改革和完善科研人员劳动补偿机制
国务院《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》发布以前，我国科研经费运行机制中存在的根本性缺陷就是在预算中缺乏科研人员的劳动报酬，无法有效补偿科研人员的劳动价值，这既是饱受学术界诟病的焦点之一，也是本书强烈主张对套取挪用科研经费行为予以出罪处理的根本原因。
《意见》吸收最新的研究成果，结合我国实际，在科研人员劳动价值补偿问题上予以分类解决：（1）对于课题组承担科研任务的科研人员，通过提高间接费用比重、加大绩效激励力度的办法解决。《意见》规定，中央财政科技计划（专项、基金等）中实行公开竞争方式的研发类项目均要设立间接费用。间接费用占直接费用扣除设备购置费的比例上限，分别从20%、13%、10%提高到20%、15%、13%（上述比例分别对应500万元以下、500万～1000万元、1000万元以上部分）。由于项目依托单位的绩效奖励都来自间接费用，因此间接费用占科研经费比重的提高有利于科研依托单位统筹安排科研奖励并适当提高对科研人员的奖励力度。（2）对于课题组中没有工资性收入的辅助人员以及其他辅助人员，通过重申劳务费不设比例限制并明确劳务费开支范围和标准的方式予以完善。《意见》明确要求，参与课题研究的研究生、博士后、访问学者以及项目聘用的研究人员、科研辅助人员（科研助理）等都可以开支劳务费。项目聘用人员的劳务费开支标准参照当地科学研究和技术服务业从业人员平均工资水平，根据其在项目研究中承担的工作任务确定，以突出科研项目经费对“人”的重视和支持。（3）对于横向课题中课题组成员和其他辅助人员的科研劳动价值补偿问题，强调由科研依托单位自行解决，并明确不再套用纵向科研经费的管理规定。《意见》明确要求，对于科研依托单位以市场委托方式取得的横向科研经费，由依托单位按照课题委托单位的要求或合同的约定管理使用，除了要纳入单位财务统一管理以外，不再采取纵向课题经费的管理模式。
本书认为，横向课题经费中科研人员、科研辅助人员的劳动价值补偿问题和纵向课题经费中科研辅助人员的劳动价值补偿问题虽然在国务院《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》颁布以前就存在，但不是很突出，在本文件颁布以后，经过《意见》的规定和重申，从调研中反馈的情况来看，基本上也已得到解决。因此，目前值得研究的还是纵向课题经费中科研人员的劳动价值补偿问题。下文所称劳务费问题，就是指纵向科研项目中科研人员以劳务费体现出来的劳动价值补偿问题。
《意见》没有明确规定科研人员可以提取劳务费，而是通过提高间接费用比重、加大绩效激励力度的途径解决。从我们调研得到的情况来看，科研依托单位发放绩效奖励的程序是：以国家社科基金项目为例，申请获批后，总共20万元（不同项目种类的经费总额不同，本书假定20万元）的科研经费由国家哲学社会科学规划办公室（课题发布单位）打入课题依托单位（如A大学）账户，成为纵向课题经费。A大学根据自己的财务管理制度，从该20万元科研经费总额中提取不超过20%，即4万元的科研经费作为间接费用。该部分费用将用于支付项目管理费，学校、院系科研经费提成，其中学校提成的科研经费中将拿出一部分用于科研人员的绩效奖励（以年终奖或者其他形式发放给科研人员，主要是课题组负责人）。
国务院《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》发布以后，我国各省市科研管理机构相继依据该文件的精神，完善了科研经费管理机制，其中涉及科研人员劳动价值补偿问题的，一般都是以劳务费的名义解决：（1）上海市《科研计划专项经费管理办法》（2016年1月1日施行）提高了科研经费中劳务费的比例和标准，将劳务费占资助总额的比例由原来的20%提高至30%，对基础类项目的劳务费资助比例由20%提高至50%；将科研人员个人的劳务费资助标准较之前提高60%，具体发放标准由项目或课题承担单位根据科技创新工作实际需要自行确定；劳务费不再按职称设定上限，而是由课题组负责人在不超过统一上限的情况下，根据实际贡献大小确定课题组每个人的劳务费金额。劳务费显著提高后，可以成为科研人员收入的一个重要来源，弥补一些单位薪酬不高的缺憾[37]，充分尊重科研人员的创造性劳动。（2）重庆市着眼于加快新常态下经济发展的动力转换，对科研项目与科技经费管理在全国范围内率先进行大胆改革，探索推出了七项制度性成果。其中之一是科研项目人力资源费比例提高到政府资助经费的30%，决策咨询与管理创新研究项目和软件开发项目人力资源费最高可达60%，实行签字领取，不再简单地用发票衡量科研人员的创造活动和智力成果。[38]（3）湖北省发布《关于推动高校院所科技人员服务企业研发活动的意见》（以下简称“新九条”）。按照“新九条”的规定，湖北将提高科研人员科研劳务收入比重，高校和院所科研人员除工资收入外，还将获得科研劳务收入、科技部门的项目奖励等多项收入。高校院所科研人员的科研劳务收入将按照单项劳务报酬计缴个人所得税，不纳入调控的绩效工资总额，即按每次20%的比例缴纳个人所得税。
