申请阶段针对科研经费的违法犯罪、在研期间针对科研经费的违法犯罪、结项过程中针对科研经费的违法犯罪
这是根据科研经费违法犯罪所处的阶段不同而进行的划分。
（一）申请阶段针对科研经费的违法犯罪
申请阶段针对科研经费的违法犯罪主要是指以下两类：
1.申报材料弄虚作假，骗取科研经费的行为
时下，在科研经费申报环节，一些人通过包装概念“攒项目”，可能通过审核拿到课题经费。例如，根据《21世纪经济报道》所述，轰动全国的“汉芯一号”案件中，“汉芯一号在问世3年时间内，向国家各部门成功申报项目40多个，累计骗取无偿拨款突破1亿元”[21]。这就属于典型的骗取科研经费的行为。至于该案中具体的罪名适用问题，可能要结合该科研经费的去向来认定：如果科研经费进入所在国有事业单位，被用于科研活动，则难以构成任何犯罪；如果被用于个人奖励事项或者被套取后用于其他私人用途，则可能构成诈骗罪。
新闻出版总署官方网站于2012年4月10日发布题为“湖南两教师伪造总署公文被处分”的消息，文中称湖南某高校两名教师王某与李某因伪造新闻出版总署科研立项文件，利用虚假课题及其立项资金单独或伙同他人套取学院配套资金，因而受到处分。该案中，王某通过委托他人私刻公章、制作假公函，先后伪造新闻出版总署科研立项文件7份，交给学院科研处。共涉及所谓课题7项、所谓立项经费83万元，其中包括与该院科研处副处长李某有关的课题两项。[22]这类造假中，由于作为新闻出版总署的国家机关及其科研经费并未受到实际损失，只是名誉受损，因而不是违法犯罪的被害人。但是，科研人员所在单位的科研配套经费被骗取后，科研人员可能构成贪污罪或者诈骗罪（这涉及科研人员的主体身份和科研经费的性质问题，具体定性可能存在争议，本书将在第二章予以详述）。
2.通过行贿获得科研经费的行为
与通过行贿获得科研经费的行为对应的是科研经费发布单位工作人员受贿而拨付科研经费的行为。有些科研单位和科研人员为了能争取到科研项目和经费，不择手段向掌握科研经费划拨权的有关部门工作人员行贿，从而发生权钱交易现象。同济大学超大规模集成电路研究所所长林争辉教授在接受《瞭望新闻周刊》记者采访时曾说，高校流行俗语、所谓的“跑部钱进”，就是说教育部、财政部、科技部，跑跑就有钱进。现在，有些巨额的科研经费审批权掌握在少数不懂技术的行政主管部门官员手里，他们掌握生杀予夺大权，造成权力寻租、“跑部钱进”的怪现象。[23]例如，佛山市科技工作会议披露，近些年来佛山科技系统接连曝出腐败窝案、串案，有科技局内部人员涉嫌通过伪造申请材料帮企业骗取政府科技补贴。该市目前已立案查处包括一市两区（南海、顺德）在内的经贸、科技系统滥用职权、行受贿等系列案件共21件21人。[24]
从刑法上来说，为申请科研经费而进行行贿，不仅涉及自然人行贿犯罪，还可能涉及单位行贿犯罪；不仅涉及行贿罪，还可能涉及向非国家工作人员行贿罪（例如，向阿里巴巴研究院等民营企业研究机构主管科研经费工作人员行贿）。就受贿而言，不仅仅是掌握国有科研经费的国家工作人员可能构成受贿犯罪，非国有单位中掌握科研经费的主管人员也可能构成受贿犯罪（非国家工作人员受贿罪）。例如，在我国一些高科技公司，如华为、搜狐、腾讯等民营企业，都有自己的研究院，这些研究院每年都掌握着数目不菲的科研经费。这些科研经费一样会成为行贿受贿犯罪的对象（非国家工作人员受贿罪、对非国家工作人员行贿罪）。此外，受各类课题发布单位邀请从事项目评审的学术专家是否能构成犯罪，也存在疑问。例如，李某本年度申请一项国家级课题，事先打听到某大学张教授系评审组专家之一，就向张教授行贿数万元。本案中张教授是构成受贿罪，还是非国家工作人员受贿罪，还是不构成犯罪（利用评审权力不属于利用职务上的便利），值得研究。
