实体上出罪机制的具体设计
实体法上的出罪机制实际上是对刑法上某种犯罪的构成要件要素作实质性的解释，或者对犯罪构成要件的某些要素做适当的限缩，进而在实体法上实现出罪的效果。结合科研人员套取挪用科研经费案件的实际情况，从实体法上实现出罪的效果，可以从以下角度入手。
（一）对“公共财产”作限制解释
公共财产作为贪污罪和挪用公款罪的犯罪对象，其范围宽窄的界定事关贪污罪和挪用公款罪的成立与否。因此，对科研经费的公共财产属性作限制解释，将横向科研经费和部分纵向科研经费从公共财产中排除出去，可以解决套取挪用该部分科研经费行为的出罪问题。
我国刑法第91条规定：“本法所称公共财产，是指下列财产：（一）国有财产；（二）劳动群众集体所有的财产；（三）用于扶贫和其他公益事业的社会捐助或者专项基金的财产。在国家机关、国有公司、企业、集体企业和人民团体管理、使用或者运输中的私人财产，以公共财产论。”
按照上述规定，从形式上看，以下科研经费均为公共财产：其一，所有来自公共财产的科研经费（包括各类财政拨款的科研经费和国有企业、事业单位使用国有资产形成的科研经费），不管项目的依托单位是国有单位还是私有单位（主要是各类高新技术企业），均属于公共财产，套取挪用这类科研经费的，均可以构成贪污罪或挪用公款罪；其二，即使是来源于私有单位使用非公共财产形成的科研经费（如腾讯公司技术研究院作为项目委托单位拨付的科研经费），只要项目依托单位是国有单位，这些项目经费也将由于属于“在国家机关，国有公司、企业，集体企业和人民团体管理、使用或者运输中的私人财产”而应以公共财产论。
然而，这种对科研经费的公共财产属性的理解是片面的，最为突出的问题就是不区分科研经费的来源，也不区分经费使用上的行政法律关系和民事法律关系，把基于民事委托合同而形成的科研经费也视为公共财产。[58]
在本书看来，在公共财产的计算上应当做以下限制：
首先，将横向课题经费从公共财产中排除出去，进而将套取挪用横向科研经费的行为予以出罪化。横向课题是指社会机构、个人等为了取得或者购买科研人员的劳动成果，而与科研单位签订协议设立的课题。从双方的法律关系来看，相当于民法上的承揽关系，课题的委托、成果的完成、费用总额及其支付方式完全采取市场化的方式，课题组需要干多少事情，应该拿到多少报酬，报酬如何使用，都应该由项目委托方和课题组协议决定。这显然是一种典型的民事合同法律关系。如果在履行横向课题合同中出现了争议，应该按照民事合同的方法进行处理，该赔偿的赔偿、该退回的退回，政府只能建立规则予以引导，而不能将其纳入强制管理，不应强行干预。事实上，我国司法实践中也是这么操作的。目前已经进入刑事程序的案件均是针对财政拨款的科研经费，尚未见到针对套取挪用横向课题经费而构成犯罪的刑事判决书。[59]
其次，将一部分基于政府购买服务而设立的课题经费从公共财产中排除出去，进而将套取挪用该部分科研经费的行为予以出罪化。即使是财政拨款的科研经费，也应该区别对待。从我国财政拨款科研经费的运行实际来看，大部分是出于单纯帮助科研人员完成有益于国家或者社会的科研活动，甚至仅仅就是支持科研人员按照自己的意愿开展科研活动（例如，各种人才类、基地类的科研项目的科研经费，完全由科研人员按照自己的研究兴趣开展科研活动），经费提供者并没有自己的经济目的，只是为了国家和社会的公益目的。国家社会科学基金项目和国家自然科学基金项目的设立就是如此。[60]在这些项目中，涉及课题委托单位、课题依托单位和课题组，由此形成的法律关系更多的是行政法律关系，将科研经费认定为公共财产没有问题。但是，也确实存在一部分财政拨款的科研项目，其设立的目的就是取得（或者说购买）科研人员所创造的劳动成果，以满足自己的政治或者经济需要。这一类比较典型的就是各类政府采购服务。在这类政府采购服务中，课题组与课题委托单位（政府及其有关部门）形成的是民事合同关系。因此，这类科研经费尽管来源于财政拨款并在国有单位管理之下，也不应当认定为公共财产。
