制法者和史家
经史问题是今古文之争的关键。在今文家看来，六经为孔子所作，乃是因为孔子有德无位，因此与其垂之空文，不如见诸史料来阐明治国之道。在这些经典尤其是《春秋》中，所呈现的是孔子为汉乃至为万世所制之法。康有为认为《春秋》是孔子为改制而作，其意志来自天意，“孔子之创制立义，皆起自天数。盖天不能言，使孔子代发之。故孔子之言，非孔子言也，天之言也。孔子之制与义，非孔子也，天之制与义也”[61]。孔子作为一个“制法者”，通过对公羊的“三统三世”的阐释，预先为不同的历史阶段确立了不同的制度体系。在某种程度上，康有为认为他是孔子口说在这个时代的宣示者，他意识到这是一个新的时代，需要改制，从而建立起符合升平世之时代要求的新制度。
康有为的托古改制说，是通过认定了《左传》等古文经为刘歆伪造的《新学伪经考》来呈现的，前文已述，这引发了巨大的社会震动。而章太炎在摆脱维新派的思想影响后，在外在形态上看，则是重回经学的古今之争中，但实际上，章太炎吸收了西方文明史的观念，对“事实”的强调也明显地渗透了“近代科学”的态度，从而确立了经史关系的新维度。
在1900年发表的《征信论》一文中，其上篇主要是关于何为“历史事实”的方法论研究。他区分了“习俗”和“事状”。这里所谓的“习俗”相当于事物发展的趋势，这是可以通过“推校”而得到结论的。而“事状”即为对一个事件的具体细节的描述，就必须通过官方记录和私人的回忆对照，尽量多地占有资料。《征信论》下则讨论历史发展过程中的因果关系，并以此来批评公羊学的三统论和三世说。“三统迭起，不能如循环；三世渐进，不能如推毂；心颂变异，诚有成型无有哉？世人欲以成型定之，此则古今之事，得以布算而知，虽燔炊史志犹可。”[62]这段话实质上是针对康有为的三世说而发的。康有为改造公羊三世说，而提出的据乱、升平、太平的三世，目的是要为他引入西方的政治制度的维新变法提供依据，而这实质上会产生对历史发展的“机械性”的理解，这也为章太炎逐渐形成的民族革命说提供了思想支持。
在1902年《尊史》中，章太炎提出了“文明史”的观点，他说：“非通于物化，知万物之皆出于几，小大无章，则弗能为文明史。”[63]在章太炎看来，以往的历史著作，主要关注政治社会，对于器物的制作和发展的“工艺”却缺少关注。因此他十分关注《世本》中的《作篇》。他说，在我们现在看起来的一器一物，都是古人从一件件单独的发明综合而成的，因此关注文明的发展就需要更为长的时间跨度，而不是公羊家的三世所能囊括的。“世儒或憙言三世，以明进化。察《公羊》所说，则据乱、升平、太平，于一代而已矣。礼俗革变，械器迁讹，诚弗能一代尽之。”[64]而且，不同的地域，器物的形成和发展状况多有差异，很难用单一的标准来衡量。
1906年，在《与王鹤鸣书》中，针对王鹤鸣所说的，从通经致用的角度，古文不如今文，朱陆比不上颜李，章太炎回应说，如果从实践效用的角度看，经典的价值甚至比不上法吏，因此，学者的使命在于“实事求是”。他说：“近世翁同龢、潘祖荫之徒，学不覃思，徒捃抚《公羊》以为奇觚，金石刻画，厚自光宠，然尚不敢言致用。康有为善附会，媚以拨乱之说，又外窃颜、李为名高，海内始彬彬向风，其实自欺。”[65]翁同龢等人自己并不一定推崇公羊学，因为他们将康有为推荐给光绪，被章太炎顺带骂进去。而章太炎想说的是，康有为附会公羊学，以三世说来推动社会变革，引导了社会风尚，而实际上则仅是附会而已。
