科研经费的分类
基于不同的目的，国家、社会主体（如公司、企业、基金会等）和个人会设立不同类别的科研项目，并配置性质不同的科研经费。不同的科研经费种类对科研经费领域违法犯罪行为的性质认定具有一定影响，因而值得深入研究。
（一）纵向科研经费与横向科研经费
这是学术界最为熟悉的基本分类。但是，何谓纵向科研经费，何谓横向科研经费，学术界并无统一认识，各科研单位也有不同的认定标准。
有学者从纵向科研经费与横向科研经费功能区分的角度提出，纵向科研经费主要指财政性拨款，是国家或科研单位的预算资金。纵向科研经费按来源不同可分为中央财政科研经费拨款、地方财政科研经费拨款，具体包括：国家、省自然科学基金及社会科学基金，国家科技支撑计划、“973”项目及“863”项目，军工项目，省部产学研项目，省市科技攻关项目等；由上级主管部门下拨的自主科研经费；由科研单位与企业、事业单位共同申报获批的科研项目经费，经有关部门批准或合同约定转拨到科研单位的项目经费；由科研单位财政预算安排的自主科研基金。纵向科研经费不具有创收性质，但对科研单位的长期可持续性健康发展，对科研单位的知识结构和人才储备具有重要的作用。横向科技活动经费（横向科研经费）[3]是指通过与企业、事业单位的横向联合，积极发挥科研单位的科学研究实力，主动为社会、企业的经济发展和经济活动服务而获得的经费，具有社会投入的性质，属于科研单位的科技创收。一所科研单位获取纵向科研经费、横向科技活动经费的数量和质量的能力，反映了科研能力和科研队伍的整体水平，是科研单位科研水平和综合实力的具体体现。[4]
学术界在讨论科研经费问题时，时常专门论及横向科研经费的含义。例如，有学者指出，横向科研经费是课题组或个人与有关单位签订的科研服务合同，由对方单位按合同签约金额支付的费用。[5]有学者认为，科研单位横向课题是指各级政府及职能部门、企业、事业单位、社会团体等委托研究的课题，横向科研经费是科研单位通过与合作方签订咨询服务、技术成果转让与协作等服务性项目而获得的，是科研单位科研收入的重要来源。[6]还有学者提出，与财政拨款的纵向科研经费不同，横向科研经费是科研单位通过给企业、事业单位进行技术服务、技术支持、技术合作和科研成果转让等服务项目的收费中获得的，具有社会投资的性质，也是科研单位事业经费以外的重要经费之一。[7]横向科研经费具体包括：（1）科研单位科技产品专利权的转让。科研单位依赖自身人才和科技优势，研制出高精尖产品，并逐渐形成一定的生产规模，将其专利权转让给企业，其收入成为科研单位横向科研收入的主要部分。（2）科研单位为企业解决某一个具体问题或难题而得到的回报。（3）科研单位科技咨询收入等。
上述不同的分类存在一个共同特征，即按照科研经费的来源进行分类，纵向科研经费是来源于国家财政性拨款的科研经费，而横向科研经费是个人、企业或者其他社会组织提供的科研经费。但上述分类都未明确一个问题：虽然都是来源于企业、事业单位的科研经费，但是来源于国有企业、事业单位的国有资产的科研经费，究竟应认定为纵向科研经费还是横向科研经费？笔者认为，纵向科研经费与横向科研经费并非法律术语，当前也没有规范性文件进行明确界定，实践中各个科研单位往往根据本单位管理科研项目的实际需要而进行区分界定[8]，因此对二者的联系与区别进行准确界定既缺乏明确的标准，也没有必要。研究者只需要根据自己的研究目的，对纵向或者横向科研经费的范围进行界定即可。
