国务院《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》颁布前科研经费运行机制中存在的问题
我国科研经费领域的违法犯罪问题引起社会关注始于“准院士捐精门”等几个热点案件。这些热点案件的发生引发了我国有关部门和科研人员对现行科研经费运行机制的反思。2014年，国务院发布了《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》，对原有的科研经费运行机制进行了重大改革。因此，研究我国科研经费的运行机制问题，可以将其大致划分为两个阶段，即国务院《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》颁布以前的旧的体制机制阶段和颁布之后的新的体制机制阶段。
对于国务院《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》颁布之前科研经费运行机制中存在的问题，我国学者进行了充分的研究，尤其是来自财政部的有关专家对此问题进行了详细的概括。[9]综合以上各种意见，可以将国务院《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》颁布之前科研经费运行机制中存在的问题概括如下。
（一）科研经费监管机制运转不畅
科研经费监管机制是科研经费运行机制有效运转的重要保障。《国家社会科学基金项目资金管理办法》等一系列的经费管理规定都对科研经费的有效监管作出了规定，并对不同环节的监管主体提出了具体的监管要求。但是，从实践来看，相关监管主体的监管措施并没有到位，更没有形成监管合力，致使监管流于形式。
1.课题组负责人监管不到位
科研经费通常实行“课题组负责人负责制”，经费的管理和调配主要由课题组负责人负责。但课题组负责人负责制并不意味着科研经费不需要监管，恰恰相反，课题组负责人负责制既赋予了课题组负责人相当大的科研经费的自主使用权，同时也赋予了课题组负责人监管课题经费使用的责任和义务。[10]例如，在课题经费使用中，各个课题组成员乃至科研秘书都可能存在一定程度的滥用科研经费甚至套取挪用科研经费的现象。对此，课题组负责人就有权利，也有义务行使监督职能，保证课题经费的合理合法使用。[11]尤其是在大型课题研究中，课题下面设立各种子课题，在子课题组负责人层层负责的情况下，课题组的总负责人更应切实负起责任来，监管整个科研经费的合法合理使用。
但在现实中课题组负责人监管缺位现象普遍存在，课题组负责人监管环节屡屡出现问题。例如，在震惊学界的中科院候选院士段某某等人贪污案中，其科研秘书就曾经在段某某毫不知情的情况下虚报冒领科研经费数万元。另据报道，北京某著名大学二级学院的会计人员先后在给该院科研人员报销经费过程中，私自将自己个人消费的发票混在其中予以报销，金额高达20余万元，最终获刑10年。上述案件中，其实科研秘书和会计人员的作案手法并不高明，只要课题组负责人严格履行监管责任，每次报销时审核一下相关单据（无论是课题组成员还是科研秘书进行报销，都需要课题组负责人签字），或者经常查询一下自己的科研经费余额，上述套取科研经费的行为就不会得逞。然而，由于课题组负责人监管的缺位（例如：有的课题组负责人嫌麻烦，直接将自己的私人印章交由科研秘书保管，报销时由科研秘书直接加盖私人印章，而不是由课题组负责人亲笔签名；也有的课题组负责人很“大方”，对于找其签字报销科研费用的单据看都不看，大笔一挥直接就签了字），课题组负责人应当履行的监管职能形同虚设，致使课题组其他成员、科研助手等人套取挪用科研经费行为一再发生。
2.各个监管主体没有形成监管合力
