我国现阶段的科研经费运行机制
（一）科研经费运行机制的整体目标
运行机制的整体目标是整个运行机制的动力来源，整个运行机制应当围绕着运行目标进行设计。不同的科研项目，其科研经费运行机制的目标会略有不同，但从整体上说都是效益优先。从表现形式来看，科研经费运行机制的整体目标一般都集中规定于各个科研经费管理规定中的序言部分。例如，《国家社会科学基金管理办法》（2013年5月修订）第1条规定：“为了规范国家社会科学基金（以下简称国家社科基金）管理，提高国家社科基金使用效益，促进多出优秀成果、多出优秀人才，更好地发挥国家社科基金的示范引导作用，推动我国哲学社会科学繁荣发展，充分发挥认识世界、传承文明、创新理论、咨政育人、服务社会的重要功能，制定本办法。”
其他种类的科研基金的整体目标大都如此。例如，《上海市科研计划专项经费管理办法》修订后，有关负责人表示，修订该办法的总体思路是：“建立健全符合科研规律的科研项目经费管理机制，简政放权，将多项权利下放至项目（课题）承担单位；尊重科研人员，更好地体现科研项目中创新型劳动的价值。”这种所谓的“总体思路”实际上也是科研经费运行机制的整体目标的表现形式。
因此，综合来看，科研经费运行机制的整体目标就是建立一套完善的科研经费管理体制，使得参与各方权责明确、有序运行，最终实现出成果、出人才的目的。
（二）科研经费运行机制的载体
运行机制的核心在于相互制约、相互作用的运转机制。运行机制的良好运行离不开一个内部协调一致、权利义务关系明确的良好的载体。我国科研经费运行机制的载体历经变化，最终选择了课题制这一在世界范围内被广为采用的载体形式。课题制是指按照公平竞争、择优支持的原则和规定的立项程序确立课题，并以课题为中心、以课题组为基本活动单位来进行课题的组织、管理和研究活动的一种科研管理模式。[5]
1.课题制的产生
在决定采用课题制之前，我国进行过一些改革，尝试过许多管理制度（科研载体），如基金制、合同制、同行评议等制度，但并没有有效地解决科研项目管理中固有的一些矛盾与问题。
随着科教兴国政策的不断深入，我国的科研体制改革也在不断深入，从“十一五”计划开始，通过国家财政拨款的各类科研项目全面实行课题制。课题制在被我国采用之前已经被世界上很多国家和地区所采用，可以说是经过很多国家实际验证的卓有成效的科研项目管理载体。我国首先提出采用课题制的管理模式是在1999年的国家科技计划中，首次试行是在国家重大基础研究计划中。经过多年对科研项目管理的探索，国家科技部等四部委于2001年年底联合发布了政府对于科研项目的管理原则《关于国家科研计划实施课题制管理的规定》，其中不仅对课题制的适用范围作了强制规定，即国家科技计划只要资金来源是国家财政拨款就必须采用课题制，还分别制定了各类科技计划的专项经费管理办法。此后，各地方政府和高校也纷纷效仿国家科技计划推行课题制，制定专门的经费管理办法。[6]
2.课题制的运转流程
科研项目分为纵向课题和横向课题，由于资金来源、支持目标等不同，其具体的运转流程也有所不同。
科研领域的国家纵向课题，项目从招标发布到验收的基本流程是：国家有关部门（如科技部、教育部、司法部、全国哲学社会科学规划办公室；各省市自治区厅局；各省市自治区及新疆生产建设兵团、全军哲学社会科学规划办公室等）发布课题指南—科研人员组成课题组，进行项目申请或投标（申请书一般有固定格式，内容包括课题主持人及课题组成员基本情况、课题研究设想、研究方法、研究计划进度及阶段性成果、最终成果形式、经费预算及其开支科目）—国家有关部门组织评审（如全国哲学社会科学办公室先组织同行专家进行通讯评审，再组织学科规划评审组专家进行会议评审）—国家有关部门对拟资助项目及资助经费数额审批决定—对决定予以资助的，国家有关部门予以公布，并书面通知申请人及责任单位—国家有关部门、项目负责人（课题主持人）以及其所在的科研机构（或高校）订立三方协议或合同书—国家有关部门拨款至项目负责人（课题主持人）所在的科研机构（高校）—项目负责人（课题主持人）组织开展课题研究—课题完成后，项目负责人（课题主持人）提交最终研究成果和项目结项申请—国家有关部门对成果进行鉴定、审核、验收—验收通过后拨付预留经费。上面是纵向课题的完整流程，有的纵向课题的设立与结项程序相对简单一些。[7]