本书旨在研究科研经费的刑法保护问题，而根据我国刑法的规定，对于公共财产与非公共财产采取的罪名体系是二分制（也有学者称为二元制的保护体系）[9]，针对公共财产的套取挪用行为，可能构成贪污罪、挪用公款罪；而针对非公共财产的套取挪用行为，可能构成职务侵占罪、挪用资金罪（当然，具体适用何种罪名还需要考虑主体的身份、是否利用职务上的便利等因素）。本书赞同理论界通行的观点，即应对公共财产与非公共财产平等保护，但在现行刑法采取二元制分立保护模式的情况下，学术研究中仍应当区别对待。因此，本书依据该研究目的，把纵向科研经费界定为来源于公共财产的科研经费，而把横向科研经费界定为来源于非公共财产的科研经费。
也有学者依据科研经费的来源将科研经费分为纵向科研经费、横向科研经费和校内科研经费。纵向科研经费是指列入国家、地方政府科技发展计划，并由政府财政直接拨付资助的科研经费。横向科研经费是指承接国外企业或国内企业、事业单位的技术开发、技术转让、技术服务、技术咨询等项目经费。校内科研经费是指高校根据自身发展要求，自行设立研究方向，利用自有资金安排的研究经费。[10]本书认为，这种分类并不可取。校内科研经费既可能是纵向科研经费，也可能是横向科研经费。如果把科研经费区分为纵向科研经费、横向科研经费和校内科研经费，就存在区分标准不明确的问题，也与科研经费的刑法保护问题没有多大关系。故本书不采用这种分类。
此外，在纵向科研经费中，还经常可以见到国家社科基金研究经费、国家自然科学基金研究经费、省部级社科基金研究经费、省部级自然科学基金研究经费等的分类。这种分类主要是依据课题发布单位主体的不同而做的分类，有助于甄别科研经费的来源及其级别，便于科研单位对科研经费进行管理。但这种分类与科研经费违法犯罪的认定问题关系不大，因而本书也不采用这种分类标准。
（二）竞争性科研经费和非竞争性科研经费
竞争性科研经费和非竞争性科研经费并没有明确的界限。一般来说，竞争性科研经费是指科研项目发布单位通过发布招标指南，通过投标等竞争性方式而发放的科研经费。对于科研项目的承担者而言，意味着需要通过投标等竞争性方式才能获得科研项目经费。
非竞争性科研经费是指符合一定条件的科研人员均可以获得的科研经费。例如，高校自主科研基金是高校为引进高层次人才设立的各类人才基金，高校科研启动经费是为支持青年人才的基本科研条件而设立的科研基金（科研启动经费）等。这类经费基本上不需要招投标程序，只要符合条件即可获得。
竞争性科研经费和非竞争性科研经费分类的意义在于不同的管理模式以及对于违法行为的潜在的不同处理模式。竞争性科研经费都是通过招投标等竞争方式获得的，科研人员在研究过程中付出巨大并以成果为导向，因而科研人员普遍会认为双方形成的是平等的民事合同关系，对于科研经费不应进行严格管理，套取挪用科研经费不应认定为犯罪（至于实际上是否构成违法犯罪，后面将会详细论述）。而非竞争性科研经费带有“照顾”的性质，是一种普惠制待遇，与科研成果相比，科研过程更为重要，因而强调过程导向，科研经费过程管理较为严格。对于套取挪用该类科研经费的，通常认为构成犯罪（至于是贪污罪还是诈骗罪，需要结合科研人员的主体身份认定）。
（三）委托课题经费与招标课题经费
这种分类与上述第二种分类具有较大的相似性，也是根据获得课题经费的方式的不同所做的分类。当前我国各类课题主要采取招标方式，如国家社科基金、国家自然科学基金等国家级课题的管理规定中明确要求采取招标方式。
委托课题是指课题发布单位与课题依托单位直接签署协议，委托课题依托单位从事课题研究并向其支付研究经费的课题承担形式。委托课题主要存在于横向课题研究中。当然，纵向课题在研究中也存在委托的情况，一般是课题研究时间比较紧急（如“非典”时期对疫苗的研究）或者针对特殊问题展开的研究（如危害国家安全犯罪课题的研究、恐怖主义犯罪课题的研究），不宜采取招标的方式，通常就由课题发布单位委托给有资质的研究机构开展学术研究，由此拨付的研究经费就是委托课题经费。
（四）高校科研经费、科研院所科研经费和企业科研经费
