科研经费所有权归属之争
根据刑法第382条的规定，贪污罪的犯罪对象是公共财产，因此套取科研经费行为构成贪污罪的另一个条件是该科研经费能够被认定为公共财产。认定套取科研经费行为构成贪污罪的刑事判决书都没有专门论述科研经费的性质问题，但从其内在逻辑来看，显然是认为科研经费就是公共财产。然而，该认定存在以下争议：其一，仅仅从科研经费的来源是国家财政拨款的角度认定其公共财产的性质并不妥当。财政拨款完全可能通过其他法律事实的介入而改变性质。例如，中央拨付的扶贫经费属于国有财产，但是一旦拨付给扶贫对象，就成为扶贫对象的私有财产，不再具有公共财产的性质。从科研经费的运行机制来看，课题申请获批以后，课题发布单位会将经费汇入课题依托单位，但是经费的使用人却是课题组，而且是专款专用，课题依托单位只能进行监督管理，既没有所有权，也没有使用权。那么，在课题依托单位管理之下的科研经费是否是公共财产？是哪一种公共财产？其二，科研经费拨付的前提是课题组承担了课题，而课题组承担课题是通过招投标或者其他竞争性手段，以合同的形式体现出来的。于是，在科研人员如约完成课题的情况下，该科研经费是否属于课题成果的“对价”就成为一个争议问题。肖中华教授认为，科研经费是由国家有关部门审定，作为科研人员从事课题研究的“对价”而存在的，只要真实地从事了科研活动，科研人员即便采取不正当手段套取科研经费，也不属于侵害国家财产的行为，更不成立贪污犯罪。[58]
上述第一个争议是针对课题依托单位的，为此有必要正确界定课题依托单位的职责与功能。课题依托单位在课题制下的职责是控制科研经费的使用，使其发挥最大效益，使得科研经费的使用不仅要合法，还要符合各项相关规定，并根据已经制定好的预算情况掌控经费的总体使用进度。[59]从其职责进行理解，可以将其认定为对科研经费的受托管理。在科研经费到账以后，课题依托单位就要承担起“跟踪管理资助经费的使用”以及“对资助经费的使用进行监督、检查”的职能。显然，在课题依托单位管理之下的科研经费，并没有改变课题经费的性质，其仍然属于国有财产。这正如国家扶贫的专项资金划拨到各级政府部门的扶贫办以后，其性质上仍然属于国有财产一样。2014年国务院《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》（国发〔2014〕11号）的发布，更加强化了这种认识。[60]
上述第二个争议针对的是课题发布单位与课题组之间的委托关系的性质问题。这里有必要结合纵向课题与横向课题的区分来加以说明。所谓横向课题，一般是指企业、事业单位作为课题的发布者，提供经费资助科研活动的行为。横向课题中一般没有行政机关的参与，其目标一般也不是针对社会公益的科研行为，课题发布者与课题组双方权利地位完全对等，对此可以视为一种民事合同。由于横向课题关注的主要不是公共利益，而是课题发布者的自身利益，因而一般都不投入基础理论研究，而是投入应用研究，更加关注成果的应用价值而不是成果的研究过程。因此横向课题通常把经费与研究成果直接挂钩，将其理解为“花钱买科研成果”或者科研经费是科研成果的“对价”并无不妥。只要科研人员按时提供了科研成果，发布单位按时提供经费，即可以视为合同履行完毕，至于其经费如何使用，委托方并不是十分关心。但是纵向课题与之不同，纵向课题通常是基于国家重大战略问题的需要而设置的，其宗旨是社会的公共利益，而由于其投入领域的长期性、重大性、战略性，从而形成了“鼓励探索、宽容失败”的实施环境。在这种环境下，纵向课题的实施不但关注研究成果，也关注研究过程，只要研究过程合法合规，研究成果即使没有达到预期甚至没有完成，也不会产生违约的问题。查遍所有的国家财政拨款的科研经费管理规定，都看不到由于成果因鉴定为不合格而被要求追回已拨经费的规定。[61]而按照合同的对价原理，如果项目成果没有完成，应该视为违约，原有的经费不但要返还，甚至还要承担一定的赔偿责任。显然，在纵向课题的研究过程中，完成预期的研究成果固然是重要的，但是研究过程的合法合规也是同等重要的。因此，在国家财政拨款的科研活动中，认为科研经费是科研成果的“对价”，只要提供了符合要求的科研成果，套取科研经费的行为不属于侵害国家财产的认识是不正确的。
也许有人会提出，国家拨款的科研项目与国家投资的工程项目（如修建高速铁路）具有性质上的同一性，从实践来看，建设单位在承包国家工程项目的时候，虚列费用支出、投标时虚报成本等现象都不按照犯罪处理，为什么对于套取国家财政拨款的科研经费的行为要按照犯罪处理？笔者认为，这里有两点区别：其一，从形式上看，科研经费是直接划拨给课题依托单位进行管理的，从而没有改变其公共财产的属性；而工程项目资金则是按照合同约定，直接拨付项目建设单位的，从而使得资金的公共财产属性丧失。其二，从实质上讲，在科研活动中科研成果并不是课题经费的“对价”，即使科研成果验收不合格也不会追回已经使用的经费（可能需要追回尚未使用的经费），更不会要求赔偿；而在工程项目中，工程则是国家投资的工程资金的“对价”，如果工程无法完成，除了不可抗力外，建设单位不但要退回工程款，可能还要承担一定的赔偿责任。当然，如果国家拨款的工程项目采用与科研项目类似的管理机制，由专门的机构监督管理资金使用，对项目成果不做硬性要求（如石油勘探、航天工程等高风险的工程项目），则该工程资金仍属于公共财产，套取该工程资金的可以构成贪污罪。
目前国家科研经费预算支出科目一般包括图书资料购置费、国内调研差旅费、问卷调查费、计算机耗材费、设备费、劳务费等，这些科目并没有包括本应包括的、体现科研人员智力投入的劳动报酬。这种不合理的科研经费预算结构与国家鼓励科研人员科技创新的精神是相违背的，既是我国当前套取科研经费行为频发的重要原因，也是认定科研经费的国有财产属性产生分歧的关键。笔者认为，科研经费预算编排上的不合理是客观存在的，对此需要进一步的深化改革予以解决，但不能因此而否认科研经费的国有财产的性质。
综上，科研经费并非属于个人所有，科研经费的使用目的并非在于改善科研人员的个人生活，而在于推动科学研究的不断向前发展。故而，科研人员虽然是项目的负责人和项目参与人员，但其拥有的只是科研经费的使用权而非所有权。在目前的科研体制下，科研经费并非科研成果的“对价”，财政拨款的科研经费，即使划拨至科研依托单位的账户，处于科研依托单位的管理之下，也并没有改变科研经费的性质，其仍然属于公共财产的范围。