一、与业师柯劭忞

余嘉锡中举后，拜主考官、翰林院编修侍读柯劭忞为师。柯劭忞，字凤荪，号蓼园，凭《新元史》获日本东京帝国大学文学博士。民国期间，曾担任清史馆总纂兼代馆长。余嘉锡居北京期间，时常携友人拜访柯劭忞。如杨树达《积微翁回忆录》就记载，其曾与余嘉锡合宴柯劭忞于莼园。[40] 1933年10月柯劭忞去世，余嘉锡担任丧礼主祭。柯、余两人在治学方向上多有不同，师承关系并不明显。柯劭忞主治元史、经学，余嘉锡则专注于目录学与古文献学。但两人治学上也有些共通之处。

第一，对章学诚与刘知几的评价。新派学人诸如梁启超、胡适等皆极推崇章学诚的《文史通义》，受此影响，弟子牟润孙曾向柯氏请教：“讲史学，是不是应当以章实斋之说为准绳？”柯不以为然，认为章学诚很多地方都讲错了。与贬章不同，柯氏极力推崇刘知几的《史通》。[41]似乎是受到柯氏影响，余嘉锡不仅对章学诚的目录学思想有所批评，更对章氏讲史学颇致意不满，并“鄙薄郑樵、章学诚考证粗疏，甚轻易之”[42]。其《书章实斋遗书后》中说：“章实斋《文史通义》深思卓识，固有过人之处，所惜读书未博，故立言不能无失。”又说，“然性既健忘，又自视太高，除创通大义数十条外，他皆非所措意，征文考献，辄所谬误。《文史通义》内篇，是其平生精力所注，又每一篇成，辄就正通人，相与商榷改定，故引证尚无大失。然考核不免粗疏，持论时近偏僻。外篇及文集，气矜弥甚，其失弥多，持较内篇，抑又不逮。”又，章学诚认为唐仲友与朱子不和，因此元人修《宋史》不为仲友立传，章氏进而批评宋濂修《元史》不为仲友作补传。余嘉锡认为，章学诚“为仲友于《元史》中补传，其说至不可通，与儿童之见无以异”，“章氏所论史法，虽或乖僻不情，然尚言之成理，未有如此节荒谬之甚者！真苏东坡所谓‘村学究饮白酒，吃瘴死牛肉，醉饱后所发也。’如此而讲史法，不如不讲之为愈矣”。余嘉锡不仅对章氏讲史学有所批评，对其考证更深为讥讽：“实斋自命甚高，欲为方志开山之祖，史家不祧之宗，班、范而下，皆遭指摘，自谓‘卑论仲任，俯视子玄’。而乃不知李延寿为何人之子，唐明宗为何朝之帝，以演义为三国志，以长编为宋末书，荒疏至此，殊非意料所及者矣。其他纰缪之处，尚不可胜数。然或事理必待考证而后明，典故必须检寻而后得者，既非实斋之所长，吾固不欲苛责之矣。”[43]因此之故，在《四库提要辨证》中，余氏遍引群集，却鲜见章学诚之文。与其师柯劭忞赞同刘知几相类似，余嘉锡在《四库提要辨证》中对刘知几多有征引，推崇有加。

第二，两人皆主持平汉宋学术之间。柯劭忞讲学，开宗明义说：“吾人治学，当讲宋人之义理，清人之考据，不可学阮元（芸台）。阮氏全讲错了。”[44]阮元追随戴震，标榜训诂明则义理明，攻击宋儒不讲训诂。但柯氏认为，戴震攻击宋儒，说宋儒不讲训诂之学，义理也不正确，实则是借反对宋儒来反对雍正、乾隆以理学来统治人民。以柯劭忞看来，戴震所说的“以理杀人”不是指宋儒，实际是指当朝皇帝。而阮元笃信戴震，专心致志于训诂之学去讲求义理，作了《性命古训》等文章。[45]与柯劭忞持平于汉学与宋学相同，余嘉锡对纪昀等四库馆臣诋毁宋儒也多有批评。《四库提要辨证·序》中即说：“纪氏……自名汉学，深恶性理，遂峻词丑诋，攻击宋儒，而不肯细读其书。”[46]在《四库提要辨证》书中，余嘉锡对四库馆臣攻击宋儒之处多有辨证。如《四库全书总目》云《庆元党禁》无杨万里之名，是讲学家不欲引之为气类，余嘉锡考辨后得出结论则是杨万里于孝宗时乞祠不复出，并无因党禁罢官之事，[47]批评四库馆臣诋毁宋代道学家，而不考情事之言。[48]更为可贵的是，治学秉承乾嘉考据学术而来的余嘉锡，对乾嘉汉学巨擘戴震的学术品格提出了尖锐批评。[49]余嘉锡虽以考据学名家，但对汉学流弊深恶痛绝；亦尊宋儒，为之正名不遗余力。

第三，两人治学领域也有相同。柯劭忞曾说：“我的门人中有两人致力于《四库提要》。”[50]一个是胡玉缙，另一个就是余嘉锡。余嘉锡毕一生之功于《四库提要辨证》，而《续四库提要·经部》易类的提要多出于柯劭忞之手。《续四库提要》由日本东方文化事业委员会发起，利用日本退还我国的庚子赔款作为经费，由日本人桥川时雄主办。柯劭忞与吴承仕等人负责易类提要的撰著及整理。从台湾商务印书馆发行的《续修四库全书提要》易类提要看，其有署名者皆为柯劭忞所作，占易类提要绝大部分。