从表面上看，课题依托单位都有完备的内部控制制度，都设置了科研、审计、纪检监察等监督管理部门，相关财务制度、科研管理制度都比较规范、健全。但是，在实际工作中并没有将监管真正执行到位，各部门从各自职能、职责角度出发，各自为政、缺乏配合，对内控制度的执行也存在差异，致使监管流于形式，没有形成监管合力：科研管理部门负责项目管理，“通常不跟踪经费使用的合理性和有效性”；财务部门负责经费的到款、支出和结算管理，对科研项目的具体研究进展以及经费使用的合理性、有效性无从了解与判断，其只能根据财务系统设定的比例要求以及支出内容（票据）的真实性进行形式上的判断，无法对项目进行合理的监督和管理；审计部门几乎在科研经费管理中处于缺位状态。[12]上述分析虽然是针对高校的人文社科科研项目监管中存在的问题进行的，但也适用于其他科研院所的科研项目。可以说，各个监管主体各自为政、缺乏监管合力的状况是所有科研项目经费管理中存在的共同问题。
课题组负责人掌管着项目经费的使用大权，基于现行的经费管理体制，课题组负责人倾向于尽快把科研经费“花干花净”，因此在经费使用上难免会出现违规违纪现象。因此，依靠课题组负责人监督课题组成员以及科研助手滥用科研经费的行为是有效的，但是对于课题组负责人自身的滥用行为，除了自律以外，就只好诉诸课题依托单位进行监督。而在实践中，各个依托单位要么缺乏专业知识而疏于监管，要么有意放纵而不愿监管，从而导致科研经费的滥用。例如，段某某作为科研项目立项申请、项目执行直至结题验收的总负责人，其所在单位对其科研经费的申报、核销不做严格审核，从而为段某某的贪污挪用公款打开了“方便之门”。据悉，段某某的课题组在宁夏银川根本没有任何课题项目，可保姆王某某给了段某某来自银川的发票共计20万元左右，全部在科研经费中报销；他还以部分课题组成员的名义报销了差旅费用，但这些成员压根就没有出差。
（二）科研经费管理体系单一，缺乏分类管理
1.缺乏针对基础研究、应用研究、开发研究的不同管理机制
科研活动基本可以分为基础研究、应用研究及开发研究三类。基础研究主要是指探索客观世界基本原理的科研活动，不以应用为目的，旨在揭示客观事物的本质和运动规律；应用研究主要是指针对特定目的，探索达成目标的新方法、新途径、新原理的科研活动；开发研究主要是指为生产新的产品、材料和装置等，在基础研究、应用研究所获得知识的基础上探索新的工艺、技术、服务规程的科研活动。不同的科学研究层次对于科研经费管理机制也有不同的要求。
但是，我国科研经费管理机制还比较单一，不管是基础研究，还是应用研究、开发研究，主要是由政府进行投资，政府与企业在科研经费投入中权责不清，从而导致科研经费运行机制比较混乱，效率低下。据有关资料统计，目前我国科技成果转化率平均仅为20%，实现产业化的不足5%，专利技术的交易率也只有5%，远远低于发达国家水平。造成上述现象的主要原因就是研发与产业脱钩，科技成果转化率与绩效无关，一切围绕经费申请与发表论文转。
关于科学研究的层次性以及科研经费资助的重点领域，可以参照美国的做法，以对我国不同层次的科研经费分类管理进行完善。在美国，除了美国国家自然科学基金、国家卫生研究院、国家宇航局等少数机构的政府经费外，科研经费基本由企业和民间出资，研究者也以民间机构、企业为主。由于基础性研究服务于人类，更服务于未来，其价值难以短期显现，其经费来源主要是政府机构和民间基金会，但应用研究和开发研究基本由企业和其他市场化机构资助并进行，包括跨国公司、创投基金、私人股权基金等营利性公司[13]。借鉴美国的做法，可以对我国的科研经费管理体制进行以下调整：（1）由财政资金支持的科研活动主要包括两大类：一是基础研究和战略性研究，如支持国家重点实验室的建设和使用；二是与公共利益有关的，如医疗卫生、能源保障等行业。这一类的财政资金形成的科研经费，应按照国家有关部门的要求严加管理。（2）应用于经济领域的科技研发工作，大部分都应由企业自己去做，以市场为导向。[14]对于这一类的科研经费，应主要由企业出资并由企业自己制定科研经费的管理办法，政府对此不予干预。