（二）计算套取挪用科研经费的数额时应适当扣除科研人员的应得报酬以及其他合理开支
对套取挪用科研经费案件出罪处理的一个重要原因在于科研经费管理体制不科学，这种不科学集中体现在经费预算中不包括科研人员应得的劳动报酬，经费管理过于死板（该现象被形象地称为“买酱油的钱不能用来买醋”）等。因此，在计算套取挪用的科研经费数额时应做以下扣除：（1）扣除科研人员应得的劳务费（或者相当数额的奖金、报酬等）。当前，科研人员劳务费问题虽然在中央和各部委纵向课题中尚无进展，但在湖北省、上海市等地方纵向课题中已经“破冰”；根据李克强总理的讲话精神，中央和各部委纵向课题经费预算中纳入科研人员的劳务费也只是时间早晚的问题。基于此，应认为科研人员在完成课题的情况下应该得到合理的劳务费（或者相当数额的奖金、报酬等）。因此，计算套取挪用科研经费的数额时应把科研人员应得的劳务费扣除。至于扣除标准，可以初步设计如下：每个课题中劳务费标准不超过经费总额的30%（或者50%），而且参与的课题组成员每人年均总额不超过5万元（或者年均总额不超过课题组成员年收入的30%）。如果科研人员套取的经费数额超过上述标准，则可以计入贪污数额。或者参照美国的劳务费扣除标准，即每位科研人员年收入的20%～30%，或者参照我国台湾地区的标准，即每年提取固定数额的劳务费（如博士生人均1万元），当然也可以设计其他合理标准。如果科研人员套取挪用的数额超过上述标准，则可以考虑计入犯罪数额。（2）扣除一切最终用于科研活动的开支。有的科研人员套取科研经费用来补偿本课题的先期投入，有的用于其他课题的科研活动，有的用于弥补应发劳务费的差额（预算中的劳务费不够实际支出），等等。只要套取挪用的科研经费最终用于科研活动，都不应计入犯罪数额。当然，有的科研人员套取挪用科研经费完全用于个人生活，甚至用于违法犯罪活动，该部分数额应当计入贪污数额。（3）区分违反财经纪律的使用与贪污科研经费的问题。例如，课题中提取的劳务费即使超标，但只要该劳务费是与科研活动有关的，都不能计入贪污数额。
（三）运用违法性认识错误理论，将国务院《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》颁布之前的部分套取挪用科研经费行为予以出罪化
在国务院《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》公布以前，《国家社会科学基金项目经费管理办法》以及其他各类科研经费的使用管理规定都只是笼统地强调了科研经费的依法使用，对于科研经费的违规违法使用，最为严厉的处罚措施也只是追回已拨科研经费、停止5年内的申报资格，始终没有明确其违反刑事法律的性质；我国科研经费运行机制弊端重重；实践中很多课题依托单位基于调动科研人员积极性的考虑，也往往对科研经费的套取挪用等行为持默认的态度。在这样的情况下，科研人员普遍存在一种认识，即科研经费是我申请的，只要按期完成符合要求的研究成果，钱想怎么花就怎么花，并不认为套取挪用科研经费是违法犯罪行为。也就是说，科研人员普遍存在违法性的错误认识。
笔者曾撰文详细论述了违法性认识错误对科研人员套取科研经费案件刑事责任的影响[61]，即以违法性认识错误理论为解释依据，将那些涉案金额不是特别巨大（如100万元以下）、情节不是很恶劣（将套取的科研经费用于“包二奶”等则属于比较恶劣的情形）以及不担任行政职务的课题组负责人予以出罪化。按照这种处理办法，即可以将国务院《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》颁布之前的大部分套取挪用科研经费行为出罪化。