国务院《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》等对科研经费运行机制的完善措施
针对我国科研经费运行机制中存在的种种问题，2014年国务院印发《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》，旨在通过进一步简政放权、放管结合、优化服务、强化落实，改革和创新科研经费使用和管理方式，促进形成充满活力的科技管理和运行机制，更好地适应科研活动规律和特点，更好地激发广大科研人员的积极性和创造性。之后，中共中央办公厅、国务院办公厅2016年联合印发了《关于进一步完善中央财政科研项目资金管理等政策的若干意见》（以下简称《意见》）。国务院《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》和《意见》发布后，各科研依托单位和发布单位按照国务院《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》和《意见》的精神，陆续开展了一系列的管理改革措施，努力以管理改革释放创新活力，科研经费运行机制有所改善。
（一）转变政府职能，政府不再直接管项目
国务院《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》颁布以前，国家社科基金委员会、国家自然科学基金委员会、教育部相关部门均已完成了政府与科研项目脱钩，政府不再直接管理项目的改革。例如，国家社科基金是由我国独立的事业单位国家哲学社会科学规划办公室统一组织管理，自然科学基金则由国家自然科学基金会统一组织管理。但是，在国务院其他部委和一些地方政府中，政府部门直接管理科研项目的问题还比较普遍。例如，据笔者调研得知，农业部、自然资源部、最高人民法院等各部委、司法机关都有大大小小的科研项目设立权，每年都会发布一些年度课题、特别委托课题等，课题发布、经费核准、结题验收等科研管理中的有关问题也都是由相关部委机关的内设机构进行，行政化色彩难以避免。
国务院《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》颁布后，各部委和地方各级人民政府开始认真转变政府职能，逐步从项目管理中脱身，以建立更为完善的科研项目管理体制和科研经费运行机制。例如，2014年年底，科技部调整内设机构，科研条件与财务司改称资源配置与管理司，政策法规司改称政策法规与监督司，名称的变化意味着管理职能的重新定位。根据改革计划，科技部下属司局将最大限度地减少对科研项目的具体管理，将项目评审和组织实施等具体工作委托专业机构进行，而将工作重点放在科技发展战略、规划、政策、监督等宏观统筹上。
针对科研项目管理和科研经费运行机制中存在的“权力过于集中、自由裁量权过大、基础性工作不足、宏观手段不够”等问题，广东省、广州市科技系统痛定思痛，对财政投入科研的资金管理进行改革，以建立分权制衡、公开透明的管理体系。按照该省监察、财政、审计等部门的要求，科研管理单位的关键岗位5年必须轮换，500万元以上的科技资金必须建立一定比例的随机抽查审计制度等监督措施，根据科研活动的特点，加强对使用环节的考核，以避免科研经费滥用的现象。据了解，广东省科技厅设立“科研信用管理工作委员会”，针对项目依托单位、科技人员和中介机构等不同类型的主体，采取黑名单记录、收回财政科技经费等惩戒措施，涉嫌违纪违法的移交相关部门处理。[31]
（二）扩大项目依托单位的管理权限
与“转变政府职能，政府不再直接管项目”相对应的是，在科研项目管理中，将原来由项目发布单位（政府部门和其他科研管理机构）对科研项目的管理权，适度转移给项目依托单位，从而扩大项目依托单位（高校和科研院所）的管理权限，以适应科研管理的实际需要。根据《意见》的规定，扩大项目依托单位管理权限，可以从以下几个方面入手：
其一，扩大科研项目资金管理权限。主要包括：项目预算调剂自主权、劳务费分配管理自主权、间接费使用管理自主权、结转结余资金按规定使用自主权等。
其二，下放差旅会议管理权限，不再简单套用行政预算和财务管理方法。
其三，完善中央高校、科研院所科研仪器设备采购管理，改进政府采购管理工作。根据《意见》的规定，中央高校、科研院所可自行采购科研仪器设备，自行选择仪器设备评审专家，同时要切实做好设备采购的监督管理。对进口仪器设备实行备案制管理，并继续落实进口科研教学用品免税政策。
其四，完善中央高校、科研院所基本建设项目管理。[32]
