从燕京大学到东京审判
刘子健，原籍贵州省贵阳市，1919年12月19日生在上海。(1)他在1936年入读清华大学，次年7月，抗日战争全面爆发，北平沦陷，也许因其银行家的父亲是燕京大学历史系教授洪业的挚友，便转入燕京大学继续学业。(2)洪业兼具导师与父执的双重身份，在学术道路上，对刘子健的熏陶与影响不容低估。1941年12月珍珠港事件后燕京大学被迫关闭，直至1943年，刘子健才转入北平的中国大学，当年毕业获得学士学位，留校任教，任至讲师。抗战胜利，复归燕京大学教授国文。(3)在燕大期间，他与张芝联、齐思和、周一良、瞿同祖、房兆楹、侯仁之、聂崇岐、邓嗣禹、王锺翰、翁独健等或同出洪业门下，或曾经共事。
北平沦陷后，刘子健支持抗日学生运动。1941年12月8日，日本向美国宣战。次日，驻扎北平的日本宪兵队占领了燕京大学，以鼓动抗日的罪名，逮捕了在校的刘子健与陆志韦、赵紫宸、洪业、张东荪、侯仁之、姚克荫等教师十余人，投入设在北京大学红楼的宪兵队监狱。被捕之前，刘子健冒险将司徒雷登委托他调查日本占领军实施奴化教育的一大包材料沉入朗润园北的小池中。抗战胜利不久，他回忆这段经历时说：
带到大办公室，解除口袋内的一切，解除裤带以防自杀，解除戒指以防吞金，立刻分批领下黑暗的地下甬道，走进囚房，再经过搜查，从像狗洞似的小门钻进木笼子。……久禁监中，真易得神经病，更何况两个馒头无法吃饱，背脊发冷，两条线毡，真是“不耐五更寒”。(4)
日本宪兵队这次审讯，“着重学校，学生算参考犯，因此先放”。但他不久被日本宪兵队的再次拘押，受到了严刑拷打。直到1962年应邀访日，日本学者与他在温泉泡澡时，仍能看到“他的脊背上好几条因鞭打而留下的深长的伤痕”(5)。尽管如此遭遇，刘子健在追述这段经历时仍然坚持实事求是的态度，既不缩小，也不扩大：
无论如何，日本宪兵虽然残暴该杀，在大城市中的，还不致无理诬赖，屈打成招灭口了事（我第二次被拘，曾被屈打成招，后来证明是屈招，居然能释放）。(6)
二战以后在与日本学者的人际往来与学术交流中，他始终坚守这种客观理性的精神与原则，这是难能可贵的。
抗战胜利后，刘子健回到燕京大学。时值“爱国护权”的学生运动风起云涌，但分裂成对立的两派学生互相指责。刘子健有感于此，在报上刊发文章表达了他对人事与学问素所主张的民主精神与理性态度。他指出，学生运动“怎样才能不分裂呢，彼此退让，彼此容忍，彼此厚谅，彼此能依照民主的方式，民主的精神来磋商讨论，自然分裂的可能性就比较少了”。他认为：“合理的谈话，应当是交换意见，交换材料。经过这样的谈话，不但是知识可以增加，见闻可以推广，而且还能吸收旁人的观点和看法，使自己脑筋更活泼，思想更细密。”他认为：“青年时代，应当是以学习为中心的时代。谈话，无论谈政治与否，都应当抱着学习的态度。特别是首先要学会学术的风度，研讨的精神。这样就能有客观的态度。”所以，他提议：“主要是要听人家说的事实是否可靠，讲的理论是否通顺，下的结论是否妥当。有没有应该或者可以学习的地方。有没有错误应当矫正的地方。至于这话是（那）[哪]方说的，是次要问题。”又说：“政治的错综复杂，罄竹难书。彼此谈谈，彼此都有启发，都能学习。这就大可满意。马上要结论，看来好像热心，其实是想取巧。如果结论能一说就是一个，那末大学不必开，研究所白花钱，图书馆简直可以换取灯儿了。”(7)这种态度也始终贯穿在他后来的学术研究中。
