筹备
1939年，帕森斯获得了终身教职（tenured position）。他写信给校长柯南特，就哈佛大学社会科学的诸多方面陈述了自己的看法。柯南特的回信流露出对学科现状的不满。柯南特似乎不愿意看到经济学系和政府学院继续在社会科学领域中把持支配地位，他认为应该建立一个能够涵盖其他领域的机构。这一想法与帕森斯的念头不谋而合。[15]
现实的发展常常出人预料。1939年9月二战爆发，帕森斯的计划搁浅了。欧洲的战争将学校分成了两大“阵营”：孤立主义或反战组织与那些支持盟军的组织。柯南特和大部分教员都支持后者的立场。[16]柯南特认为，美国应该采取各种可能的措施保证击退希特勒，他说：“在一个由极权国家统治的世界中，我们还能过上自由、和平、相对不受威胁的生活吗？作为一个国家，我们难道能无视英国为纳粹国家所征服这一事实吗？”[17]1940年6月14日，柯南特接受了卡耐基研究所（Carnegie Institution）主席万尼瓦尔·布什（Vannevar Bush）的邀请，帮助成立一个科学委员会，与白宫合作，进行国防的研究和策略框架（defense research and the strategic framework）来帮助盟军。在哈佛大学内部，柯南特的这一决定引起了众人的批评，认为他忽视了学术工作。诸种情形迫使柯南特将其权力下放，次年任命历史学家保罗·巴克（Paul Buck）担任哈佛第一任，也是唯一一任教务长。国防研究委员会采取了前所未有的行动。与一战时科学委员会（the scientific committee）的情况不同，那时化学家和物理学家都汇聚于政府的实验室，这一次，政府完全将责任交给了大学，还有研究所和工业实验室。这一点即使是柯南特也没有料到。官僚和教授的联姻改变了美国战后的教育。[18]
帕森斯并不懈怠。1942年，他再次向柯南特提交了一份计划，要求建立一个“超级”系（a“super”department）。他认为，学科和研究发展的现况足以证明，在一个应用领域中，社会学和其他社会科学技术的集合可以收获丰硕的成果，而先前这些学科却从未这样被加以应用。如果要使这些可能性变为现实，就要解决资金和组织结构的问题。“对我而言，大学应致力于为国家服务……如果一旦资金和机构的问题解决了，我们有可能获得更好的成就。”帕森斯认为，成立这样一个新部门，对战争也有帮助。这份计划充分体现了帕森斯对社会学的学科角色的看法，他认为，第二次世界大战充分表现了时代的危机，这个危机与其说是政治性的，不如说是社会性的，也就是西方的思想、文化乃至整个欧美文明的危机，因此必须通过某种制度或机构，重新恢复对文明和文化的信心，重振文明的力量。帕森斯认为，在美国，哈佛大学有责任承担这样的使命，而且也有能力承担。[19]
但是，柯南特似乎无暇顾及校内事务。数次交涉的失败使帕森斯对哈佛大学的状况有些失望。但是到了1943年，又有了转机。博克升任为哈佛大学文理教授会（the Faculty of Arts and Sciences）主席，他对校内事务更有热情。上任不久，博克便任命帕森斯出任战务统辖和国际行政管理（the Committee on Military Government and International Administration Official）兼职官员。帕森斯十分高兴，感到这是自己实现一名社会学家职责的时机。他几乎将全部的工作时间都投入进去了。[20]这一段时间内他还忙于海外行政管理学院（the School of Overseas Administration）的教学和研究事务，在这个学院里与他一起工作的还有人类学家克拉德·克拉克洪（Clyde Kluckhohn）。1948年克拉克洪成为刚成立的哈佛苏联研究中心（the Harvard Russian Research Center）的主任，而帕森斯也是其积极缔造者之一。