其五，自主规范管理横向科研经费。过去一段时间，不少科研依托单位将管理纵向经费的制度直接适用于横向经费的管理，这不仅违背一般经济学原则（如“付费者决定”原则），[33]而且还可能限制横向科研经费委托方出资权的行使。当然，也有一些科研依托单位对横向科研经费管理不管不问，甚至体外循环。因此，横向经费管理既要防止“纵向化”，避免“纵横不分”，又要防止“账外账”，确保规范、安全、有效。按照上述原则，《意见》明确要求，对于科研依托单位以市场委托方式取得的横向科研经费，由依托单位按照课题委托单位的要求或合同的约定管理使用，除了要纳入单位财务统一管理以外，不再采取纵向课题经费的管理模式。
（三）改进科研项目经费管理措施，激发科研人员创新创造活力
科研项目经费一般分为直接费用和间接费用。我国科研经费构成中，最大的问题是间接费用比重太低，差旅费、会议费、设备费等直接费用占比较高，经费预算中“见物不见人”问题严重，从而缺乏真正的科研激励机制，也在一定程度上诱发了套取挪用科研经费行为的发生。针对这种情形，按照《意见》的要求，可进行以下几个方面的改革，以激发科研人员的创新创造活力：
其一，将预算编制科目予以简化，下放调剂权限。
科研人员普遍反映的预算编制过细的问题既有进一步完善预算编制方法的问题，也有执行不到位的问题。《意见》在原有基础上进一步简化了预算编制。所谓将预算编制科目予以简化，即将直接费用中的差旅费、会议费、国际合作与交流费等具有相同特征的经费类型合并为一个科目，合并后的费用总额如果不超过直接费用的10%，就不用提供预算测算依据，科研人员在编制这部分预算时也就不用再具体说明开几次会、出几次差了。
所谓下放调剂权限，即下放科研项目预算调剂权。在科研项目预算总额不变的情况下，项目依托单位可以对直接费用中的多数科目预算进行自主调剂，以彻底解决过去饱受诟病的“打酱油的钱不能买醋”的问题。
其二，提高间接费用比重，加大绩效激励力度。
为进一步完善间接成本补偿机制，结合我国实际，《意见》提高了间接费用核定比例。《意见》规定，中央财政科技计划（专项、基金等）中实行公开竞争方式的研发类项目均要设立间接费用。间接费用占直接费用扣除设备购置费的比例上限，分别从20%、13%、10%提高到20%、15%、13%（上述比例分别对应500万元以下、500万～1000万元、1000万元以上部分）。由于项目依托单位的绩效奖励都来自间接费用，因此间接费用占科研经费比重的提高有利于科研依托单位统筹安排科研奖励并适当提高对科研人员的奖励力度。
其三，重申劳务费不设比例限制并明确劳务费开支范围和标准。
过去我国的科研经费预算中，劳务费比例都有一定的限制，如占比不能超过10%等。过小的比例不能满足科研的实际需要，也不能体现科研辅助人员的劳动价值。此次改革中，明确劳务费占科研经费的比例不得再有限制。
在劳务费开支范围和标准方面，《意见》明确要求，参与课题研究的研究生、博士后、访问学者以及项目聘用的研究人员、科研辅助人员（科研助理）等，都可以开支劳务费。项目聘用人员的劳务费开支标准，参照当地科学研究和技术服务业从业人员平均工资水平，根据其在项目研究中承担的工作任务确定，以突出科研项目经费对“人”的重视和支持。
（四）改进结转结余科研经费的处理方式
科研经费在使用期间存在一定的结余或者短缺现象都是正常的。过去我国对纵向科研经费结余一律收回，对横向科研经费结余没有统一的处理措施等问题，使得科研经费结余问题处理不当，诱发了许多问题。《意见》吸收了外国处理科研经费结转结余问题的有益经验，对以下问题予以明确：（1）关于科研资金的结转问题。科研项目实施期间，年度剩余资金可以结转到下一年继续使用，当年的钱花不完不用收回，从而避免了科研项目在年底突击花钱的现象。（2）关于科研项目的结余资金的问题。项目完成任务目标并通过验收后，结余资金按规定留归单位使用，在2年内可以统筹安排用于科研活动的直接支出；2年后未使用完的，按规定收回。
（五）加大科研经费的激励力度，有效补偿科研人员的劳动价值消耗
结合我国实际，《意见》进一步加大了科研项目经费对科研人员的激励力度，以充分体现科研人员的劳动价值。
其一，对于参与课题研究的科研人员，包括研究生、博士后、访问学者以及项目聘用的研究人员、科研辅助人员等，都可以开支劳务费，劳务费标准参照当地科学研究和技术服务业人员平均工资水平以及在项目研究中承担的工作任务确定（如北京地区可达12万元/年），项目聘用人员的社会保险补助纳入劳务费科目列支。