2.横向科研经费管理制度混乱
在科研经费管理方面，纵向科研课题的经费管理一般都有明确、可供操作的指导性文件，而且从标准化的预算制定到经费支出的规范细则都在相应的上级管理部门的监督指导下，管理上相对较为规范。而对于经费数额往往成倍于纵向课题经费且名目繁多的横向课题经费，国家并没有统一的课题管理规范，各个课题依托单位执行起来存在两极分化的现象。有些课题依托单位由于所获横向科研经费不多，财务、科研管理部门对于经费的管理过于小心谨慎，严格参照纵向科研经费的管理模式，要求科研人员又请示又报告，对科研人员过多地干预限制，不仅给科研人员造成额外的负担，影响了课题的研究进展，也在一定程度上影响了科研人员争取课题的积极性和横向科研经费的总量。而有些课题依托单位为鼓励科研人员多争取横向科研经费，“以横养纵”，促进单位整体的科研水平，有意弱化课题依托单位的监管职责，对横向科研经费的管理比较随意。甚至有的单位误认为横向课题经费是科研人员自己争取来的，应该由科研人员自由支配，不适用单位的财务、审计等相关制度，致使横向课题经费管理混乱。[15]
（三）科研经费预算中无法体现人力资本价值[16]
1.科研人员得不到合理的劳动报酬
在科研活动中，人是第一要素。但是，长期以来，我国的科研经费预算中重视“物”而不重视“人”的现象非常突出。科研经费预算中可以列支科研仪器、设备、会议费，差旅交通费等，却不允许列支科研人员的劳务费，致使科研人员的创造性劳动的价值得不到补偿。例如，我国主要依靠财政投入的纵向科研项目，如国家科技支撑计划、“863”项目及“973”项目、国家重大科技专项、国家自然科学基金项目、国家社会科学基金项目、教育部人文社科一般项目、全国教科规划课题等均制定了具体的经费管理办法（项目管理规定或者项目经费管理办法）。这些管理办法对人员经费开支范围均做了严格的限制，开支范围仅限于在课题研究开发过程中支付给课题组成员中没有工资性收入的相关人员（如在校研究生）和课题组临时聘用人员等的劳务性费用，承担科研项目的在职人员津贴、补助等则不能直接开支。[17]由于国家级科研项目的科研经费管理办法如此规定，省、部级以下单位的纵向科研经费管理办法大都参照国家有关办法制定，因而也不允许科研人员获得劳务费。
这种预算编排方法最大的问题在于真正从事科研活动的科研人员无法从科研活动中得到劳动报酬，使得科研人员从事科研活动都是“无私奉献”，既挫伤了科研人员的积极性，也扭曲了现有的科研经费评价体系：一是引发可能的“消极怠工”现象，大大挫伤科研人员的工作积极性。科研人员缺乏足够的动力去争取和承担国家纵向科研任务，无法安心于本职科研工作。[18]二是产生“横向替代纵向”效应。由于国家科技计划等纵向科研项目实施非常严格的直接成本补偿，无法体现人力资本价值和劳动投入，由此影响到部分科研人员申报、承担并完成纵向科研项目的积极性，转而将主要精力用于争取经费使用上相对宽松的横向课题。三是诱发“钻空子”行为。为了弥补科研人员的劳动消耗，调动科研人员的积极性，有些单位采用变通的暗补办法，如做假账、假发票等，因而滋生许多不良的后果。[19]
2.课题组辅助人员的劳务费设计不合理
包括国家社科基金项目在内的一批国家财政拨款的科研经费预算中，允许没有工资性收入的相关人员（如在校研究生）和课题组临时聘用人员等从中提取劳务性费用。但是，该劳务费比例偏低，远远低于实际需要。例如，西北工业大学对提取劳务费的规定为：纵向科研项目的提取比例≤10%，横向科研项目的提取比例≤20%。在高校的劳务费管理规定中就算劳务费所占比例较高的横向项目，一般来说至多也仅有40%，而纵向项目的劳务费比例一般只有10%～20%。[20]与美国劳务费比例占比通常超过40%相比，我国劳务费比例过低的弊端显现无疑。由于这种劳务费比例的限制，课题组的研究生等辅助人员所得远远低于社会平均工资，致使有的科研项目（如工科项目）无法找到能够胜任的高级实验人员。应该说，自国务院《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》颁布以来，我国科研经费管理体制针对劳务费问题做了重大改进，但这种改进与美、英等国科研经费中的人员费（劳务费）制度相比，还显得偏于保守、比例过低，无法体现科研人员和辅助人员在科研活动中的创造性贡献。
