冬季的到来以及叛乱

到3月底时，南半球的冬天要来了。麦哲伦率领他的舰队到达了一个小港口，他将那里命名为圣朱利安港，此港在今天的阿根廷南部。他将所有人员聚集起来，并宣布他们将要在那里逗留5个月来过冬，并将他们的口粮供给削减一半。这一命令激怒了许多人，尤其是西班牙船长，于是他们在4月1日晚上演了一场叛乱。他们占领了“圣安东尼奥号”，杀死了麦哲伦的朋友，即葡萄牙船长；并让胡安·德·卡塔赫纳（之前被麦哲伦用镣铐铐起来）掌管“圣安东尼奥号”。当麦哲伦醒来时，发现只有“特立尼达号”和“圣地亚哥号”在自己控制之中，这是由于“圣地亚哥号”的船长若昂·塞劳是他哥哥的朋友。

麦哲伦凭着倔强的勇气和胆量，开始反击。他派5名船员划长船去给造反的船长们送去密信，同意与他们谈判。当一位造反船长打开信函时，麦哲伦的一位船员迅速将他刺死。忠于麦哲伦的水手们很快俘获了其他船只。造反的船长被处死并被分尸，卡塔赫纳也被丢弃在这个荒凉偏僻的岸边。春天，舰队又起航了。从此没人再见过卡塔赫纳。

麦哲伦宣布处死其他40名造反者，但后来又饶恕了他们，以赢得他们的感恩，不过其中还有不满者。随着冬天的到来，麦哲伦探索着这个宽阔平坦又冰冷、被称为巴塔哥尼亚的岛屿。因为生活在此处的特维尔切族印第安人脚非常大，穿着厚皮制的巨鞋，靠吃稻草来充饥（“巴塔哥”在葡萄牙语中意为“大而笨重的脚”）。事实上，这些印第安人令皮加费塔和其他欧洲人着迷。当他们见到第一个印第安人时，那个人“像巨人一样高大，边唱边跳，还往头上洒尘土”。麦哲伦下令将那个印第安人带上来。当那个人走近时，他“感到非常吃惊，举起手指做了一个手势，相信[这些欧洲人]来自天上”。据说他非常高大，欧洲人的头都不及他的腰部。据皮加费塔说，这个非凡的巨人有着“一张大大的脸，脸上画满黄漆，脸颊上画着两个心形，（而且）头发都被染白了”。

欧洲人对巴塔哥尼亚的风俗非常着迷。皮加费塔写道，“当巴塔哥尼亚人胃不舒服，想要呕吐时，他们将一个箭头插进喉咙大概有两个多手掌那么深，然后开始向外吐混着血的绿色物”，我们几乎可以想象得到皮加费塔模仿巴塔哥尼亚人的怪相。欧洲水手们并不满足于只是观察这些巨人，他们还试图俘获一些巴塔哥尼亚人，最终抓到了两个。“他们开始像公牛一样喘气，吐着白沫”。这两个巨人被监禁在一艘船上，没熬过这年就奄奄一息了。在那个可怕的冬天，麦哲伦派他的朋友若昂·塞劳进行了最后一次探险。若昂·塞劳率领“圣地亚哥号”南行，却遇到了暴风雨，船在100千米（70英里）以外的地方失事。除了一位遇难船员以外，若昂·塞劳和其他船员都安全回到岸上。但他们返回麦哲伦营地的艰苦跋涉过程，却从未出现在历史史诗中。