创始人回归，创始人（精英）治理与制度化治理相结合
由于组织的权威真空，内部分歧争论不断，组织缺乏凝聚力，使组织的决策治理更为困难。2012年初，创始人z不得不回归组织，利用个人权威对组织进行治理，制订工作规划、确定组织工作重点、整合队伍、凝聚共识、再次推动制度化治理进程，逐渐形成了以个体精英（创始人）治理与制度化治理相结合的治理模式。
（一）创始人发挥个人权威，完善组织的制度化建设
在这个过程中，创始人发挥个人权威，带领组织进行调整，引导组织进一步完善制度建设，主要做了以下工作：
一是为组织提出明确的方向和目标。向两长、执委会提出意见和建议，提出来年以“停”、“转”、“育己”为基本工作基调，将工作重点转向团队内部的管理和整合，促进团队的成长，并得到全体工作人员的认同，通过全体工作人员会议表决，成为新一年的工作指导方针，为组织提出了明确的方向和目标。
二是化解分歧、凝聚共识、整合队伍。通过集中两个月的时间在团队内部对团队成立以来的历程、经验、教训等进行讨论和梳理，理清了历史，总结各项工作的流程及经验，进一步明确了组织的使命、中心任务，减少了分歧，形成了共识，增加了团队的凝聚力，获得了继续前进的动力。
三是进一步完善组织的制度建设。创始人回归之后，组织继续实行全体工作人员代表大会、执行委员会、监察会、集体领导、民主集中制。在两长制方面做了调整。根据两长制实施的具体情况，将两长制调整为“三人团”。在创始人退出决策层之后，新任的两长在资历、能力、权威等方面相当，但理念不同，难以形成共识，难以决策，也难以配合，双方各行其是，形成“双峰”政治。2012年7月，在教育长离职的情况下，团队鉴于完全平等的两长制不符合实际，效果欠佳，改为有主有次的“两长制”，并增加一人，两长制紧急过渡为一正两副的“三人团”。“三人团”原为中国共产党历史上的一种领导和决策的机制。以集体领导、分工合作为原则，“三人团”中的三人名义上是平等的，实际情况则是有主有次。因此，B组织在借鉴的基础上进行改进创新，将平等的三人团改进为“一正两副”的“三人团”。“一正”统筹整个机构业务行政和团队建设工作并对外代表整个机构，“两副”分管业务行政和团队建设工作。日常事务三人集体决策，讨论、表决时一人一票、完全平等，集体决策时“一正”有延迟决策生效时间或提请重新审议的消极权利，以加强“一正”权力，当“两副”一致同意时也可延迟决策生效时间或提请重新审议以防止“一正”权力过大。“一正两副”相持不下时提请执委会；决策执行及日常工作中有“一正”牵头、“两副”配合之别。(https://www.daowen.com)
（二）创始人治理与制度化治理相结合的治理模式特征
这一时期的治理模式总体表现为创始人治理和制度化治理的优势互补，相互促进，组织实际治理绩效明显提升，组织治理规范有序，推动组织稳步向前。其具体的特征为：
第一，创始人治理促进制度化治理的发展。创始人发挥个人权威的作用，带领组织成员完善制度建设，并带头遵守，严格按照规章制度办事，发挥示范性作用，将个人权威转移到制度上，赋予新制度权威。“精英对制度的认同和尊重推动了制度在组织中的累进式生长，使制度从抽象、没有个性，没有生命力的状态逐渐变为具体的、生动的实然状态。累进式的制度化进程适应了组织成员对制度的认同心理和接受能力，将组织成员对创始人的信赖、尊重与追随转化为对制度的认同、尊重和服从[18]，从而形成新的治理风格。
第二，创始人治理在制度化治理的框架下发挥作用。在创始人治理与制度化治理相结合的时期，创始人治理受到制度化治理的制约。创始人的意志要上升为组织的决策，已经有了制度的约束，需要通过执行委员会、全体工作人员代表大会等讨论，并必须经过民主表决，而当民主表决没有通过时，创始人的意志就不能成为组织的决策。典型的例子如是否组建组织理事会一事，创始人多次在全体工作人员大会、执行委员会议中提出组建理事会，但其他委员认为，时机不成熟，且理事会难以发挥作用，最多只能充当顾问团，与其建立之后形同虚设，不如不建，因此，创始人的提议一直没有通过，也没有在组织中推行起来。另外，除了形式上的约束外，在讨论的过程中，其他成员的意见对创始人的意志也形成了一定程度的制约。
第三，创始人治理与制度化治理互促共进。在创始人治理与制度化治理相结合的治理模式中，创始人治理与制度化治理的优势互补，有效避免两种治理模式的弊端，互相促进，使组织的治理实现创新与稳定的平衡。在B组织中，创始人综合素质和能力、人格品质、人脉和公共关系资源等都相对较高，加之对组织的贡献无人能及，因而其在组织中的威望很高。因此，创始人的思想、决策、资源仍对组织的发展具有举足轻重的作用；而草根公益组织发展依然面临复杂多变的外部环境，仍需要创始人的智慧和能力来引导组织成员共同走出困境；组织的凝聚力仍然是围绕着体现了组织使命和文化的创始人；创始人的品质和行为对组织成员具有很强的示范作用，作为一个实实在在的榜样激励着组织的其他成员为组织的使命和理想而奋斗。总之，制度化治理的初期，草根公益组织依然离不开创始人作用的发挥。然而，创始人性格中的冒险精神，容易盲目乐观而对现实困难估计不足，过于理想主义，追求完美等特点曾造成多次决策失误，给组织带来了发展困境。因此，创始人作用的发挥不再是完全自由，毫无约束，而是在制度化治理的框架下进行。在制度化治理中，创始人的意志、提案等需要通过全体人员大会、执行委员会等进行充分地民主讨论，反复论证，最后经过民主表决来形成决议。这样，最后得出组织决议才具有合法性，才能付诸实践。通过制度化治理的约束，创始人治理的缺陷得到较为有效的规避，而创始人的提议和决策在经过集体智慧的反复讨论后已经有了较大的改变，其科学性、可行性等获得提升，从而使创始人的行为具有了更多的合法性，制度权威加强了创始人的权威。
另一方面，制度需要人执行，即使是设计科学良好的制度也不能自动地发挥良好的治理效果，它仍要将运行制度的人作为保障。因此，制度化治理的前提条件是组织成员素质、能力能达到相应的水平，但草根公益组织的组织成员普遍面临能力不足的问题。其次，以稳定为特征的制度化治理使组织发展具有持续性，但又难以应对复杂多变的外部环境。第三，非人格化的制度化治理缺乏人情味，难以唤起组织成员的激情和认同。在这种情况下，创始人治理模式的配合能够弥补制度化治理的不足，并促进制度化治理的发展。创始人对制度的尊重和支持，引导组织成员将对创始人的信任、遵从与支持转移到制度上，从而加强制度的权威；创始人治理在制度框架的约束下发挥作用，引导组织成员参与制度化治理，在长期、反复的实践中提高制度化治理所需的民主平等意识、独立思考能力、参与能力等，并在实践中逐渐增强对制度的认同，从而推动制度化治理的发展。