（四）预算编制不合理、不真实的问题比较突出
国家缺乏科学的支出科目预算体系和预算定额标准，又要求科研人员在申请项目时就填报项目预算，致使我国科研经费管理在立项阶段的预算编制内容不完整，编制方法不统一。在实践中，科研项目经费预算编制流于形式，编制的预算缺乏可操作性，预算的不合理性问题比较突出。[21]例如，在科研人员申报科研项目时，就要求科研人员填报精确的预算，把几乎每一笔经费都写清楚。例如，差旅费预算要精确到出差地点、出差时间、人数、乘坐的交通工具等，图书费要精确到多少本书，复印费要精确到复印多少张等。由于尚未开展科研活动，这种看似精确的预算又怎么可能会是真的呢？科研人员面对这种“神预算”，也只能“神应对”，瞎填一气。这种胡乱填写的预算本来就不合理，执行时也不可能照章执行，从而导致预算与决算不一致，“不查没问题，一查一大片”。
由于预算编排本身就不合理，从而导致预算的真实性也大打折扣。在现行体制下，不少课题组负责人同时实施多个项目，既有纵向科研项目，也有横向科研项目；既有已完成马上就要申请结项的项目，也有刚刚申请到手的项目。不同的项目经费报销难度不一，经费余额也不同，于是就给课题组负责人混用科研经费提供了机会。例如，横向课题经费中劳务费开支比较容易，有的课题组负责人就在横向课题经费中多开劳务费，而把开展横向课题研究所需要的成本（科研项目使用的水、电、气等直接费用，现有仪器设备和房屋使用费等间接费用）纳入纵向课题进行核销。这种情况导致“科研成本指标不能真实反映科研项目的全部耗费情况，也导致科研项目经费各方面的量度和比例没有数据基础，成本控制和费用补偿没有依据”。[22]
预算编制过于严格、过于细致，还将造成一个不良后果：要么严格按照预算执行，导致科研项目经费结余较多，从而造成科研经费的闲置和浪费现象；要么想方设法、费尽心思套取挪用科研经费，以把科研经费“花”掉，从而造成科研经费的流失，同时也把科研人员推向违法犯罪的边缘。
（五）预算执行不规范，缺乏有效监管
与常规的差旅费、会议费等经费支出相比，科研经费的各项支出具有比较明显的差异化、个体化特征，依托单位的财务部门对来源各异、数量众多的科研经费也没有办法详细掌握。因此，实践中依托单位财务部门报销科研经费时，通常会增设一个环节，如要求科研主管部门负责人（或者院系主管科研工作的负责人，通常是副院长）就报销票据的相关性、真实性、支出合理性签字确认。这种做法的优点是有利于对科研经费使用的合理性、合法性等进行监管，但最大的弊端是效率过低。每个科研依托单位的科研经费众多，主管科研工作的部门负责人通常是兼职，也没有精力去详细审核每一笔经费，从而造成要么拒不签字、拖延签字，科研经费报销难上加难；要么为提高工作效率，“大笔一挥”签字了事，从而使得监管流于形式。[23]
（六）项目管理费收取的合理性存疑，收取标准不一致，收取比例不合理
我国几乎所有的科研依托单位都会对课题收取一定比例的项目管理费，用以贴补使用本单位现有仪器设备及房屋，日常水、电、气、暖消耗，以及其他有关管理费用。教育部和财政部联合下发的《关于进一步加强高校科研经费管理的若干意见》规定，对于项目管理费，项目管理办法或项目合同没有明确规定的，由依托单位制定管理办法予以规范，但管理费的提取比例不得超过项目经费总额的10%，提取的项目管理费必须纳入学校预算统筹使用。有一部分管理费被实际用于科研依托单位科研管理人员的奖励等支出。
