分子标记辅助选择存在的问题

近十多年来，分子育种的理论研究已取得了很大的发展，但凭借分子标记辅助选择手段育成品系或品种的报道还相对较少，分子标记辅助选择技术在育种中的应用成效不显著，大规模培育优良品种的期望仍未实现。主要存在以下几个方面的问题（李宏，2004；刘志文等，2005）：

（1）基因定位研究与育种程序相脱节。大多数的研究者只把工作目标确定在目标性状鉴定、基因定位和遗传作图等基础环节上，在设计研究方案时，材料选择时往往只考虑基因定位的便利而不考虑育种的需要，在完成目标基因的定位时，并不能直接应用于育种。目前应重视使基因定位研究成果加快走向育种应用。

（2）基因定位和分子标记分析技术在实用性和成本方面还有待进一步改进。对于质量性状的基因定位，技术上是成熟的，但仍然存在对主要农艺性状基因的发掘和相应分子标记的开发不够的问题；对于数量性状的基因（QTL）定位和效应估算不精确，技术难度还很大，期待开发出快速、准确定位QTL和对其效应的无偏估计以及QTL与QTL之间、QTL与环境的互作关系的研究方法。(https://www.daowen.com)

（3）分子标记辅助选择技术体系还有待进一步完善。对于单个或少数几个基因的标记和定位，现有的分子标记辅助选择技术体系是有效的，但由于大多数重要性状如丰产性、抗旱性、抗病虫害、耐盐碱、抗逆性等是由多基因控制的数量性状，现有的分子标记辅助选择技术体系还难以满足育种需要。

（4）分子标记开发成本高（如SSR、SNP），有些分子标记结果识别费时费力（如AFLP），结果不稳定（如RAPD），误差大，期待将来简便、准确性高、自动化程度高、价格低廉的新型分子标记的问世。