（二）在研期间针对科研经费的违法犯罪
本行为是指项目获批之后结项之前这段时间内发生的虚报冒领、挪用科研经费的各种行为。该阶段最容易发生套取挪用行为。国家审计署公布的一份审计公告披露，2004年度的审计发现，科研系统2个部门和45个科研单位转移、挤占、挪用科研经费6.69亿元，另外还有13个单位把3.27亿元的科研经费违规出借、对外投资（甚至投入股市）。[25]而科研单位和科研人员拿到科研经费后，又会以种种方式“洗钱”。如在购买设备时，国家下拨700万元，只购买500万元的设备，大笔回扣则进了小金库。此外，还有的拿科研经费买汽车、房子、保险、办公司、旅游等。我国当前查处的科研经费犯罪案件，大都发生在在研期间。例如，浙江大学教授陈某某贪污科研经费案、北京师范大学教授张某某贪污科研经费案等。
（三）结项过程中针对科研经费的违法犯罪
结项过程中同样可能发生针对科研经费的违法犯罪行为。例如，有的项目在申请结项之后获准结项之前，如果还有部分课题经费没有用完，有的科研人员就会采取措施予以套取挪用，因此仍然可能构成相关犯罪；有的为了让自己的项目顺利结项，或者为了掩盖科研经费被滥用的真相而进行贿赂，进而引发职能部门工作人员滥用职权、玩忽职守、受贿等行为。但是，这些行为由于不是直接针对科研经费的，而且目前这个问题不太突出，因而本书不予研究。
除了上述不同阶段发生的具有鲜明阶段特征的针对科研经费的违法犯罪行为以外，就整个阶段而言，针对科研经费的违法犯罪行为还包括滥用职权、玩忽职守行为。科研经费动辄数万元、数十万元乃至上千万元，如果有关科研经费主管部门对于各项科研经费的申请滥用职权，或者玩忽职守，该批准的不予以批准，不该批准的胡乱批准，也可能触犯滥用职权罪、玩忽职守罪。例如，在“汉芯”事件中，有论者质疑道，绝非有关方面检讨时解释的“只是一个普通的造假欺骗”、“在推广时做了不负责任的夸大”等原因：（1）当事人身为国内名牌大学的学院院长、校办高科技公司的总经理（还是博导、教授、“长江学者”和国务院特殊津贴的享受者），能不清楚何谓骗局？（2）该科研项目在国家科技部是怎样立的项，怎样轻易获取的科研经费，其研究成果又怎样通过有关机构的鉴定？（3）当事人负责的“科研成果产业化”又是怎样在权威机构立项并一再获取资助经费的？其中第二、三项质疑都涉及有关主管部门的滥用职权或者玩忽职守犯罪行为（至于涉事的评审专家是否构成滥用职权罪、玩忽职守罪，可能存在重大争议，争议的焦点在于能否把评审活动认定为依照法律法规履行职权）。[26]
作出上述区分的主要意义在于：在犯罪学上，不同阶段的科研经费违法犯罪有不同的规律和表现形式，认真研究其规律和表现形式，有利于惩治与预防各类针对科研经费的违法犯罪行为。例如，在申报阶段，对于科研人员的违法犯罪行为，重点审查是否存在造假和行贿问题；在研阶段，需要重点打击与预防套取挪用科研经费的违法犯罪行为。同时，国家工作人员（掌握科研经费的主管部门中的国家工作人员）针对科研经费的违法犯罪行为也要认真对待，过去见诸报端的都是科研人员针对科研经费的违法犯罪行为，而忽略了主管部门的工作人员针对科研经费实施的受贿、滥用职权等犯罪行为。