在我国，科研依托单位大都是国有单位，国家已经按照一定的程序，对国有单位的科研条件和设施（如实验仪器、设备，必要的办公条件等）进行了财政投入，具体从事科研管理的工作人员本来也是体制内的国家工作人员（如各科研单位的社会科学处、自然科学处、财务处的工作人员等），享有国家工资性收入。在这种情况下，课题依托单位在承担课题时，另外再收取项目管理费，合理性存在疑问。如果认为科研依托单位额外支出了成本和费用、科研管理人员付出了额外的劳动，因而应该得到额外的补偿或报酬，这就会造成一个重大的矛盾：为什么真正从事科研工作的课题组成员却不能从科研项目中获得劳务费？如果说科研人员是应该专门搞科研的，那么科研管理人员不应该专门从事科研管理工作吗？大家不都是拿着国家工资的吗？
此外，我国项目管理费还存在收取标准不一致、比例不合理的问题。有学者对所选取的28所高校进行了统计得知，各高校科研项目的管理费收取标准各不相同。例如，厦门大学对理工科纵向和横向课题收取2%的图书资料及网络使用费、3%的学校管理费、2%的院管理费；对文科纵向和横向课题收取1%的图书资料及网络使用费、3%的学校管理费、2%的院管理费。西北工业大学学校收取纵向科研项目的管理费比例为11%，横向科研项目为2%；学院收取纵向科研项目的费用比例为≤3%，横向科研项目为≤3%。据调查显示，有51%的人认为学校的提取比例过高，且认为合适的提取比例为6%；有44%的人认为院系的提取比例过高，且认为合适的提取比例为2%。[24]
（七）结余经费管理有待完善
课题组在科研过程中经常出现经费存在结余和经费不够的情况。如果经费不够，科研人员只好以后再想办法申请项目来解决，或者自行解决经费（包括自掏腰包），这倒也没什么。问题是在科研经费存在结余的情况下，纵向科研经费一律收回，横向科研经费的去向模糊不定，致使科研人员无法使用该科研经费继续从事科研活动，这明显存在不合理性。
1.纵向科研经费一律收回不合理
关于科研项目完成后的结余经费如何处理，我国有关管理政策经历了一个变化的过程。1996年公布的《科技三项经费管理办法（试行）》（财政部、国家计委、国家科委等部委联合颁布）第13条中规定“已完成并通过鉴定、验收后的项目结余费，可提取不超过10%的经费作为对项目研究人员的奖励”。也就是说，根据该规定，结余经费中的10%（最多）可以作为奖励发放给科研人员。但是，结余经费中剩下的90%如何处理？却没有规定。2006年国务院办公厅发布《关于改进和加强中央财政科技经费管理的若干意见》中规定“科研项目结余经费应严格按照国家有关规定执行，不得归项目组成员所有、长期挂账，严禁用于发放奖金和福利支出”。至此，结余经费实际上被要求全部收回，既不能用于发放奖金和福利支出，也不能归项目组成员所有和长期挂账。
这种“一刀切”地收回结余资金的做法产生了严重的逆向激励，即越是节约搞科研，反而越“吃亏”；越是大手大脚把经费用完，反而越占便宜，从而助长铺张浪费的风气等逆向选择。[25]同时，与经费不够情况下的“不补”结合起来，经费结余情况下的“多退”也显得很不公平。
2.横向科研经费“项结账不结”，缺乏有效的管理措施
在横向科研经费管理上，很多科研依托单位提取管理费和代扣税金后就不再过问。科研项目结项后，如果有多余的经费，通常采取长期挂账的形式，科研人员可以继续使用该经费从事科研活动，从而导致“项结账不结”的现象普遍存在。这种做法的好处是，结项后不立即收回科研经费，有利于保护科研人员争取横向科研经费的积极性，为科研人员长期从事科研活动提供了较为稳定的经费支持，但也会造成科研项目成本失实、项目绩效评价失真的缺陷。[26]
（八）科研经费到账时间太晚，导致经费运行机制发生混乱
