由定期罢课到无限期罢课
游行队伍解散后，警备部在西站附近逮捕了29个学生。当晚，学联召开紧急会议，决定暂时不采取大规模斗争行动，定于18日组织代表77人到警备部请愿，要求何绍周释放学生。18日，请愿代表中又有两人被捕，学联派去的两个联络员也被捕。从这以后，反迫害斗争成为主要内容。
事件发生后，省府主席卢汉于17日发表谈话，强调“对于危害社会治安之一切行为，特种刑事法庭及军事机关皆有受理审判之权”。中央社配合何绍周逮捕学生之措施和卢汉的谈话，于同一天的报上（19日）发布消息，诬蔑“反美扶日运动”的发起是为了挽救共产党的“军事失利”，用罢课游行“扰乱治安秩序”。并诬蔑学生在反美扶日运动中“突入各校挟持胁迫”[8]。21日下午，伺绍周举行茶会，招待各校校长及新闻界，他说：“当前系国共两党生死存亡的斗争，如这次让学生胜利，则国民党非垮台不可，因昆明学生乃中共学运司令台。”他狂妄地声称：“为正本清源起见，仍将继续查办，务期勿枉勿纵。”很明显，云南反动当局逮捕革命学生的做法是有预谋有计划的行为，他们企图实现1947年11月已经动手，但因昆明学生举行“人权保障运动”而被迫停下来的反动计划。就卢汉的打算而言，是实现他给蒋介石作的“解散学联、逮捕学生领袖”的交换条件，就何绍周而言，则是一箭双雕，既想以此达到强化反动统治，破坏我党地下组织的目的，又想把卢汉往深水中拖。事实说明，这场斗争将是一场艰苦的长期的斗争。
省、市工委分析了斗争形势，决定不轻易宣布无限期罢课，只要取得局部胜利，即适可而止，改换斗争方式。故在请愿代表及学联联络员被捕之后，只宣布罢课三天。继续发生革命学生被捕事件时，又宣布继续罢课七天，为了适应斗争形势的变化，在组织机构上还作了相应的改变，建立“昆明学生反扶日反迫害联合会”，各校成立分会。在宣传上，则坚持两条：
一、坚持反美扶日是爱国的正义行为。二、争取地方势力的支持，集中力量打击蒋介石在云南的代表——何绍周。
“昆明学生反扶日反迫害联合会”于6月20日、21日、23日接连发表罢课宣言和“敬告三迤父老书”，严正指出昆明军警当局所站的立场是反爱国的立场，他们逮捕学生的行为是破坏宪法，践踏民主的暴行。
昆明学生的爱国行动得到各阶层群众的广泛支持，军警当局逮捕、迫害、毒打学生的暴行受到社会舆论的强烈谴责，在“反扶日反迫害联合会”举行的家长座谈会上，家长对政府的做法普遍表示不满。省参议会驻会委员唐锡畴等致书何绍周，义正词严地指出：
美国不顾我国利益，扶持日本，八年之血迹未干，强邻之野心复起。立法院孙院长曾有严正声明，南京中央日报、上海大公报均有评论，对美国错误政策，一致抨击。学生抗议游行，动机极为纯正。
这封信上还指出：“此次被捕诸生，均在散归之后，且多未届成年，致引起罢课风潮，迁延未决。深恐长此僵持，愈演愈烈，驯至无法下场，不惟所有学校本学期无法结束，并将使下学期无法开始，数万学生为之废学，数千教职员为之失业，影响所及，前途何堪设想。”这封公开信，在当时昆明出版的《正义日报》以“是非黑白自在人心，部分省参议员致函何总司令”为题发表，影响很大，何绍周曾为之“大伤脑筋”。学生上街宣传，不断得到群众的掩护和支持，一个家境贫寒的老太婆，还就其袋中所有，买了30多个桃子送给学生，价值虽微，意义颇深。反动政府虽然以军警宪特和法庭监狱为其镇压手段、报纸广播做其宣传工具（从6月17日以来，每天都有诬蔑学生运动的消息、评论和谈话），但他们仍然处于守势，何绍周在招待各校长和新闻界茶话会上的一段话就表露得非常明显。他说：本总司令“并无对某一学生某一同胞有一丝毫之仇怨，此理至明……希新闻界发挥舆论力量，协助政府及学校当局制裁非法分子，区区衷诚，谅蒙鉴纳”[9]。(https://www.daowen.com)
