学问：“首先要学会提出问题”
刘子健是战后首批留美的华裔学人，赴美以后，无论在匹兹堡大学攻读博士学位，还是后来转治宋史，都是凭借其在国内既有的学殖，在美国大环境中独立自学而终成正果的。在自学过程中，西方人文社会科学的各种取径与视野，给他众多的启悟，他“很早便留心美国文史上的各种治学方法，并且运用到他自己研究的专题上”(23)。
刘子健相当重视史学方法，他指出：“研究古史，决不能抱残守阙，故步自封。时常需要随着时代往前走，尝试新路子。”他将史学方法分为沿用的方法、创用的新法与借用的看法。所谓沿用的方法，即既有的传统考证方法，“以考证史实，分析推断，或说明史观为重”(24)。他虽自称“以考证而言，笔者个性不近，很少做”，但有时“有了问题，非考不可”，例如在推证三字蒙训模式形成年代时，他娴熟考证出南宋中期陈淳的《启蒙初诵》已“以三字先之”(25)。
所谓创用的新法，即西方近现代史学新开出的方法，例如年鉴学派、量化学派与心理学派诸方法，也包括马克思主义的史学方法。他认为：“马克思主义是个很严密体系，欧美有好些理论实际上都是以它作基础的（至少部分），在我们对它并未作深入地研究、全面理解以前，根本没有资格批判它。”(26)但刘子健对西式方法并不盲从与迷信，提醒研究者说：“西方的方法论，对我们有用，但这些方法论是西方文化的产物。西方学人以为有世界的普遍性，可以适用于各种不同的文化。其实，决不能放诸四海。我们尝试采用这些西式的方法，随时要提防一拍即合、削足就履的诱惑，随时要注意加以改动调整，甚至不同的定义。”(27)他理性告诫道：“海外时髦的不可不知，但未必全可用。而且海外史学界，以新奇取胜，所以可能只盛行一时。还是要就国史本身着想，走平坦大道，较易臻功。”(28)在他看来，“因为我们的史料里，没有多少这类的记载。但是反过来说，中国史上未尝没有其他的资料，可以尝试另用新的方法去处理。”他倡议中国史家应该结合中国史料的特点，“在方法论上，我们也希望向其他各国提示自己新贡献。补充或修正他们现有的成就。百年来中国争取平等，在方法论上，又何独不然？”(29)
在史学方法上，刘子健更擅长“借用的看法”，也就是将西方社会科学中的概念、观点与分析方法移用到中国史研究中。他认为：“因为社会科学偏重近代，偏重西方。借用他们来重新分析古代的中国之后，往往可以取得新的成果，以补充这些社会科学的偏差和不足，有投桃报李的功能。”(30)对他如何创造性地运用“借用的看法”，下文将有论述。
在史学方法上，刘子健有一段总论性阐述：
有人说史无定法。这句话没说清楚。研究历史的题材不同，当然不可能有呆板一成不变的方法。其实是史采佳法。说得更清楚一点，门道很多，因题制宜。再大胆一点说，因问求法。这不是佛教徒求法。假定说提的问题，一时没有现成的方法可以采用，怎么办呢？答案是去找去，试用各种途径去寻求。科学家做实验就是这样的左试右试，就可能走出一条路来。(31)
这段论述中的“因题制宜”与“因问求法”，都强调提出问题的头等重要性。杨联陞为刘子健《宋代中国的改革》作序，高度肯定他“显示出一种对任何政治学家来说都必要的敏锐的问题意识”。尽管在刘子健自论学问时未见有“问题意识”的夫子自道，但他确实把“提出问题”置于史学研究的首位。他曾强调：“学问二字，尤重于问。不去想问题，是学究的迂学。”(32)他结合自己治学经历诠释“学问”一词说：“治学，非问不可。常觉得中文的学问二字，涵义绝佳。学是先学过去已有的知识，接着就应当试提问题”，在他看来，“学”只是知识储备，“问”才算进入研究之门。他接着说：“有了问题之后，就可以学胡适先生的口号：‘大胆假设，小心求证’，努力去发掘新学识，试求新解释。然后再学再问，川流不息。”他一再申论：“学是离不开问的。学术训练的重点有两层，第一步是训练用有条有理的构思来问有意义的问题。”(33) (34)唯其如此，他认为史学研究的具体方法应该在问题形成后再去寻找与探讨：“学问首先要会提出问题，然后探讨方法，去寻求解答。”(35)据其弟子追忆，刘子健经常套用《论语》里的话，改成“学而不问[思]则罔，问[思]而不学则殆”，来提撕学生“学问的一半就是问，而且要不耻下问和大哉问”(36)。他还以西方科学为例，说明所有大发展都是从“问”出发的：“西方科学，很重视问”；“牛顿要问苹果为什么往下掉，才引起近代物理学的巨大发展。历史研究正也如此”。(37)
