制实施细则（试行）》，并于2018年9月11日修订细则。
