“僧”与“俗”的游移
早年玄奘在弘福寺担任“译主”时，对自己的位置把握和权力使用并不是很合适，当时如灵润、法祥、辩机、道宣等首屈一指的高僧只是做一些辅助工作，一些外地高僧在宰相房玄龄的多次命令下，仍然以病重为借口，慑于种种复杂的原因，不肯前往弘福寺。[4]玄奘这种假皇权以令天下高僧的做法已然引起了较多不满，他得到的恩宠越多，嫉妒也就越多。甚至于本该恪守空门教义、静心研习佛法的僧侣却迷恋上了依靠皇权震慑其他宗派。据《续高僧传·那提传》记载， 永徽六年（655），印度高僧布如乌伐邪携带经典500余夹共1500余部抵达长安，但由于受到玄奘的排挤和压抑，最后竟然灰溜溜地离开了长安。[5]而且玄奘积极宣扬自己对经论的新译，不允许他人讲旧译经典，新旧两派之间的斗争愈演愈烈。
当矛盾只限于佛门中的纠葛时，吕才的出现让玄奘又感到来自世俗的压力和不愉快。玄奘翻译了《理门论》和《因明论》后，译经僧栖玄将这两部译经拿给尚药奉御（医官）吕才看。吕才非佛门中人，但可谓“怪才”，“生平未见《太玄》，诏问须臾即解，由来不窥象戏，试造旬日复成”。这位“怪才”对于玄奘的如日中天非常嫉妒，他阅读后议论两部论著的优劣长短，并作《立破注解》，还附有《义图》，言辞傲慢，态度生硬。玄奘的弟子慧立给左仆射燕国公于志宁写了一封信，内容平和，但也体现了玄奘队伍不容异己的态度：
近闻尚药吕奉御以常人之资，窃众师之说，造《因明图》，释宗因义。不能精悟，好起异端；苟觅声誉，妄为穿凿。诽众德之正说，任我慢之褊心；媒炫公卿之前，嚣喧闾巷之侧。[6]
当事态趋于严重时，高宗不得不敕令各位公卿学士前往大慈恩寺，请二人当面辩论，吕才这才认错而去。当时玄奘独树一帜的法相宗已是长安各寺院中最荣耀的一支，吕才一事很有可能是不了了之。
但事实上，这场发生在玄奘与吕才之间的矛盾与辩论，是大唐帝国的儒、释、道宗教格局相持不下的展现，也是国家政权格局发生转变的关键时候。永徽六年（655），高宗借“废王立武”之事件重振皇权，一切的风吹草动都拨动着高宗敏感的神经，玄奘“辅政旧臣”的身份加深了高宗的反感情绪，当年那个在僧房慷慨题诗的大唐太子已经成熟。
或许是受“吕才事件”的影响，前来协助译经的人选，皆为朝廷要员，并受命随时查阅所译经书，如果有不妥当之处，随时更改润色。高宗又派遣内给事王君德前来告诉玄奘，朝廷已派人前来帮助他翻译佛经，高宗将亲自撰写碑文，不知玄奘法师是否满意？高宗如此“和气” 的商量口吻，令玄奘感到惶恐。据弟子慧立回忆，法师当即悲喜交加，泪流襟袖。玄奘不敢怠慢，第二天便率徒众到朝堂上表陈谢。
高宗并没有继承当年父亲与玄奘的相处模式，与玄奘的关系忽冷忽热，隐约微滞。显庆元年（656）二月，高宗命玄奘前往鹤林寺为薛道衡的女儿授具足戒，又为鹤林寺旁边德业寺的尼众授菩萨戒。此时的高宗俨然成为了佛教的领袖人物，敕令僧众装饰宝车，派人迎接玄奘一行人，安排仪仗的秩序。受戒仪式后，高宗又命画家吴智敏绘制十位法师的画像，留在寺中供养，最后又由内给事王君德带人举着华盖引送，沿途观众皆发善心，对高宗感恩戴德。后来，鹤林寺也改名为隆国寺，一个超脱于尘世的佛门净地成为与国家政局紧密相连的“施政”重地。
高宗撰写碑文的速度远远超过了太宗，很快，长孙无忌携带着《大慈恩寺碑文》送给了玄奘。较之《述圣记》，足见高宗从激昂疏越到沉着老练的蜕变，他希望通过弘扬佛法来延续文德皇后的洪福，更是希望通过佛门的力量延续大唐国祚，而对于佛法本身的态度却渐趋暧昧。
玄奘当年西行过雪山时，得了一种冷病，发作之时，饱受折磨。玄奘旧病复发时，中书省上书高宗，高宗派遣名医为其医治，药物由宫内送达，宫内甚至一天数次派人来探望病情，向高宗汇报消息，就连玄奘睡眠的卧室，也由宫内专职人员看管。《大慈恩寺三藏法师传》记载：“其珍惜如是，虽慈父之于一子，所不过也。”玄奘担心自己病情无常，又对自己承担的佛教译经事情缺乏底气，于是在身体与思想的双重压力下开始着急了，他担心自己将失去发言的机会，于是逼迫自己尽快行事。他向高宗上书言“佛道名位”与“僧道同依俗法”的事宜，希望朝廷提高佛教地位，僧侣可以享受特权。高宗已然甚是反感，只答应了僧人可以免于俗法的特权，对于“佛道名位”的问题，以“先朝处分，事须平章”为由，坚持先道后佛的宗教政策。这是玄奘第一次品尝到失落的滋味，他几乎丧失了作为一个出家人本该有的“心如止水”的平静心态。名分未得的失败，令玄奘极其懊恼，他在极力挽回被压制的佛教势力，即便是御帐中飞来一只赤雀，他也上表祝贺，歌颂高宗的丰功伟绩。玄奘病愈之后，高宗将他接到宫中，安置在凝阴殿西阁供养，令他安心译经，20天或30天才出去一次。
显庆二年（657），高宗又命玄奘一起前往洛阳，玄奘趁此机会回家省亲。年幼即失双亲的玄奘，得知如今只有一位老姐姐在世，于是姐弟相见，百感交集。玄奘看到父母的坟垄几近荒废，萌生了为父母改葬的念头，但“虽有此心，未敢专志”，先向高宗请假，可否多给些空闲时间，他想将早年故去的双亲重新安葬。高宗答应了，并许诺所有的费用由宫廷承担，甚至还“赠送”了“营送威仪”，使得迁葬的行动异常盛大，洛阳前来送葬的僧俗多达万余人，前无古人。
高宗已经开始明确表示对玄奘作法的不满，《全唐文》卷一二收录的《僧尼不得受父母及尊者礼拜诏》，就是在玄奘刚省亲回来后颁发的，这让自尊自负的玄奘颇受打击。译经事业也不断受到皇权的干扰，当时在长安时已经开始翻译的《发智论》与《大毗婆沙论》还未完成，但高宗忽然插手，敕令先翻译还没有动笔的佛经，而其中已经翻译的佛经可以暂时搁置，留作以后完成。这令玄奘哭笑不得，只得上书高宗论及这些译经先后翻译的原因，希望高宗理解。虽然最终高宗收回敕令，但处于政界、佛界的玄奘，其尴尬的译经局面不难想象。