一、学术思想
（一）审病求证，证病结合，整体辨治，中西结合
吴正翔临床诊治主张以辨证与辨病相结合为主线，既要辨病又要辨证。只有病、证合参，相须相应，才能选用适当方药，则治无不效。吴氏认为，古之人辨病，介于历史条件的局限，并不完整全面，若结合西医学之检查方法，那么对疾病之辨认、诊断则更为精确。同时当西医检查确实有病，而患者无证或仅有轻微之证候，中医辨证、辨病均感棘手，此时必须结合西医学的实验室、影像学等诊断。辨病与辨证之要旨在于求“本”，即分析主要矛盾及矛盾的主要方面。提倡以中医为主，西医为辅，两者有机结合，则有利于临床明确诊断，防止误诊、漏诊。结合西医学的诊查方法，补充、完善中医的辨证论治，从而启发治疗思路，丰富治疗方法。
中医血液病学是在继承与发掘历代医家有关血气病证的中医理论及临床经验，并联系现代血液学的基础理论和临床研究的基础上而形成和发展的。因此，中医血液病证与现代血液学的疾病是密切联系在一起的。现代中医血液病临床，多在引用现代血液学的诊断手段、诊断标准的基础上，辨证施治。比如贫血为临床常见症状之一，在中医临证中，亦借助现代血液学的诊断标准，先审为缺铁性贫血，或为再生障碍性贫血，或为溶血性贫血等疾病，再根据中医的理论和临床经验，辨证施治。审病求证，充分运用现代科学技术，使中医药学更有效地发挥作用。
（二）辨病以标本缓急为要，伤寒辨六经，温病分气血
临床实践中，吴正翔认为辨病以标本缓急为要，注重气血津液，强调以辨明脏腑病证的部位为血液病辨证施治的核心，重变证，急则治标，在血液病的治疗过程中，常常发生发热、出血、贫血、头痛及恶心呕吐等各种变证，且来势凶猛，病情危急，如处理不当或不及时，将会影响疗效，甚至造成死亡。这就要求我们必须分清证候的标本缓急，“急则治其标，缓则治其本”。如化疗后出现高热或出血，当先给予清热解毒凉血治疗以治其“标”；待出血已止，高热退后再宜治其“本”，或益气养血，或滋补肝肾等，这样才会收到事半功倍的疗效。血液病离不开气血津液，由于气血津液都是脏腑功能活动的物质基础，而它们的生成及运行又有赖于脏腑的功能活动。因此，在病理上，脏腑发生病变，可以影响到气血津液的变化，而气血津液的病变，也必然要影响到脏腑的功能。所以，气血津液的盛衰，可以反映脏腑功能的状态，也必然会影响到脏腑的功能。与血液相关的脏腑多为脾、肝、肾，脾主运化和输布水谷精微，生血而统血；肝主疏泄且藏血，贮藏和调节血液；肾藏精，主生长、发育和生殖，精生髓，精血同源。故吴正翔治疗血液的病变离不开脾、肝、肾三脏。
在对外感热病的辨证中，吴氏必取伤寒辨六经与温病辨卫气营血及其主治方药的综合运用，立法注重扶正祛邪，攻补兼施。吴氏治疗血液病患者并发外感热病者，将伤寒与温病认识有机地结合，兼收并蓄，取长补短，相互为用，在临床实践中表现了自己独特的风格。比如，在论治伤寒类疾病方面，他总是根据伤寒邪从外来，循六经传变规律，辨别其夹杂情况，随机应变，施以适当治法。对于温病的治疗，则于临证中详细辨析证属风温或是湿温。在辨证施治上，吴氏采用伤寒辨六经与温病辨卫气营血相结合的办法，在方药上强调在主治血液病的方药基础上灵活应用治疗外感热病的经方与时方，扶正祛邪，攻补兼施，在血液病重病危象又复感风寒外邪之时也有较好的治疗切入点。
（三）脾肾为本，同治“先天”与“后天”
中医血液病证与气血密切相关，气血之成始于先天之精，肾为先天之本，主骨生髓而藏精化血，脾为后天之本，主运化，乃气血化生之源；脾与肾为先天和后天之本，两者相互依赖、相互促进。肾精要依赖脾的运化、滋生营养补充才能化源无穷，生生不息；而脾之健运须依赖于肾阳的温煦方能实现。临证中较为常见的血虚之证，多因先天禀赋薄弱、体质不强易受病邪损伤，或脾胃虚弱、营血化生不足有关。治则为“虚则补之”，偏重补益脾肾，以顾其本；偏阳虚者，健脾温肾，可拟参苓白术散合右归丸加减，酌情选用如鹿角胶、制附片、巴戟天、仙茅、淫羊藿等温肾振阳药；偏阴虚者，则以滋阴补血为主，方选参芪四物汤合左归丸加减，可重用生地、熟地、龟甲、阿胶、紫河车等，填精益髓。
血液病证多因气血亏虚、卫外不固，故血液病证的患者，常易合并外感。治疗则常予疏风解表的同时，要依据对患者体质的辨证，扶正祛邪，标本兼治。气虚阴伤的血液病证患者合并感冒，多在辅以益气养阴的基础上，再选用相应的疏风解表方药。如合并风温感冒，选用桑菊饮、银翘散等，加四季青、大青叶、蒲公英、黄芩等增强祛风解毒之力；对合并风寒感冒则多选用荆防败毒散、杏苏散等加减。血液病另一常见的病证是血证，多因气虚阴伤，气不摄血，或阴虚内热、虚火内扰、迫血妄行。轻者症见皮肤黏膜瘀点瘀斑，重者齿鼻出血色鲜不止，甚则黑便血尿、颅内出血，危及生命。对急症、危症患者，常需中西医结合，抢救治疗；中、轻证慢性血证患者，以气虚阴伤多见。临证中，根据病证，在重用益气或滋阴方药的基础上，选用凉血止血，收敛止血，或活血止血法。如常用清热凉血安营法，在知柏地黄汤滋阴降火的基础上加减，药用水牛角、生地、牡丹皮、当归、芍药等凉血安营，或辅以羊蹄根、白茅根、生茜草等凉血止血。
（四）“因证论效”与“以病论效”
对于疗效的评价，吴正翔主张“因证论效”与“以病论效”结合才是作为血液病中医疗效评价的客观途径。“因证论效”与“以病论效”是两种不同的药效学原理，舍西医之“病”从中医之“证”，或舍“因证从效”，从“以病论效”，都是偏激的，是违背中医药本旨的。他指出，按照“以病论效”原理来研究中药和方剂，可以开发中药和方剂的新的治疗领域，发挥更广泛的作用，有利于走向世界，这是好的一面。但是，中医药几千年形成的与辨证论治相统一的“因证论效”是更基本的方面，包含着更深刻的机制和规律，具有更高的临床价值和科学价值。所以必须两者结合起来才能作为评价中医疗效的最为客观的途径，不可偏废。
吴正翔遣方用药长于灵活变通，根据其丰富的临床经验，吴氏先后提出了温肾健脾益髓法治疗重型再生障碍性贫血；清肝化瘀法治疗慢性粒细胞性白血病（慢性活动期）；清营解毒法治疗急性白血病；消瘀散积法治疗恶性淋巴瘤；滋养肝肾、宁络止血法治疗特发性血小板减少性紫癜；健脾补肾养肝法治疗骨髓增生异常综合征等学术观点，有很高的临床应用的价值，部分疗效机制已获实验证实。