1943年2月24日，博克召集了一个餐桌会议。与会者来自社会科学的不同领域，其中有克拉克洪、心理学家亨利·莫瑞（Henry Murray）、心理学家霍巴特·莫勒（Hobart Mowrer）、心理学家奥尔波特以及帕森斯。会议的议题是关于战后哈佛本科生教育的改革问题。这五个人提议博克任命一个特别的委员，重新评估各个社会科学部门中的课程设置以及行政组织的管理情况，尤其是那些发展很快的部门。他们提醒博克，其他大学也正在进行类似的尝试，比如耶鲁的人类关系中心（Institute of Human Relations）和芝加哥的人类发展委员会（Committee on Human Development）。他们认为，现有的系科界限已经阻碍人们获得各种综合知识（integrated knowledge）。不论哈佛愿不愿意成立相似的机构，也应该思考类似的问题。他们认为，在战后现有的系科结构（departmental structure）将完全不合时代要求，不符合跨学科研究和教育的要求。
1943年6月11日，博克任命这些人组成了一个非正式的委员会，并要求他们直接向自己汇报工作。他说，任何机构重组都会遇到的困难，但是仍“希望你们对我这次重建并努力完善哈佛教育结构的尝试有信心”。
这个非正式委员会花了4个月的时间起草一份报告，并在1943年10月某天递交给了博克。这份题为《哈佛大学社会科学重组》（Reorganization of the Social Sciences at Harvard）的报告，清晰反映了帕森斯式的社会学观念与措辞，只关注社会学、心理学与人类学之间的整合，完全没有把经济学、历史学和政治纳入考量范围。“在我们看来，最为致命的误解乃是社会科学每个部门‘分支’在整个科学体中都具有同等重要性—每一分支都是独一无二的、支配性的‘科学’，这一误解乃为当前这所大学以及其他大学中的部门组织形式所催生。我们并不质疑在这一庞杂且复杂的领域中劳动分工的必要性；但是当前划分界限及处理不同领域间相互关系的做法是有害的。可这种弊端是能够加以避免的。通过一种更为宽泛的标准，我们从这一处理社会关系中人的行动的复杂整体中划分出了三种主要的学科类型。”
这份报告对历史学、政治学和经济学只是轻描淡写地稍加提及，主要讨论社会科学对于历史学和经济政治学（econopolitical）的基础性作用，其理由乃是报告的起草者认为社会学处理的问题和对象正是其他学科所预设的基本前提。基本知识之间的界限不能以现有的部门界限为依据，而是以整个处理制度社会学和比较社会学、处理社会和临床心理学以及社会和文化人类学中的基础和概念为前提。近来，整个基础社会科学知识（basic social science knowledge）已经发展到了一个相对成熟的阶段。这份报告的结论是：基础社会科学已经成为“社会领域的核心，可比解剖学、物理学和生物化学在生物学中的地位”。此外，既然在这一趋势中哈佛大学处于落后而非领先的地位，那么基础社会科学的迅速成长和整合的新阶段就应该成为哈佛大学社会领域中的教学和研究的基础部分的组织焦点，这是必要的也是可行的。[21]这份报告可看成是后来“社会关系系”成立的宣言书。此后，帕森斯在哈佛大学推进社会科学改组的努力显得更为顺利了。
1943年下半年，帕森斯被邀请参加于次年春天在纽约召开的一个跨学科的讨论会。讨论会是由纽约城市学院（the College of the City of New York）的加德纳·墨菲（Gardner Murphy）和美国科学促进会（the American Association for the Advancement of Science）的常任秘书摩尔顿（F.R.Moulton）主持的。召开这个会议的目的是要讨论科学在其普遍哲学及其实践层面上的统一，以及科学作为一项普遍的事业推进全球和平的途径。