其二，对于在职在编的科研人员，取消绩效支出比例限制（原来为直接费用扣除设备购置费后的5%），项目依托单位可以在核定的间接费用比例范围内统筹安排。因此，对于在编在岗的科研人员来说，绩效支出比例的大幅提升可以在一定程度上弥补不能直接提取劳务费的缺憾。
（六）增强项目预算与执行的灵活性
项目预算的调剂在过去是一个老大难的问题。《意见》明确要求，除了项目预算总额变化、项目依托单位变更等应当按规定程序报项目主管部门（项目发布单位）审批以外，以下预算均由项目依托单位自主决定：
其一，在项目预算总额不变的情况下，直接费用中的材料费、测试化验加工费、燃料动力费、出版/文献/信息传播/知识产权事务费、其他支出的预算，由项目依托单位自行调剂。
其二，会议费/差旅费/国际合作与交流费、劳务费、专家咨询费和设备费支出预算可以调减，不得调增。
（七）调整资金拨付的时间，避免无处花钱和突击花钱现象
针对项目立项滞后影响经费拨付时间这一问题，科技部等相关部门结合科研工作的特点，已调整了工作机制，提前一年组织项目申报和评审，年初即可确定项目预算，为预算按时拨付奠定基础。
自2009年起，经全国人大常委会同意，在人大正式批复预算前可以预拨一部分项目资金，并据此建立了科研项目经费年初预拨机制，规定第一季度可按预算数的1/4拨付资金。《意见》根据科研活动规律和特点，继续实行部门预算批复前项目资金预拨制度，保证科研人员及时使用项目经费。
（八）完善差旅费、会议费的管理
我国的一些相关科研经费管理制度曾经规定，中央级非参公管理的事业单位，其差旅费“参照”中央和国家机关差旅费管理办法执行；中央事业单位的会议费“参照”中央和国家机关会议费管理办法执行，同时要求相关科研依托单位结合本单位实际情况制定具体的操作规定。但在实际操作中，大多数科研依托单位都没有制定具体的会议费、差旅费操作规定，而是直接变“参照”为“依照”，即直接依照中央和国家机关差旅费、会议费的标准执行。
针对上述情况，《意见》要求中央高校、科研院所根据教学、科研和管理工作的实际需要，按照实事求是、精简高效、厉行节约的原则，截至2016年年底，务必自行制定会议费、差旅费等的具体管理规定。该管理规定应遵守以下规定：
其一，在差旅费方面，合理确定教学科研人员乘坐交通工具的等级和住宿费标准；对于难以取得住宿费发票的，中央高校、科研院所在确保真实性的前提下，据实报销城市间交通费，并按规定标准发放伙食补助费和市内交通费，解决无法取得发票但需要报销城市间交通费和住宿费等问题。
其二，在会议费方面，业务性会议（如学术会议、研讨会、评审会、座谈会、答辩会等）的次数、天数、人数以及会议费开支范围、标准等由科研依托单位自主确定。因工作需要，邀请国内外专家、学者和有关人员参加会议，对确需负担的城市间交通费、国际旅费，可在会议费等费用中列支。
其三，在会议地点的选定方面，按照中共中央、国务院印发的《党政机关厉行节约反对浪费条例》等规定，开会场所实行政府采购、定点管理。未纳入定点范围，但价格低于会议综合定额标准的单位内部会议室、礼堂、宾馆、招待所、培训中心，也可优先作为本单位或本系统的会议场所。
（九）设立科研助理
当前，科研人员普遍反映，科研经费报销手续繁杂、程序较多、时间过长，“科研人员已被逼成会计”。为解决该问题，《意见》要求科研依托单位建立健全科研财务助理制度，“让专业的人做专业的事”，为科研人员在项目预算编制和调剂、经费支出、财务决算和验收等方面提供专业化服务，把科研人员从烦琐的事务中解放出来。
聘请科研财务助理所需费用可以通过多种渠道解决：对于课题组层面自行聘用的科研财务助理，所需费用可通过该课题组的劳务费安排解决；对于科研依托单位统一聘用的财务助理，所需费用可通过科研项目间接费用、单位日常运转经费等渠道安排解决。
（十）明确项目依托单位的管理责任
为保证科研经费运行机制的有效运转，《意见》出台了一系列简政放权的措施，赋予了科研依托单位较大的自主权限。权力下放后，为确保项目依托单位“接得住，管得好”，《意见》在完善政策、释放活力的同时，还要求科研依托单位务必依法理财、规范管理，切实履行科研经费依托单位的主体责任。具体包括以下几个方面：其一，项目依托单位要“有所作为”，认真落实国家有关政策规定，按照权责一致的要求，强化自我约束和自我规范，制定内部管理办法，落实项目预算调剂、间接费用统筹使用、劳务费分配管理、结余资金使用等管理权限。其二，加强预算审核把关，规范财务支出行为，完善内部风险防控机制，强化资金使用绩效评价。其三，实行内部公开制度，主动公开项目预算、预算调剂、资金使用（重点是间接费用、外拨资金、结余资金使用）、研究成果等情况。