《意见》中的绩效奖励制度虽然与国外通行的科研人员从科研项目中获得劳务费的名义不同，但是从实质上看，科研人员从科研活动中实实在在地获得了好处，上海市、重庆市等省市则直接规定科研人员可以从纵向科研项目中获得劳务费。因此，无论是提取绩效奖励，还是提取劳务费，与原来不能从纵向科研项目中领取任何报酬毕竟完全不同。在国务院《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》发布以后，科研人员的劳动价值得到了一定的补偿，生活有所改善，这都是值得肯定的地方。
尽管“要从根本上解决科研人员反映的收入待遇偏低问题，关键在于完善收入分配制度，加快推进中央级事业单位绩效工资改革”[39]，但是在科研人员的劳动价值补偿问题上，仍有一些问题需要进一步研究如何改进和完善。
其一，如何做到有效衔接？
由于国家社科基金、自然科学基金尤其是一些基础研究项目，实施周期一般都在3年乃至5年。这些课题是否能够提取这种奖励性支出，如何提取，并不明确。为做好政策衔接工作，《意见》规定，对于国家科技计划（专项、基金等）在研项目适用新政策的问题，区分以下两种情况：一是文件发布时，项目执行期已结束，进入结题验收环节的项目，按照原政策执行，不做调整。二是尚在执行期内的项目，由项目承担单位统筹考虑本单位实际情况，并与科研人员充分协商后，在项目预算总额不变的前提下，自主选择在研项目间接费用和绩效支出安排、预算科目调剂等是否执行有关新规定。如执行新规定，需履行单位内部有关调整审批程序，并符合预算调剂的有关规定。特别是对于原未设立间接费用的在研项目，如要新增间接费用，承担单位要在逐一征求项目负责人意见的基础上，按照有关管理规定将项目资金分解为直接费用和间接费用。[40]然而，据调研了解，各个科研依托单位操作方法不一，程序的复杂程度不一。为了避免麻烦，大多数的科研项目并未进行调整。由此造成的劳务费比例及其提取、经费预算调剂、课题结余经费的处理等，到底是按照老政策执行，还是按照新政策执行，抑或是一会执行老政策一会执行新政策，模糊不清。
其二，如何保障课题组其他成员的绩效奖励？
在比较规范的提取劳务费制度下，每个科研项目大约需要多少名教授（副教授、讲师），每位教授（副教授、讲师）需要耗费多少工时，每位教授（副教授、讲师）的日报酬等都可以准确地计算出来（如需要5名教授，每名教授分别工作30天，每天的报酬是500元，据此计算的劳务费合计75000元，清晰而明确）。课题组负责人和参与成员都能拿到合理的报酬。但是，在现行的绩效考核制度中，绩效奖励直接奖励给了课题组负责人，那么课题组的其他参与人的劳动价值如何补偿？在人文社会科学项目中这个问题不太突出，因为这类课题经费少、人员少，课题组负责人“单打独斗”的居多。但是在理工科项目中，问题就比较突出，理工科项目经费数额大，人员众多，如果绩效奖励直接给了课题组负责人，那么绩效奖励如何做到在课题组参与人员中的合理分配，是否需要一个比较合理的分配机制来解决该问题尚需要研究。
其三，如果存在课题被撤销等不正常情况，绩效奖励能否撤销？
在科研过程中，课题由于种种原因而被撤销的情形并不少见。从绩效奖励性支出的执行实际来看，都是在课题完成前就已经支出。这就产生一些问题，如果课题最终无法完成怎么办，能否依法追回奖励性支出？该问题还需要进一步制定详细的规则来解决。
其四，提高现行的绩效奖励标准。
此外，各个科研依托单位在落实绩效奖励的具体政策时制定的绩效奖励标准过低也是一个令人担忧的问题。根据《意见》要求，间接费用的标准提高以后，一部分可以用来发放绩效奖励。但是，其中绩效奖励的比例有多大《意见》并未规定，而是授权各科研依托单位来决定。笔者通过调研得知，不少大学绩效奖励的比重为5%（分为两部分，项目经费到账后下发3.5%，项目完成后再下发1.5%）。按照这个标准，即使是一个20万元的国家社科基金，其绩效奖励最多也只有1万元，还是税前的奖励。如果该科研项目需要5位科研人员耗时3年完成，那么分到每位科研人员头上，其每年可得的科研奖励只有600元！无怪乎有的科研人员说：“就别提绩效奖励了，还不如没有。”[41]显然，如果坚持采用以科研奖励代替劳务费制度的解决思路，就必须提高科研奖励的力度，使得科研人员的劳动付出与其贡献基本相匹配。