按照科研经费的运行机制的要求，科研项目获批后，科研经费应尽快到账，以保障科研活动的顺利进行。也就是说，科研项目获批—科研经费到账—开展科研活动是一个正常的流程，不能颠倒。但是从实践来看，部分科研经费的到账时间与科研活动的开展时间存在倒挂现象：有的项目在上一年度获批后，直到本年度科研经费才到账；有的年初获批的项目，年底经费才到账，而且要求年底就把当年度的经费花完。这就造成很多问题：有的项目研究都进行完了，科研经费还没有到账；也有的科研项目必须等到科研经费到账后才能开展科研活动，而科研经费却迟迟不到账，致使科研活动一再推迟；也有的科研人员开始混用科研经费，即使用其他项目的科研经费来开展本项目的研究，致使项目的绩效考核、成本核算等一再失真。
（九）前期研究经费无法在项目经费中核销
在科研项目申请环节，课题发布单位通常都要求课题组具备一定的前期研究基础。一些课题在申报时，前期研究工作已经占到整个项目工作量的1/3左右。前期准备工作越充分，相关的科研成果越多，获得批准的概率越大。但是，前期的研究工作同样需要成本，这部分成本支出如果不能在新项目中核销，就与项目的实际成本核算不一致，课题组成员的该部分投入也无法得到补偿；如果课题组用其他票据在新获批的项目中核销，就会出现报销类别与预算不一致的情况，存在套取科研经费的嫌疑；如果使用原来的票据进行核销，也会存在项目预算与实际开展科研活动时间不一致的问题，致使预算失真。因此，解决该问题的合理途径就是在项目预算中允许核销一部分前期的科研投入。
（十）横向科研项目合同签订不规范
有些科研依托单位只注重争取横向科研项目，但是对于科研合同却疏于把关，科研单位的下属二级单位（学院、系、部）甚至是课题组都可以对外签订合同。由于合同签订没有统一规范的格式要求，出现了一些口头合同、简式合同，合同条款存在疏漏、不合理甚至违反合同法等现象。这些签订程序存在瑕疵、内容不合理的横向课题合同给横向科研经费的管理增加了一定的难度，也给科研依托单位造成了法律风险。[27]
（十一）科研经费分配时存在较为严重的行政色彩
在国务院《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》发布以前，我国科研经费分配领域存在比较严重的行政化色彩是不容置疑的。有人曾这样描述：我们的财政科研经费主要来自国家各级科研主管部门，教育部、科技部以及相应各部委，但是科研经费怎么分配，由大大小小不同的政府机构决定，导致凡是不愿意投其所好去结交朋友的知识分子或没有行政职务的知识分子常常被排挤在科研经费分配圈之外。这种分配体制极大地挫伤了科研人员的积极性。行政机关具体负责科研经费分配，即使分配时要找一些专家，美其名曰提高分配的科学性，但找的大多是离行政圈最近的专家，可能找校长、所长、院长当专家，还是无法避免科研经费分配时的行政化问题。[28]
本书认为，该学者的说法比较偏颇，也不完全符合现阶段我国科研经费的分配实际。但是，文中所述的行政化现象确实是存在的。据笔者所知，除了教育部、国家社科基金委员会、国家自然科学基金委员会以外，其他部委的项目和地方各级政府设置的科研项目确实存在过度行政化的问题。项目评审中虽然有专家参与，但评审专家大多走个过场，真正具有决定权的是科研管理部门的工作人员。2013年，广东省科技行政系统逾50人被卷入腐败窝案就曾引发舆论哗然。根据广州市人民检察院反贪污贿赂局的负责人介绍，广州市科信局19个处室，具有项目管理职能的有14个。这些部门的处级干部，既负责项目的组织实施，又负责项目的投资管理。广州市科信局普通干部、处长都有项目第一手资料，他们利用信息不对称，把这些信息告诉自己熟悉的企业。在这样的运作模式下，没有科技主管部门工作人员的配合，科研人员估计连如何申请科研项目都不清楚；即使遇上机会申请了科研项目，也会在各种行政化的审批程序中被刷下来。
除了以上问题以外，在国务院《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》发布以前，我国科研经费运行中还存在科研项目管理的立法缺失、[29]科研合同不健全[30]等问题，限于篇幅，本书不再详述。