抗日战争时期：“未树新义，以负如来”
1937年7月，卢沟桥的炮声也给二陈的人生和学术以无可回避的深刻影响。陈寅恪在料理完父亲陈三立的丧事，满“六七”后，即挈妇将雏逃离北平，从天津乘船至青岛，再经济南、郑州、长沙、桂林，由香港取道海路转经海防，从越南到达迁至云南的西南联大，一路上间关流离，艰辛备尝。但不幸却接踵而来：寄存托运的大批图书资料和学术笔记因战事而损失殆尽，首先给了陈寅恪一次巨大的打击，“有一个时期几乎得精神病”(11)。原已孱弱的体质因长期避难奔走和营养匮乏而急剧下降，终于导致了盲目之疾。中年双目失明使陈寅恪深切感受到人生的痛苦，为他其后的个人情绪涂抹上一层悲观主义的色调。他不仅一度对学术研究的可能表示怀疑，而且对抗日战争的未来也缺乏信心，在给友人的信中，他说：今日“可谓国亡有期而汗青无日矣。大局如斯，悲愤之至。”(12)
抗日战争全面爆发以后，陈垣作为辅仁大学校长，为了维护这座沦陷区唯一被当时中国政府承认的大学而不得不居留北平，在日本侵略军的铁蹄下度过了一生中最值得称道的八年。他后来回忆这段岁月：“人民在极端黑暗中过活，汉奸更依阿苟容，助纣为虐。同人同学屡次遭受迫害，我自己更是时时受到威胁，精神异常痛苦”，每读亡国旧史，就“忍不住流泪，甚至痛哭”(13)。尽管如此，他对抗战前途的估计远比陈寅恪来得乐观和坚定，始终“相信中国是个大国，历史如此悠久，决不会亡，一定会恢复”(14)。
国难迫使二陈南北睽违，但两人的私谊却历劫弥深。由于陈寅恪的不幸遭遇，陈垣对他的起居行止十分关切。只要一读以下引录的陈垣给其子陈乐素的家信，便不能不为这种殷殷的关注之情所感动。
1940年4月6日函：“寅丈失眠，有赴评会（指中央研究院评议会）否？”
1941年1月19日函：“寅丈港大演讲继续否，近有何新著，讲何题？”
1941年9月6日函：“寅丈事（似指应邀赴英讲学和治眼事）极佳，人同此心，真猜到也。”(15)
陈寅恪为能及时赴英医病，在抗战期间一再奔波于云南与香港之间，曾有信自述其心境：“九月间仍须返西南联大授课，而云南地高，于心脏病者不适宜；港居又以物价汇价之故不能支持；欧战正剧，亦难浮海西行，真所谓进退维谷者矣。”(16)他一度产生过北上倚靠挚友陈垣的念头。陈垣接到陈乐素的函告，大喜过望，1942年3月31日复函其子：“寅丈愿在辅仁授课，此梦想而不得者也。昨接信后，即告同人，皆大欢喜。闻寅丈前所住屋未退，则住不成问题。如能北来，真如天之福。”(17)陈寅恪后来虽未成行，但陈垣对他休戚与共的一腔真情却灼然可感。
同样，陈寅恪尽管自己播迁不定，也关心着陈垣的生活和著述，罣念故人之子的安危。他在致陈垣函中关切地推想：“拙著承代为分送，感谢之至。北方秋季气候最佳，著述想益宏富。”即便给友人去信，也对陈垣之子陈乐素的行踪垂注殷殷：“乐素先生已到遵义否？甚念，甚念！”“又陈乐素先生来函云：俟浙大寄到旅费即启程。现想在途中矣。”(18)从陈寅恪对陈乐素的关照来看，抗日战争时期，二陈已从个人之谊发展为通家之好了。