为了削弱全市大中学生罢课的政治影响，瓦解学生队伍，反动政府使用的种种卑劣手段已达到令人惊讶的程度。他们一再宣扬“爱护学生、关心学生学业的进展和正常的学习秩序的维持”，并借此谴责学生罢课游行的革命行动，但在学校仅仅宣布罢课三天的时候，他们竟由市教育局于6月20日发出通知，宣布各公立学校于6月22日提前放暑假（正规放暑假时间为7月10日前后），并通知各私立中学可参照公立中学做法提前放假。云南的最高学府——云南大学也宣布提前放假。他们这样做的目的是削弱学生罢课的政治影响，瓦解学生的战斗队伍。
学联用各种宣传品揭穿了他们扼杀教育的真实面目；同时按照过去惯例，将郊区学校的学生集中到云大、师院坚持斗争。
提前放假的阴谋失败以后，他们又利用毕业班学生关心毕业文凭的心理，大张旗鼓地宣布提前举行毕业考试，企图将应届毕业班的学生分化出去。
毕业文凭直接影响开学和工作，毕业班关心毕业考试，合情合理，是人之常情，但具有革命传统的昆明学生，绝不因一张文凭而做有损于革命斗争的事，在各校召开的毕业班学生座谈会上，大家纷纷表示，绝不单独考试。各校自治会为了使毕业班学生不致因罢课斗争而失去毕业文凭，都上书学校，要求缓期举行毕业考试。因而毕业班学生没有因毕业考试问题而影响斗争情绪。
这一着失败，他们又玩弄新的花招。他们制造谣言，诬蔑集中云大的外校学生和部分本校学生于24日举行期考时“相聚咆哮，实行突击、阻止入考学生，并肆意侮辱师长，以致未能循规考试”。并由素以反动著称的文法学院院长梅远谋欺骗一部分不明真相的院系负责人，宣布总辞职。由《中央日报》在6月25日作为省市新闻的头条消息刊登。
梅远谋等人的做法，适应了军警当局的需要，在欺骗群众、为反动政府继续大量逮捕学生制造舆论方面起了一定作用。但因反动政府宣布提前放假在先，宣布“期考无法进行，云大院系负责人总辞职”在后，一经揭穿，其卑劣伎俩即充分暴露，无法达到其预期目的。
军警当局看到他们的种种措施均未能实现瓦解学生队伍、压服学生的目的，乃采取更加露骨更为凶残的手段对付学生。6月28日深夜，30多个特务驾吉普车八辆冲破松坡中学校门，捕走训导主任及教师四人，学生二人；6月29日，由混入学生中的特务做眼线，在求实中学附近捕走教师一人。当晚4点50分，国民党宪兵十三团团长率领宪兵200余人以夺回被学生公审的那个特务为借口，进攻求实中学（求实中学学生闻讯后，对那个特务学生极为愤恨，将他带进学校交全体同学公审）。求中师生事先已有警惕，全部集中于教学大楼，用桌凳在楼梯口做障碍。宪兵进攻时，他们用石块做武器抵御，敲击脸盆呼吁社会支援。宪兵攻至天明，未能攻下教学楼，仅捕走未集中到教学楼的学生三人，和来求实中学借宿的建民中学女教师一人。
从这天开始，学联才宣布无限期罢课，“反扶日、反迫害”的斗争进入新的短兵相接的艰苦阶段。