晚清以来学者对《四库全书总目》的研究
（一）不敢驳《四库全书总目》之说法
对于《四库全书总目》中的谬误和失当，清代学者已经有所认识，但因为这是皇朝钦定之书，无人敢公开提出异议。“乾、嘉诸儒于《四库总目》不敢置一词，间有不满，微文讥刺而已。”[19] “一二通儒心知其谬，而未肯尽言，世人莫能深考，论学著书，无不引以为据，《提要》所是者是之，非者非之，并为一谈，牢不可破，鲜有能自出意见者。”[20]甚至有学者对《总目》的失误曲为之辩解。如李慈铭便在《言行录》版本问题上为《总目》的说法辩解，余嘉锡说：“李慈铭《荀学斋日记》又故作翻案，曲为纪氏解免，谓《言行录》传刻者多，众本杂出，《四库》所收，或非足本。今既知阁本之与刻本无大异同，不知李氏而在，当复何说之辞？”[21]
即使有匡谬者，也是隐于背后，“或写在藏书志里，或写在读书记里，也有写在笔记、日记、文集里面”。这些论述“对具体的问题提出正面的意见，虽不标明与《四库提要》较量短长，事实上是对《提要》做了不少匡谬、补缺的工作……可惜这些资料分散在群书中，一一检读，固然非常费力；若要临时查核《提要》中某一书的论述是否正确，或有无不同的说法，那就更为困难了”。[22]
如《总目》认为晋代的郭琦为“始终亮节之士”，故批评《晋书》没有为郭琦立传。《总目》之说法当是沿用了邵晋涵《晋书提要》稿。但实际上，《晋书》卷九十四《隐逸传》之第九即为郭琦。邵晋涵失之不考，《总目》也承邵晋涵之失误。叶廷琯在《吹纲录》卷一中敢于指正邵晋涵的错误，却不敢提及官修《四库全书总目》之失。[23]
如《四库全书总目》言《异域录》作者图里琛仕履时，认为图里琛“官至兵部职方司郎中”。何秋涛在《朔方备乘》卷四十三《考订异域录叙》中言图里琛之仕履，引用了《四库全书总目》，但何秋涛明知《四库全书总目》中对图里琛的仕履记载有所失误，却不敢明言指出，故何秋涛言：“图理琛事迹世罕知者，或以为官止郎中，或以为官至尚书，皆非也。”[24]兵部职方司郎中是图里琛呈上《异域录》时的职官，而并非图里琛的最终职官。何秋涛知《总目》考证不详，却因《总目》的官书性质而不敢直言其失误。“盖《朔方备乘》乃经进之书，故其措词不敢迳驳官书也。”[25]
《河岳英灵集》提要云：“是集……姓名之下，各著品题，仿钟嵘《诗品》之体，虽不显分次第，然篇数无多而厘为上中下卷，其人又不甚叙时代，毋亦隐寓钟嵘三品之意乎？”[26]黄丕烈在《荛圃藏书题识》卷十云：“《河岳英灵集》二卷……近人撰集书目，仅据俗本分卷之三，而为之说曰，推测其意，似以三卷分上中下三品，奚啻痴人说梦。”[27]黄丕烈所批评者即是《总目》，但也不敢直言其非。
（二）众学者对《总目》的考辨
晚清以来，许多学者开始在文章中直接指出《总目》之失，并没有因为《总目》为官撰之书，而有所隐晦。如徐时栋在《烟屿楼读书志》卷十六中即云：“大抵官书至于巨帙，必多谬误，况官书出自众手，尤不能无所抵牾。故《四库总目》附存目二百卷，精博者固不胜计，舛错者亦时有之。”[28]许瀚、徐时栋、王荣商、王国维、李慈铭、文廷式、张文虎、劳格、杨守敬、沈濂、黄廷鉴、陈铭珪、钱仪吉、陆心源、莫友芝、黄遵宪、俞正燮、成蓉镜等学者，都对《总目》的谬误有所纠正。这些人的考辨，对余嘉锡的《四库提要辨证》的创作，做了极好的铺垫。
如晁公武在《郡斋读书志》中以《宣和博古图》为王楚所撰，《四库全书总目》依钱曾之说立言，云：“则是书实王黼撰，‘楚’字为传写之讹矣。”[29] 《总目》的说法遭到了许瀚的驳斥，许瀚《攀古小庐杂著》卷三专立《读四库全书提要志疑》，驳斥《总目》之失，针对《总目》此条失误，许瀚批评道：“《博古图》提要云，是书实王黼撰，楚字为传写之讹。瀚谨案，此盖黼字讹，非楚字讹也……晁公武《读书志》成于绍兴二十二年，上距大观、政和才四十余年，其于本书既题王楚集，又于薛尚功《钟鼎篆韵》云政和中王楚所集亦不过数千字，岂书出于黼而公武不知，顾一再称楚不已耶？”[30]
《鼠璞》提要云：“宋戴埴撰。埴字仲培，桃源人。仕履无考。”[31]《总目》作者以戴埴为桃源县人，并认为其仕履无法详细考证。这种说法被王荣商所驳斥。在《容膝轩文稿》卷四《书鼠璞后》中，王荣商认为：“是书（《鼠璞》）刻左圭《百川学海》中，题曰桃源戴埴仲培父。《四库提要》以桃源为县名，故不详其仕履……乃知桃源为鄞之乡名，非县名也。”[32]
《诚斋挥麈录》提要云：“旧本题宋杨万里撰，左圭收入《百川学海》中。今检其文，实从王明清《挥麈录话》内摘出数十条，别题此名。凡明清自称其名者，俱改作万里字，盖坊刻赝本，自宋已然。”[33]王国维《观堂外集·庚辛之间读书记》云：“《挥麈录》二卷，刊于左圭《百川学海》第二集，题杨万里撰。《四库全书提要》谓其文全从王明清《挥麈录话》内摘出数十条，别题此名。……余谓此书似即《挥麈前录》之初稿，其题诚斋撰固误，然谓摘钞为之，则不尽然……则此书殆明清初稿，而误题诚斋之名，非从《挥麈前录》四卷中摘出为之者。”[34]
《总目》认为《神僧传》书成于元仁宗以后。李慈铭《荀学斋日记》壬集下云：“明椠《神僧传》首有序一叶，前题《御制神僧传序》，末题永乐十五年正月初六日。《四库提要》未见此序，以其第九卷终于元帝师瞻巴，故疑元仁宗时人所为也。”[35]