在关系到中华民族生死存亡的大变局前，二陈史学也明显地为之一变，而这种变化又有着各人不同的特点。陈垣自述其史学之变道：“九一八以前，为同学讲嘉定钱氏之学；九一八以后，世变日亟，乃改顾氏《日知录》，注意事功，以为经世之学在是矣。北京沦陷后，北方士气萎靡，乃讲全谢山之学以振之。谢山排斥降人，激发故国思想。所有《辑覆》《佛考》《诤记》《道考》《表微》等，皆此时作品，以为报国之道止此矣。所著已刊者数十万言，言道、言僧、言史、言考据，皆托词，其实斥汉奸、斥日寇、责当政耳。”(19)全面抗战八年，是陈垣学术生涯的巅峰时期。上文提到的《旧五代史辑本发覆》《明季滇黔佛教考》《清初僧诤记》《南宋初河北新道教考》《通鉴胡注表微》，都是在这一阶段中完成的。这些学术著作是陈垣对“有意义之史学”的有益探索，不仅标志着他最终完成了由传统史学向新史学的转变，也给新史学留下了一份值得认真总结的珍贵遗产。(20)
在陈垣的史学转变中，经世致用的倾向明显加强：《明季滇黔佛教考》“其实所欲表彰者乃明末遗民之爱国精神、民族气节，不徒佛教史迹而已”；《清初僧诤记》的撰著背景是：“1941年，日军既占据平津，汉奸们得意洋洋，有结队渡海朝拜、归以为荣、夸耀于乡党邻里者。时余方阅诸家语录，有感而为是编，非专为木陈诸僧发也”；《南宋初河北新道教考》也因为“有感于宋金及宋元时事，觉此所谓道家者类皆抗节不仕之遗民，岂可以其为道教而忽之也”。(21)也就是说，陈垣通过宋金、宋元、明清之际史事的发覆抉微、叙述议论，弘扬民族大义，表彰爱国正气，揭露变节行为，抨击投降主义。略有爱国心的人们，只要读到陈垣在《南宋初河北新道教考》卷首语：
呜呼！自永嘉以来，河北沦于左衽者屡矣，然卒能用夏变夷，远而必复，中国疆土乃愈拓而愈广，人民愈生而愈众，何哉？此固先民千百年之心力艰苦培植而成，非幸致也。
就一定会懦者立，勇者奋，坚定沉毅地投身到伟大的抗日战争中去。陈垣史学确实无愧于这一可歌可泣的时代。
陈寅恪的史学在七七事变以后也有明显的变化。这种转变主要表现有二：其一，由于双目失明和资料散失，他逐步退出了佛教史和西北民族史研究的领域，而将研究范围收缩到六朝隋唐史上；其二，个人遭厄，家国有难，颠沛流离，进退维谷，这种际遇为陈寅恪人格心态史的研究方法提供了新启迪，他在这一时期发表的《读哀江南赋》的前言实可视为人格心态史研究方法的大纲和宣言。(22)
在做出第一个调整时，陈寅恪并没有像陈垣那样较直接地以史学研究方式高扬爱国精神、民族气节。隋唐史双璧《隋唐制度渊源略论稿》和《唐代政治史述论稿》完稿于这一时期，《元白诗笺证稿》中的不少篇什也已在这一阶段发表。从这些论著，后人并不能像读陈垣的《明季滇黔佛教考》《南宋初河北新道教考》和《通鉴胡注表微》那样，读出隐藏其后的与抗日战争有关的微言大义来。陈寅恪似乎依旧冷静理性地在从事着价值中立的隋唐史研究，就像德国数学家高斯在法国拿破仑率军围城时一如既往地继续其数学研究一样。陈寅恪这样做，也许与他不做晚清史研究是出于同一考虑，即避免在研究中“动感情”而“不客观”(23)。
然而，对于国难与时局，陈寅恪也有感慨，甚至会在学术文章中偶一发抒，例如，他在《读吴其昌撰梁启超传书后》中喟叹道：“自新会殁，又十余年，中日战起。验以人心之厚薄，民生之荣悴，则知五十年来，如车轮之逆转，似有合于所谓退化论之说者”(24)；在《杨树达积微居小学金石论丛续稿序》中议论道：“呜呼！自剖判以来，生民之祸乱，至今日而极矣。物极必反，自然之理也。”(25)但是，陈寅恪的这种发抒似乎把握着一种界限，即仅仅见之于序跋书后之文，而且显然是游离于研究对象之外的。由于陈寅恪有意识的处理，读者绝对不会将这种感慨发抒与陈寅恪对研究对象的分析评价混淆缠夹起来。