既然提出问题是史学研究的第一步，那么应该提怎样的问题呢？刘子健认为，应该注意一要大，二要新。关于大问题，他主张：“学问要提问题，问题要先提大的”，也即孔子说的“大哉问”。对史学问题的大小类型，他颇有独见：“一类是确定很具体的范围，做窄而深的研究。这类研究做得好，可以由小见大，帮助对于整个时代的了解。万一范围太小，或者忽略了当时的大势，却又难免窄而琐。功力虽久，成果有限。仿佛数清了几棵树木，却无从看到森林的形势。另一类的工作是从大方面来看，作广泛的分析。这样做法，很容易有缺陷。一则笼统，难免错误。更糟的是挂一漏万，大而无当。虽然如此，广泛的分析还是有用处的。因为它有刺激作用，可以推动其他的研究。”(38)两种问题类型，尽管各有利弊，但其弟子回忆，在论及“以小见大”时，他近乎棒喝道：“既然牵涉到大问题，就直接去研究这大问题，不要拐弯抹角。”(39)
关于新问题，刘子健也说：“试提问题，最好是提新问题。”而所谓新问题，往往是原先研究忽略的边缘性问题，诚如其弟子所说，“如果没有他，这些早被边缘化的问题可能更加无人理睬”(40)。当然，大问题与新问题完全可以也应该统一，此即他说的“从大处着眼，希望提出一些新刺激”。
如何才能提出有意义的大问题与新问题，刘子健认为，可以根据学术训练与知识储备，“或是进一步的分析，或是从另一线索去看关系，或是从其他角度来综合”(41)。他对学生说得更具体：“一是指科际整合，利用其他社会科学的观念和架构去研究历史问题。二是指比较研究，既以中国各时代的历史互相比较，也以他国的历史（如日本和俄国的现代化）去刺激思考中国的问题。……三是指多元史观，从多方面去想问题。解释历史，‘只有多元的互关性，没有一元的决定性’；各因素间‘只有相对的重要，没有绝对的重要’。”(42)关于比较研究，他以讨论文化史为例提示说：“超越国界和时代，去做比较，常可以引起莫大的兴趣和启发。”(43)在研究范仲淹改革时，他指出这一改革“主要以道德原则为动因。拿此改革与11世纪欧洲基督教改革作一对比或许会很有趣”，“有意思的是二者发生在同一世纪”(44)。
刘子健还以前辈史学大家为例说明了解决史学大问题的意义。他认为，自己的导师洪业在史学功力上不亚于陈寅恪、顾颉刚与钱穆，“但他的声望不如他们，因为他选的范围和题目，不免逊色”；在提出与解决史学大问题上，前三位“确占上风”(45)。
在史学研究中，刘子健确实善于提问题，尤其善于提大问题与新问题。其弟子说他“最喜欢的问题，都紧扣时代的大动脉，呈现该时代的大特色，足以影响国家与社会的发展，故偏好政治、思想与制度”。(46)在《宋代中国的改革》里，他关注政治思想、中国官僚的行为模式及其与国家权力的中央集权化相关的诸多大问题。正如杨联陞所激赏：“这些问题的重要性，所有制度史和思想史的研究者都会欣然承认。”(47)再如，针对美日史界将宋代视为中国“近代初期”，他一针见血地问道，为何中国“近代后期并没有接踵而至，甚至直到近代西方来临之时也没有出现”(48)，从而引出并完成了《中国转向内在》的大著作。
大问题提出后，刘子健认为可有三种做法：“大题小做是先找关键的专题去做。大题中做是找一个方面，去做一连串的，希望能达成系统的专题。大题大做就必须期待各方面的群力合作了。”(49)由于资料条件限制与个人研究风格，刘子健更偏好并擅长“大题小作”。他以自己的《宋代考场弊端》为例说明大题小做的方法，虽“限于一个片断面，可是最终的目的，还是要回到大问题上”，“大题小做”并不容许“以小见大”“由是观之”之类的轻断。这篇论文从宋代科考制度之所以发生弊端，甚至于崩溃入手，回到了“主因是制度不够应付新起来的现实环境”这样的大问题，而这种现实环境却牵涉到社会制度的诸方面问题，最终完成了大题小做的示范。(50)