高校科研经费、科研院所科研经费和企业科研经费主要是根据科研经费的使用主体不同所进行的分类。高校（各类大学）、科研院所（如中国科学院、中国工程院、中国社会科学院等）和各类企业（既包括国有企业，也包括各类集体企业和私营企业）是当前最为主要的科研活动主体。通常高校和科研院所主要从事基础理论研究，而企业通常从事的科研是应用研究和试验发展研究。在这三类科研活动的主体中，高校科研经费所占比例最小，科研院所次之，企业科研经费最多。[11]当前，我国社会高度关注的是高校科研经费的腐败问题，但实际上企业科研经费领域可能是效率最为低下、腐败最为严重的，应该引起高度关注。[12]
（五）基础研究经费、应用研究经费、试验发展经费
基础研究经费、应用研究经费、试验发展经费的划分是按照经费的资助用途进行的。基础研究经费，即用于基础研究的经费。基础研究是指为了获得关于现象和可观察事实的基本原理的新知识（揭示客观事物的本质、运动规律，获得新发展、新学说）而进行的实验性或理论性研究，它不以任何专门或特定的应用或使用为目的。
应用研究经费，即用于应用研究的经费。应用研究是指为了确定基础研究成果可能的用途，或是为达到预定的目标探索应采取的新方法（原理性）或新途径而进行的创造性研究。应用研究主要针对某一特定的目的或目标。
试验发展经费，即用于试验发展的经费。试验发展是指利用从基础研究、应用研究和实际经验所获得的现有知识，为产生新的产品、材料和装置，建立新的工艺、系统和服务，以及对已产生和建立的上述各项做实质性的改进而进行的系统性工作。
上述三类合称为研究与试验发展（R＆D）经费支出，即统计年度内全社会实际用于基础研究、应用研究和试验发展的经费支出。包括实际用于研究与试验发展活动的人员劳务费、原材料费、固定资产购建费、管理费及其他费用支出。
这种分类的意义在于衡量一个国家科研经费的支出结构是否合理。一般来说，发达国家三类经费都比较均衡，并分别由不同的主体予以提供；而发展中国家和地区的科研经费偏重于应用研究经费和试验发展经费，不太重视基础研究经费的投入。就投入主体来说，政府一般是基础研究经费和应用研究经费的投入主体，而企业则是试验发展经费的投入主体。
基础研究经费投入大、周期长，不一定能取得具体的成果，因而各国对于基础研究经费的投入注重过程管理，不重视结果导向；而应用研究和试验发展经常会有具体的成果面世，因而通常需要结果导向。这种差别对于适用不同的科研经费管理体制，乃至认定科研经费领域的违法犯罪行为具有不同的意义。例如，对于应用研究项目，已经取得预期成果的，一般可以对科研经费的违规使用从宽处理，即使存在一定的套取挪用现象，也可以宽容；如果没有取得预期成果，则对于违规使用科研经费的行为通常会采取严厉的处罚手段。对于基础研究来说，只要科研过程合乎规范，至于是否能够取得预期成果，通常并不太引人关注。
（六）普通科研经费与特殊科研经费
普通科研经费（常规科研经费、年度科研经费）是指课题发布单位每年定期发布的科研项目经费。例如，国家社科基金经费、国家自然科学基金经费等。
特殊科研经费是指各类专项科研经费。例如，国家百千万人才工程科研经费、教育部杰出青年基金项目经费、长江学者科研经费、国家重点实验室科研经费、国家人文社会科学重点研究基地科研经费、人事部针对博士后设立的各项面上资助等。这些专项科研经费一般都来源于政府财政投入，一般都针对特定人物（杰出青年、各类人才等）或者特定单位（如国家重点实验室、教育部人文社会科学重点研究基地等）或者特定事项（如“非典”时期的紧急药物研制经费等），因而科研经费的管理规定具有很大的差别性，课题发布单位往往会制定不同的管理规定。
（七）成果导向的科研经费与项目导向的科研经费