与此同时，刘子健连续发表了系列性专论(8)，探讨了战后美苏对峙下的世界走向，为这一局势下的中国决策提供了间接的参考。这些专论与他的学术方向密切相关，他最初的学术志趣就是研究二战以前的中日外交史。
1946年，向哲濬率领中国代表团前往远东国际军事法庭审判日本战犯，亟须一位兼通英语和日语的有力助手，刘子健“除了讲流利的英、日语外，还懂法语、俄语”(9)，遂获洪业的力荐而出任中国代表团的史料专员。
刘子健大约在当年4月赴东京履职，这从其5月已在国内报刊上开设“寄自东京”专栏可为佐证。5月下旬至6月中旬，他在《大公报》连载四篇《落日的回顾》(10)，分析与评述了日本从1931年3月少壮派军人武装政变到1937年7月卢沟桥事变的六年间是如何走上侵华战争不归路的。其后，他还有《军国日本的末日》与《日本帝国的丑史：崩溃前的黑暗与腐化》(11)，向国内报导了日本军国主义在战争期间的穷兵黩武与黑暗腐化，同时颇具远见卓识地告诫道：“以他们建立军国的精神，工业技术、科学知识用在和平方面来，倒真不可以等闲视之。我们千万不要因胜利而骄傲。”
在“寄自东京”的《奇迹的生还》(12)，刘子健向国内最早揭露了中国被俘劳工在日本秋田县花岗矿山为死里求生而发起暴动的真相，强烈控诉日本战败后仍将参与暴动的十一位中国劳工作为犯人拘押在狱，竟然“比普通日本犯人还要受虐待”，他愤怒地说：“笔者真痛恨自己不会写作，这不是最宝贵的题材吗？真的，多少历史，多少小说，多少文学，都在敌人的残暴下淹没了！只有天上的英灵知道他们在人间地狱的苦痛。但他们的残骸遗骨，还不知在哪里，更不会说话。”1946年8月，刘子健与出庭作证的溥仪会晤，溥仪手书“东海妖氛靖，披怀饮千杯”向他致意(13)；他在《关于远东军事法庭》里向国内介绍了东京审判在法庭内外的斗争(14)。
据刘子健自述，他在赴日两年间“对于过去日本侵略，自日政府旧档中搜获罪证甚多”，以史料专员的身份为东京审判做出了贡献。针对战后美国支持日本复兴的政策，他以自己对中日关系的深度观察，较早呼吁“注视日本复兴”，并在《观察》上刊文阐述了自己的总体观点：“日本复兴，对中国不利，但未成威胁，应速谋挽救之方。”他以箸划策，逐一分析了战后国际大形势下中国可能采取的对策：
（一）中国自强，对美坚决交涉，目前不大有希望；（二）联苏抗美，仅限于偶一运用（如拒绝放弃和会否决权），似也无希望成立。即能如此，似尚需顾虑美国反更袒日，更便宜日本；（三）事既如此，反对亦难济事。假定能对美妥协，而换得条件，争回一部分对日的权益来，或尚不失为现实下无办法中的一个下策。
以刘子健之见，“在已成立的美日关系中，插进中国去，造成美中日三角的均衡”，这是刻下中国政府“至少应当能够做到的最低限度”。但当时国内民族主义莫名高涨，他的见解竟在国内“大受抨击”，批为“不符民族利益的论调”。其时刘子健甫抵美国，特地驰函抗辩：“若误为袒日亲美，个人甚不能接受”；并举证自白道：“我曾两次为日寇拘捕，鳞伤犹在”，“在美发表的稿件，我也力劝美国不可过分袒日，而欺侮中国外交一时的软弱。”(15)
刘子健早想回归学界，遂在1948年春辞职离日，赴美留学。这年，他三十岁，开始了美籍华裔历史学者的学术生涯。