余嘉锡以考据学名家，体现出了立足考据学的治史方法。但余嘉锡却反对清代以及民国时期的考据学者贬低宋学，并提出“清儒之学不胜宋儒”的说法，推崇宋代理学与史学。在《四库提要辨证》中，余嘉锡便言：“有清一代汉学家之攻击宋学者，其持论率如此，而以《四库提要》为之赤帜。”[160]因此之故，余氏对四库馆臣攻击宋儒之处进行驳斥辨证，认为四库馆臣诋毁道学家，而不考情事之言。[161]
