域外汉籍的发现及与其相关的学术成果
余嘉锡在考辨《总目》的时候也时常借用域外汉籍文献资料。中国古籍不仅在本土流传，很多书籍还以各种方式传播到了日本、朝鲜、越南等东亚国家，流传到海外的书籍，有些在中国国内已经亡佚，却在其他国家得以保存。这些书籍随着晚清时期东亚交流的频繁，逐渐又回流到国内，成为国内学术研究的重要新发现。其中以黎庶昌、杨守敬刊刻的《古逸丛书》最有代表。
1881年，黎庶昌以道员身份出任驻日大臣。在任期间，他与杨守敬搜访了大量见存于日本国而在中国国内却已经亡佚的善本古书。1882年将所得善本书合刻，告成于1884年，“以其多古本逸编，命之曰《古逸丛书》”[41]。《古逸丛书》共收书26种，计200卷，多为唐、宋、元、明时期的善本古籍，除此之外，还收入日本人藤原佐世《日本国见在书目》。《古逸丛书》传入国内之后，备受学界推崇，朝中显要、学界名流，皆为之惊叹。余嘉锡在考辨《四库全书总目》之时，时常对该丛书加以征引。如《古逸丛书》中有影宋本《太平寰宇记》补缺五卷半，陈运溶诋为伪作，叶德辉从而附和之。余嘉锡则认为：“不知宋刻原本，今尚存日本图书寮中，吾国人游彼都者，皆尝见之，非杨氏（杨守敬）所能杜撰，亦非彼国人所能伪作也。”[42]
《古逸丛书》中所收录《日本国见在书目》，为藤原佐世于宽平年间（889—897年）奉敕编纂而成，该书反映了唐代时期，日本所藏中国典籍的情况。该书随着《古逸丛书》的刊刻而流入中国。余嘉锡在考辨时尝引用该书，如关于《山海经》以及《汉武帝内传》等条目。在考辨《汉武帝内传》条时，余嘉锡云：“日本人藤原佐世《见在书目》杂传内，有《汉武内传》二卷，注云‘葛洪撰’。佐世书著于中国唐昭宗时，是必唐以前目录书有题葛洪撰者，乃得据以著录。”[43]在《山海经》辨证条下，余嘉锡引《日本国见在书目》，以考辨《山海经》的版本情况。[44]
中国学者在日本的访书目录，也为余嘉锡的研究提供了极大的资料上的便利，最具代表性的著作莫如杨守敬的《日本访书志》。《日本访书志》是杨守敬在日本搜访善本古籍时所作的提要目录。《日本访书志》对所记录之书，能做到详述版本并评判其优劣，在此基础上，订正前人的讹误并能指出以往目录版本之书在著录上的失误。如杨守敬在该书中，多次指出《四库全书总目》的缺失以及谬误。举例以说明：
《四库全书总目》之《证类本草提要》云：
今行于世者，亦有两本。一为明万历丁丑翻刻元大德壬寅宗文书院本。前有大观二年仁和县尉艾晟序，称其书三十一卷，目录一卷。集贤孙公得其本而善之，命官校正镂板以广其传。……一为明成化戊子翻刻金泰和甲子晦明轩本。前有宋政和六年提举医学曹孝忠序，称钦奉玉音使臣杨戬总工刊写，继又命孝忠校正润色之，其改称《政和本草》，盖由于此，实一书也。……大德中所刻大观本，作三十一卷，与艾晟所言合。泰和中所刻政和本，则以第三十一卷移于三十卷之前，合为一卷，已非大观之旧。又有大定己酉麻革序及刘祈跋，并称平阳张存惠增入寇宗奭《本草衍义》，则益非慎微之旧。然考大德所刻大观本，亦增入宗奭《衍义》，与泰和本同。盖元代重刻，又从金本录入也。[45]
杨守敬《日本访书志》卷九云：
