刑事责任追究的结果
2014年6月，“最高法院”刑事庭会议作出决议之后，针对数以百计的套取科研经费案件的涉案人员，我国台湾地区检察机关制定出了统一的结案标准：若涉案人员否认犯行，依诈欺取财、伪造文书、违反“商业会计法”起诉；涉案人员若以假发票诈领、溢领补助款，但用途是公用，涉及伪造文书、违反“商业会计法”，坦承公款公用者给予缓起诉处分，处分金的金额由检察官决定。此外，涉案人员若以假发票诈领、溢领补助款，并中饱私囊公款私用者，涉及伪造文书、诈欺取财、违反“商业会计法”，但只要坦承犯行，并先缴回犯罪所得后，亦可获缓起诉处分。
暂缓起诉处分，是指检察机关对犯罪嫌疑人暂时不予起诉，要求其在一定期限内履行一定义务，如果犯罪嫌疑人在规定期限内履行了规定义务，检察机关就不再对其进行起诉，诉讼程序随之终止；反之，如果犯罪嫌疑人在规定期限内不履行规定义务，检察机关就要对其进行起诉，请求法院追究其刑事责任。[21]2002年，我国台湾地区通过修改“刑事诉讼法”增设了缓起诉制度，赋予了检察官更大的裁量权，其要点如下：其一，在适用案件范围上，检察官并非对任何案件都可以作出缓起诉处分，只能对所犯为死刑、无期徒刑或者最轻本刑为3年以上有期徒刑以外之罪的被告人作出缓起诉处分。此外，对于符合上述刑罚条件的案件，检察官也要“参酌刑法第57条所列事项及公共利益之维护，认以缓起诉为适当者”，才可以作出缓起诉处分。我国台湾地区“刑法”第57条规定的10项考虑事项原本属于法官量刑时应予以考虑的内容，检察官在作出缓起诉处分时也要综合考虑，以决定是否适用缓起诉。所称“参酌公共利益之维护”是指该案的继续追诉并不存在特别的公共利益，此时作为公共利益代表人的检察官，尤其需要审酌放弃追诉是否会造成一般预防及正义观感的负面影响。其二，检察官在作出缓起诉处分后，被告人须在特定的考验期内承担附带处分。我国台湾地区“刑事诉讼法”规定的缓起诉的考验期为1年以上3年以下，其期间自缓起诉处分决定之日起算。检察官可要求被告人承担以下事项：向被害人道歉，立悔过书，向被害人赔偿损害，提供一定的义务劳动，完成戒瘾治疗、精神治疗、心理辅导或其他适当的处置措施，保护被害人安全的必要命令，预防再犯的必要命令等。其三，缓起诉处分效力的确定。缓起诉处分由检察院作出后，告诉人有权对缓起诉处分提请再议，对于上级驳回该再议的处分，可以申请交付法院审判，如果法院最终作出了驳回申请的裁定，缓起诉处分方才确定，缓起诉的考验期开始计算。其四，缓起诉考验期满后的效果。缓起诉考验期满后，可能会产生两种效果：一为产生不起诉的效果；二为撤销缓起诉处分，由检察院继续侦查或提起公诉。我国台湾地区规定的撤销缓起诉处分的事由有三种：（1）被告在考验期内故意犯有应该判处有期徒刑以上刑罚之罪，经检察官提起公诉的。（2）缓起诉前，被告因故意犯他罪，而在缓起诉考验期内受有期徒刑以上刑罚宣告的。（3）被告违背应履行的义务或应遵守的事项。如果被告在缓起诉考验期内有上述行为之一的，检察院必须撤销缓起诉处分，被告已经履行的部分，不得请求赔偿或补偿，此时即产生被告被继续追究刑事责任的法律效果。若被告无上述行为，待考验期届满，缓起诉即可产生不起诉的效果。其五，告诉人对于缓起诉处分的救济。告诉人如果不服检察官的缓起诉处分，可以在法定期限内通过申请再议寻求救济，如果告诉人的申请被上级法院检察署检察长或检察总长驳回，告诉人还可以申请交付法院审判。
可见，在我国台湾地区，对于涉及套取科研经费案件的众多科研人员来说，只要“坦承犯行”（即认罪，类似我国大陆的认罪认罚制度，但是在效果上还是存在不小区别），不论是以非法占有为目的的套取科研经费案件（因而可能构成刑法上的诈骗罪和文书犯罪），还是不以非法占有为目的的套取科研经费案件（不能构成刑法上的诈骗罪，但是可以构成相应的文书犯罪），也不论套取科研经费数额的大小、情节的恶劣程度、套取科研经费人员的身份（科研人员和共同实施套取行为的科研辅助人员甚至配合提供财务资料的商人），均可以适用缓起诉。而如果在缓起诉期间没有违反法律规定的情形，最终的结局都是不起诉，从而实现事实上无罪的结局。由于在缓起诉期间违反法律规定的情形较为罕见，因此可以认为我国台湾地区事实上均对涉案的套取科研经费的科研人员做了无罪的处理。
以林某某案件为例，法院认为，林某某作为国立中正大学的教授，具有博士学位的知识程度，有正当职业及正常家庭生活状况；素行良好，并无犯罪前科；利用负责采购验收的机会，以耗材、零件等名目办理虚伪采购，作为大学教授，不足为学子身教典范。但是，其是因为经费有限，为充分进行研究或教学工作，或协助学生进行实验研究，在不得已的情形下，实施了与实际项目不符的采购，仅属于行政程序上犯有错误，绝无任何贪污的想法；其购买仪器是出于教学研究的目的，所有仪器均摆放在中正大学实验室，并无任何不法所有的意图。其行为仅仅构成相应的文书犯罪。最终，法院对林某某规定了两年的履行义务期间，期间届满后，检察机关对其作出不起诉的决定，关于林某某侵吞科研经费案件的诉讼程序随之终止。林某某仍为化学工程系的教授，其本职工作仍为教学研究，案件对其科研生涯的影响仅仅是阶段性的，其在化学科学领域的科研工作也没有因为涉及刑事案件而停止。