近年来，我国科研经费运行机制存在的问题引起了社会的广泛关注。党中央、国务院和各级课题发布单位高度重视该问题，分别从顶层设计和具体操作等层面进行了一系列的改革工作，科研经费运行机制有所完善。但是，现行科研经费运行机制仍存在效率低下、运转不协调、参与主体权责不一致等问题，有待进一步的改革与完善。