在陈寅恪这一阶段的史学论文中，《读哀江南赋》是值得重视的唯一例外。在特定条件下，旧史与今事之间会令阅读者或研究者起一种历史的通感。流寓西南不久，对抗战能否在有生之年取得胜利，陈寅恪是持怀疑态度的，有其1938年诗句为证：“南渡自应思往事，北归端恐待来生”；“南朝一段兴亡影，江汉流哀永不磨”。(26)陈寅恪就是在这种心境下重读庾信《哀江南赋》并有感而作这篇论文的。他指出：“古今读《哀江南赋》众矣，莫不为其所感，而所感之情，则有浅深之异焉。其所感较深者，其通解亦必较多”，最后两句话当然是夫子自道。正是在这篇论文里，陈寅恪提出了古典今事的命题，为人格心态史的研究方法奠下了初基。而后，陈寅恪即用这一方法，抉发了庾信作赋的直接动机以及赋末结语特所致意的确切史实。后人也完全可以运用古典今事的方法，以庾信作赋的直接动机来推断陈寅恪作《读哀江南赋》的心态：“思归失望，哀怨因以益甚。”(27)陈寅恪的人格心态史学的杰出范本虽然要推60年代完成的《柳如是别传》，但其最初尝试却应追溯到《读哀江南赋》。
在抗日战争时期，民族苦难对二陈来说是等量的，但就个人而言，陈寅恪所承受的苦难远比陈垣来得沉重。也许正是这一差异，使得陈垣能在一己的苦闷之外，更多地通过史学著述来关注祖国的前途和民族的命运；而陈寅恪则在唯一例外的人格心态史论文中对国难和一己的不幸宣泄自己的失望和哀怨。(28)后人会对陈寅恪抱有足够的理解，会对陈垣表示充分的敬意。
当然，在指出抗日战争时期个人不幸对陈寅恪的深层影响时，决不能“陷入化约论的谬误而低估他的生命境界”(29)。个人的苦难并没有冷却他的爱国心，他自称“近死肝肠犹沸热”，战事、时局、国计、民生经常在他与友人同事的谈论关心中：“此日中原真一发”，“淮南米价惊心问”；1942年5月，他从日占香港乘船取道广州湾返回内地，赋诗明志道：“万国兵戈一叶舟，故丘归死不夷犹”，即使山河破碎，死也要死在祖国；他在另一诗中自叙家国观道：“携家未识家何置，归国尚欣国尚存”，只要祖国在，一切就有希望。(30)
在抗日战争中，二陈都大义凛然地拒绝了日伪的种种威逼利诱，保持了民族气节。陈寅恪在香港滞留期间，或许是日本学者的函简，日军曾“送去多袋面粉，但宪兵往屋里搬，陈先生陈师母往外拖，就是不吃敌人的面粉”；其后，日人又以40万元强邀他创办东方文化学院，上海、广州的敌伪大学也请他去任教，他坚决拒绝为敌伪服务，便仓促逃离香港。(31)
陈垣在抗战期间面对这类考验更为频繁和严峻。日本宪兵派“学者”来游说，以生死相威胁，陈垣答以《孟子》所说的“生亦我所欲也，义亦我所欲也，二者不可得兼，舍生而取义也”，时人以“傲骨撑天地”来传颂他的节概。(32)二陈对对方在民族大义上的所作所为，即便远在千里之外也都是有所闻知的，他们的私谊在学术之外有了更深沉的内涵。正是基于这一进退出处的共识，陈寅恪在序陈垣的《明季滇黔佛教考》时意味深长地说：“忆丁丑之秋，寅恪别先生于燕京，及抵长沙，而金陵瓦解。乃南驰苍梧瘴海，转徙滇池洱海之区，亦将三岁矣。此三岁中，天下之变无穷。先生讲学著书于东北风尘之际，寅恪入城乞食于西南天地之间，南北相望，幸俱未树新义，以负如来。今先生是书刊印将毕，寅恪不获躬执校讎之役于景山北海之旁，仅远自万里之外，寄以序言，藉告并世之喜读是书者。”(33)陈寅恪这段声情并茂的序文，高扬了民族大义，既旨在相互砥砺，又用以诫勉世人，堪称抗日战争时期二陈友谊丰碑的不朽铭文。