在此，科学被视为一套统一的方法（a universal method），一种思考和行动（thinking and acting）的方式，将重新塑造非生物的世界（the nonliving world）、生命科学，以及对人类和社会关系的研究。许多人类学家、经济学家、政治学家、心理学家和社会学家曾采用旧式科学的系统化的方式（systematized methods of the older sciences）。社会科学被认为继承了物理学和生物学的方法和标准，要提升其地位，提高其有效性。人们认为所有的物理学家、生物学家和社会科学家能一起维持科学的标准。会议旨在为所有科学的统一化提供理论依据，并指导致力于社会和全球秩序的方式。[22]
1944年春天，帕森斯收到美国西北大学的一份“厚礼”。这一年西北大学得到了一大笔捐赠，它希望能拓展本校的社会学系，于是决定授予帕森斯以系主任和全职教授的职称。这对帕森斯来说可是一个等待了很久却一直没有实现的机会。“系主任”和“全职教授”就能完全保证他可将自己的才能和雄心付诸实践：“我很清楚，仅仅就是涨点工资，……而没有组织上的变化是不行的。我宁愿去西北大学。”[23]不久，他就坐车前往芝加哥。然而令人惊奇的巧合发生了。博克也乘坐着同一辆火车。一路长谈，博克终于挽留住了帕森斯，条件是帕森斯得到了他在哈佛大学向往已久的东西。[24]要是没有这次巧合，哈佛大学社会学系的历史很可能就被改写了。
“火车会议”之后不久，校长柯南特和教务长博克经过商量，一致同意，如果帕森斯决定留在哈佛大学，那么从1944年7月1日开始就聘他为全职教授，并任命他为社会学系的主任，授权帕森斯协调和计划合并其他两个系的相关事宜。[25]
但是，帕森斯还必须得到教师会的支持，他需要动员一切力量来营造一个适宜的环境。他继续与那些在哈佛大学行政系统中有影响力的人保持联系。他认为，哈佛的现状不能令人满意，因为社会科学的重组尚未取得正式的成就，相关的努力也大多采取非正式的形式。但是，他也觉察到“一个突破性的机会即将到来，所以我想我们能够期待在不久的几年中会有很大的发展”。[26]此外他希望能将波士顿作为社会学研究职业化的扎实的根据地。这样的做法很明显是以芝加哥大学社会学系为榜样的。
1945年春天，博克让帕森斯去访问几所正在进行跨学科研究的重要大学及研究中心。帕森斯走访了耶鲁大学的人类关系中心、哥伦比亚大学的应用社会研究处（the Columbia Bureau of Applied Social Research）、北卡罗来纳大学的社会科学研究中心（the North Carolina Institute for Research in Social Science）等，并提交了一份报告，提出在1945—1946学年中成立一个新的“超级院系”，其委员会由帕森斯本人担任主席。[27]
1945年末柯南特回到了校园，继续担任校长。战争给大学带来的不小的变化。全国范围内大学和学院大约招收了230万退伍军人，战后3年半中哈佛大学总共招收了6万余名军人。“学生潮”迫使教师更新他们的教学方法和教学理念。战后几个教授合作教学的方式取代了战前个人教学的方式，这不能不说与战争期间诸多跨学科合作研究的尝试有关。现在大多教授都“信奉”经济学和社会学，而冷落了生物学。[28]
这样的情形对帕森斯是有利的。他的跨学科合并计划及其教学理念受到了社会学系、心理学系和人类学系的支持。经过一系列的讨论，1946年1月29日文理教师会全票通过成立社会关系系，并授权其负责指导社会学、社会心理学和临床心理学以及社会人类学。新成立的社会关系系位于哈佛大学的艾默生大楼里。一开始帕森斯希望这个新的院系取名为“人类关系”系（the Department of Human Relations），却遭到了教师会的反对，原因有两个，首先这一名称已为当时耶鲁大学所采用，其次与会的历史系、经济学系等院系代表认为“人”是他们研究的对象，新系起码在名义上不能侵犯他们的“领地”。经过一番讨论，最后决定采用“社会关系系”这个名称。[29]