《经史证类大观本草》三十一卷，元大德壬寅刻本，不附寇宗奭《本草衍义》，避孝宗嫌名，盖原于宋刻，为慎微原书。按此书有两本，一名《大观本草》三十一卷，艾晟所序，刻于大观二年者，即此本也。一名《政和本草》三十卷，政和六年曹孝忠奉赦校刊者。二本皆不附入寇氏《衍义》。至元初，平阳张存惠重刻政和本，始增入《衍义》及药有异名者，著于目录之下。至明万历丁丑，宣城王大献始以成化重刻政和之本，依其家所藏宗文书院大观本之篇题，合二本为一书。卷末有王大献后序，自记甚明，并去政和本诸序跋，独留大观艾晟序及宗文书院本记。按其名则大观，考其书则政和，无知妄作，莫此为甚。《提要》所称大德本，及钱竹汀所录，皆是此种。《提要》见此本亦增《衍义》，遂谓元代重刻，又从金本录入，而不知大德原本并无《衍义》也。大观政和两本，糅杂不清，前人未见古本，多不能分别，故为之详疏如此。[46]
又如杨守敬跋旧抄本《补注蒙求》一篇，专驳《四库全书总目》之《蒙求集注》提要之误。[47]不一一列举于此。
余嘉锡一方面引用杨守敬驳斥《总目》的文字，一方面则引用杨守敬的访书记载来考辨《总目》。如《韵府群玉》条、《演繁露》条、《酉阳杂俎》条辨证等皆引杨守敬《日本访书志》来加强论证。[48]
此外，其他学者如罗振玉、董康等人的海外访书活动，都对余嘉锡有所影响。如其在考辨《博异记》时，便引证董康《书舶庸谈》，余嘉锡云：“顷见近人董康《书舶庸谈》卷八下，载其在日本所得明刻本《剪灯丛话》之目录。”[49]
域外学者的汉籍研究成果，也为余嘉锡考辨《四库全书总目》时所吸收，如《经籍访古志》。《经籍访古志》是日本江户时期，由森立之等人撰写的一部汉籍文献目录学著作，晚清时期在杨守敬等中国学者的协助下刻版并传入中国，在晚清中国学界产生了一定的影响。余嘉锡对此书也多曾引用。如《蒙求集注》条辨证、《临川集》条辨证皆援引森立之《经籍访古志》。
以《蒙求集注》条辨证为例，余嘉锡云：“日本元化中天瀑山人林述斋（述斋名衡，官大教头，见彼国人内藤虎次郎所撰《宋椠单本尚书正义解题》）所刊《佚存丛书》第四帙，有古本《蒙求》三卷，首有天宝五年饶州刺史李良荐《蒙求表》，赵郡李华《蒙求序》，题唐安平李瀚撰注。又森立之等《经籍访古志》卷五、杨守敬《日本访书志》卷十一各著录旧钞书刻本《蒙求》数种……自《佚存丛书》传入中国，而后得见李翰原注，然其所刻亦删改本也。至光绪初，杨守敬至日本，始得古钞本《蒙求》一卷，为李翰原注本。”[50]余嘉锡不仅参考了《经籍访古志》，更有林述斋刊刻的《佚存丛书》以及杨守敬的《日本访书志》等，对域外发现的材料与相关研究成果综合使用。
除日本外，余嘉锡也重视对朝鲜人著作的参考。如《唐阙史》辨证，余嘉锡便引用新罗人崔致远的《桂苑笔耕集》。“《桂苑笔耕集》中土久佚，道光时始由朝鲜流入中国，修《四库》书时所未见也。”[51]
余嘉锡更重视晚清民国时期海外学者的汉籍研究成果，如余嘉锡《小勤有堂杂钞》中便抄录有法国学者沙畹的《纸未发明前之中国书》以及日本学者井村瓒次郎的《历代典籍存亡聚散考》，这些成果都被余嘉锡所充分吸收和借鉴。
《四库全书总目》成书之后，也流传至日本，日本学者对《总目》之失误也有所驳斥，成为余嘉锡可以借鉴的成果。余嘉锡在《四库提要辨证》中多次征引日人岛田翰的著作。如《四库全书总目》之《淮南子》提要云：“高诱序言此书大较归之于道，号曰《鸿烈》，故《旧唐志》有何诱《淮南鸿烈音》一卷。”[52] 《总目》关于《旧唐书》有何诱《鸿烈音》二卷的说法，遭到了岛田翰的驳斥，岛田翰在《古文书旧考》卷四中云：“《四库提要》及庄逵吉并云《旧唐志》（《旧唐书·经籍志》）有何诱《鸿烈音》，庄氏则云刘昫云何诱，不得改称高诱，欧阳不精考古，以名字相涉而乱之。今案《旧唐书》之存于今者，惟明嘉靖闻人诠本最古，今检其书，正作高诱，不作何诱。且欧公在宋，当时其书犹存，尚当逮见之，而曰高诱，则作高诱者是也。《提要》、庄氏皆见万历粗刻本，误高作何，附会之耳，不得执此以议欧公矣。”[53]这些都为余嘉锡所征引。