1910年章太炎写作《信史》。《信史上》采用答问的方式，来延续经学的事实面和价值面的紧张。问者认为，如果就记事而言，司马迁和班固都要优于孔子，所以说经典的意义在于讬之经来传达价值。因为经典不完整或为秦火所毁，因而也会借助纬书来补充。章太炎说，微言虽立意造端与一般文字不同，但并非如方士之神符不可解读，反倒是用以补充经的那些纬书更为难解。章太炎认为既然经典毁于秦火，为何那些纬书能独存，而今文一般都有明确的师承，纬书的“师法”何在呢？可见纬书乃后人假托。(https://www.daowen.com)
章太炎认为，今文家指斥《左氏春秋》和《周官》是刘歆伪造的，那为什么不将之理解为刘歆也是借助这些著作来传达圣人之法呢？
章太炎以宋翔凤解《论语》为例，认为其中多有附会，破析文义。他发挥说，古代的经典多有断章不可解之处，应该通过各种地下文物和其他文献来参证，以尽量接近事实本身。公羊家利用谶纬穿凿难以辨别人事变迁。我们知道宋翔凤和刘逢禄既为晚清公羊学之大宗，也是康有为之学脉所承，章太炎之攻击宋翔凤自可收隔山打牛之效果。
《信史下》的重点在批评三统、三世。三统说认为夏尚忠、殷尚质、周尚文。章太炎说，现代的进化论认为社会是一个不断进化的过程，并不会呈现循环。从器物发展的角度来看，人类的制造工艺只可能越来越精微，虽然欣赏趣味上可能会转换，但工艺水准不会倒退。在章太炎看来，对历史的考察需要以更为长时段作为基准，不能以数百年的政治社会发展作为背景来做出判断。这事实上也是反对以夏商周的政治变迁来为三统说做依据。
章太炎秉承章学诚的六经皆史说而加以折中阐发。1910年《教育今语杂志》刊载章太炎的白话文演讲《经的大意》，他说经最初是指官书，但后来逐渐诸子所作之书也可以称为经。再后来，孔子删定的六本书成为经，这倒并非说其他的书没用，只是重要性产生了差异。历代以来对六经的本质认识不清，直到章学诚提出“六经皆史”才拨开乌云见青天。他说：“《尚书》《春秋》固然是史，《诗经》也记王朝列国的政治，《礼》《乐》都是周朝的法制，这不是史，又是甚么东西？惟有《易经》似乎与史不大相关，殊不知道，《周礼》有个太卜的官，是掌《周易》的，《易经》原是卜筮的书。古来太史和卜筮测天的官，都算一类，所以《易经》也是史。古人的史，范围甚大，和近来的史部有点不同，并不能把现在的史部，硬去分派古人。这样看来，六经都是古史。所以汉朝刘歆作《七略》，一切记事的史，都归入春秋家。可见经外并没有史，经就是古人的史，史就是后世的经。”[66]
他在《国故论衡》的《原经》中，认为六经并非皆为孔子所作，而《春秋》也并非“为汉制法”。在他看来，春秋二百四十二年不足以尽人事之变，而《春秋》的《公羊》《榖梁》为说各异，“是则为汉制惑，非制法也”。之所以近世的公羊家继续强调制法，是因为要自比于汉代的博士，走企图以经术获得官职的老路。
国家之有凝聚力，在于其拥有悠久的历史。不敢毁弃的旧章，就是孔子所记载的历史。章太炎说，今文家想尊崇孔子，却并不知道孔子真正伟大之处是因为他是一个“史家”而非“制法家”，说到制法者，那么百代皆行秦制度，还不如说李斯是为后世制法。[67]所以，陈壁生清楚地点出章太炎与其前的郑玄、章学诚不同，不在于他们都将六经看成“史”（官书），而在于他们对 “史”（官书）的态度。他说：“郑玄将六经视为‘法’，旨在使六经之法贯通而为一圆融整体，可以继续求致太平之迹。章学诚将六经视为‘史’（官书、政典），旨在阐明‘官师合一’，使人重当世时王政典，考求古经新用。而章太炎不但视六经为‘史’（官书、政典），更重要的是，以‘历史’的眼光、态度来看待六经，因此，六经一变而成为‘上世社会’的实录。在这一意义上，章氏之六经，已经不止是‘史’（官书、政典），而且是‘历史’。对‘史’可以有不同的理解，对‘历史’的理解只有一个，那就是遥远的古代。”[68]