这是我国学者依据现有的科研经费评价体系而作出的分类。成果导向的科研经费评价体系是指注重科研经费投入以后所取得的成果是否完成、质量高低等，而不注重科研单位取得了多少科研立项。而项目导向的科研经费评价体系是指各科研单位注重每年（或者一定周期内）取得的科研项目立项数量，至于这些立项的科研成果是否按期完成、质量如何，不是关注的重点。通常认为，我国当前采用的就是项目导向的科研经费评价体系。
这种分类的意义在于：完善国家的科研经费评价体系，需要从项目导向转为成果导向。科研活动的目的是成果，立项只是手段而已。一个国家的科研实力与科研立项的多少没有关系，只与科研成果的优劣有关系。项目导向的科研经费评价体系会把科研人员的注意力吸引到跑项目立项上，而非项目成果的产出上。把科研经费评价体系从项目导向转为成果导向，一些人热衷跑项目的局面就会有所改变，从而做到申请项目的人有能力、有愿望从事科学研究，进而产出高质量的科研成果。
（八）其他分类
除了上述分类以外，有的科研项目发布单位还根据自己的需要，设立了一些形式较为特殊的经费资助方式。例如，根据《国家旅游局科研课题管理办法》规定，科研课题分为社会招标课题、成果招标课题、资助性招标课题和委托研究课题四类。社会招标课题一般为中长期、战略性和理论性较强的重大研究题目，每年约5个题目，研究周期半年左右；成果招标课题一般为旅游业发展与管理实践中的热点、难点问题，也可是战略性、宏观性、理论性较强的研究题目，招标数量和研究周期根据每年的实际需要确定；资助性招标课题是与旅游产业发展和管理紧密相关的应用性研究，资助和扶持的重点是省市旅游局，可适度扩大到大专以上旅游科研院所，每年资助课题约15项，研究周期3个月左右；委托研究课题是因工作急需、经局长办公会批准立项的研究课题，由国家旅游局直接委托有胜任能力的单位承接，委托个数和研究周期从严控制。科研课题经费按照课题种类、重要程度、完成质量划分等次，不同等次给予不同数额的经费支持。由多个课题组分别承担的同一课题，科研经费按各自承担研究任务的比重和科研成果评定等次分配；课题招标另有约定的，按约定办理。
又如，2013年11月18日，为进一步推动科技和经济相结合，充分发挥财政科技经费的引导作用，激发企业参与科技创新的积极性，加快建立以企业为主体的技术创新体系，财政部、科技部在科技部归口管理的国家科技计划及专项中引入后补助机制，并制定了《国家科技计划及专项资金后补助管理规定》。该规定所称后补助，是指从事研究开发和科技服务活动的单位先行投入资金，取得成果或者服务绩效，通过验收审查或绩效考核后，给予经费补助的财政资助方式。后补助包括事前立项事后补助、奖励性后补助及共享服务后补助等方式。事前立项事后补助是指单位根据科技部发布的国家科技计划或专项项目指南，结合自身研发需要提出申请，按照规定的程序立项后，单位先行投入资金组织开展研究开发活动，取得成果并通过验收后给予相应补助。国家科技计划及专项中以科技成果工程化、产业化为目标任务，具有量化考核指标的研究开发类项目，应当实施事前立项事后补助。奖励性后补助是指单位根据市场需求及自身发展需要先行投入资金组织开展研发活动，取得了有助于解决重大经济社会发展问题的技术成果，经审查验收通过后，给予相应补助。共享服务后补助是指对面向社会开展公共服务并取得绩效的国家科技基础条件平台，经科技部、财政部绩效考核通过后，给予相应补助。科技部根据科技创新和经济社会发展需求，对国家科技基础条件平台实行合理布局、总量控制、动态管理，促进科技条件资源整合和高效利用，推动资源的市场化、社会化共享，提高资源利用效率。
上述各种特殊的分类，由于名目繁多、形式各异，很难一一准确概括其特点，其在被侵犯的表现形式和社会危害上也有所不同，因而相应的刑事对策也有所不同。