横向课题由于是来自社会和个人的资助，因此申请与结项程序较为简单。一般是资金提供方发布招标指南，各科研人员组成课题组进行申报，经过批准后由科研机构（课题依托单位）与资助方（课题发布单位）签署协议即可。
3.课题制中科研经费的运行机制
作为配合课题制而产生的现行的科研经费管理办法已经成为课题制体系中非常重要的一部分。全额预算管理制度则是科研经费管理的核心，其适用范围包括所有的经费管理和使用。在课题制下，科研经费的来源分为两大类，即横向科研项目经费和纵向科研项目经费。横向科研项目经费是指科研人员与企业单位、事业单位、民间组织以及其他社会部门联合开展研究、科学技术服务等，并由合作单位支付联合研究中的项目经费。纵向科研项目经费是指项目经费来自国家各级政府的科研管理部门，需要经过申报审批，按照一定程序才能下达完成。这类项目经费主要涉及的研究范围有基础性研究、涉及国家安全的研究、公益性研究、行业关键技术研究等。科研项目经费的支出情况主要由课题组负责人核定，主要参考标准是项目的具体任务和经费需求。而项目依托单位在课题制下的新职责则是控制科研经费的使用，使其发挥最大效益，要使得科研经费的使用不仅要合法，还要符合各项相关规定，并根据已经制定好的预算情况掌控经费的总体使用进度。[8]
4.课题制中的参与主体及其关系
在各类科研经费的参与者中，主要有三类主体，即课题发布单位（如上所述），课题依托机构（高校、科研院所、企业等社会组织）和课题组（由科研人员组成）。目前科研经费在几类主体中的流转管理过程是：课题发布单位负责科研经费的预算审批、预算拨款；课题依托单位财务部门进行项目经费的收支和监督管理；课题组负责人负责项目预算编制、项目预算执行；审计部门进行预算决算审计；等等。本书以最为常见的课题依托单位——高校为例予以说明。在高校，科研经费收入入账和支出审核等预算执行的管理工作由高校财务部门负责。项目负责人按照科研项目经费预算，合法、合理使用项目经费。项目完成后，审计部门负责出具项目经费审计报告。项目验收部门（课题发布单位）根据项目结题报告和审计报告对整个项目的执行情况进行评价和验收。
（三）科研经费运行机制的保障机制
科研经费运行机制的有序运行离不开良好的保障机制。科研经费运行机制的保障机制就是针对科研经费的各种管理规定。科研经费管理是科研经费运行机制中的重要问题，各国政府和项目发布单位对此都高度重视。在科研经费运行机制中，存在各种各样的科研经费管理规定。从我国来看，现阶段既有国家层面的国务院办公厅下发的《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》，也有各个科研项目发布单位制定的经费管理办法（如《国家社会科学基金项目经费管理办法》等）。此外，各个课题依托单位也通常制定有详细的科研经费管理办法。例如，在北京师范大学就有《北京师范大学科研项目专家咨询费发放实施细则（试行）》、《北京师范大学国内差旅费管理办法（修订稿）（试行）》、《北京师范大学野外科研工作差旅费实施细则（试行）》、《北京师范大学社会调查费实施细则（试行）》、《北京师范大学关于规范网上申报人员费、劳务费的管理指导意见（试行）》等一系列的规定等。这些层级不同的科研经费管理、使用规定使得科研经费的管理和使用受到最严格的内部和外部监管，从而建立起一系列完善的法律法规体系和合理的评估审核机制，从机构和制度上保证科研经费的高效利用，杜绝科研经费使用中的违法犯罪现象。