对宋代理学的态度
湛若水对宋代理学朱、陆两派，采取平等对待的态度，他从自己的“心事合一”或“知行并进”的观点来看，认为他们各有所蔽。他说：
在心为性，在事为学；尊德性为行，道问学为知，知行并进，心事合一，而修德之功尽矣。德脩而道自凝矣，此圣门合一之学。后世支离之弊寝兴，朱熹与项平父书日：“子静专尊德性，而熹平日道问学为多。”臣谓二者会其全，无独用之理也。虽以朱、陆大儒未免此说，而况于他者乎？（《圣学植物通》卷二十七《进德业》）
湛若水认为，“尊德性”、“道问学”应该是合一的，犹如一体之两面，朱、陆则各见其一，故是有弊。或者说，孔孟之学与道，本应“上下体用一贯，大中至正而无弊”，而“朱陆各得其一体者，朱语下而陆语上”（卷七《答太常博士陈惟浚》），故是有偏。所以，他对朱、陆学术都表现出不太尊重的态度。例如，他认为朱熹的《大学章句》用来科举应试是可以的，但作为修身指南就难以胜任了。他说：“诸生读《大学》，须读文公《章句》应试，至于切己用功，更须玩味古本《大学》。”（卷六《大科训规》）但是，他并非否定或反对朱熹，故当有人非议朱熹时，他说：“如之何其非之！其志也，学也，行也，将班诸孔门可也。”（卷一《樵语》）
对于陆九渊，他虽然明确表示“若于象山，则敬之而不敢非之，亦不敢学之”（卷七《寄崔后渠司成》），而实际上却并不乏非议之词。如他对陆九渊“心皆具是理”之说，就颇疑其非。他说：“说‘具’者是二之也……九渊谓读《论语》疑有子之言支离。臣亦敢以是疑九渊焉。”（《圣学格物通》卷二十《正心》）对于陆九渊的高足杨简，湛若水则更尖锐地批评其为“以圣贤之格言，文自己之邪说”（卷二十四《杨子折衷》），并著《杨子折衷》六卷，逐条辨析杨简言论“乃异教宗旨也”（同上）。
但是，毫无疑义，湛若水心学和陆九渊心学不仅在本质上是一致的，而且也确有着源流和承继关系。如上所述，湛若水主张的对“本心”自我反省、自我体认的“随处体认天理”，和陆九渊的“发明本心”就是一致的。湛若水心学中的不少观点或命题，也早就在陆九渊心学中出现，如“心即理”，“六经皆注我心者也”（卷十八《广德州儒学新建尊经阁记》）。陆九渊曾设喻论为学当先须“明心”：“若田地不净洁，则奋发植立不得”（《象山全集》卷三十五《语录》）；湛若水也持相同之论：“如不好的田地，虽有美种，亦将奚施？”（卷二十三《天关语录》）不过，他们也有不同。陆九渊重视心为自明之体，而湛若水则重视心的反思之用。前者更加接近于所谓“顿悟”，而后者对于心理活动层次之分析则更为深入。总之，无论是陆学和湛若水思想，对人之知觉、情感、理性诸主观范畴之分析，在中国理论思维发展史上有着重要的贡献。
湛若水认为宋代理学诸儒中，能得孔孟心事，体用一贯之旨的是周惇颐、程颢，故唯对周、程二人极表尊崇。他说：
明道得孔、孟、濂溪之传者也，故其语学语道，上下体用一贯，大中至正而无弊……故愚尝云：乃所愿则学明道也。（卷七《答太常博士陈惟浚》）
于是，他著《遵道录》八卷，明确表示对宋代理学诸儒的态度：
夫遵道何为者也？遵明道也。明道兄弟之学，孔、孟之正脉也，合内外、彻上下而一之者也。今夫为朱、陆之辨者赜矣，或失则上，或失则下，吾弗敢遵焉尔。（卷十七《叙遵道录》）
湛若水对陆九渊和周惇颐、程颢之所以有如此不同的态度，是因为他没有觉察到、也不承认自己的哲学基本观点和陆九渊心学是完全相同的，如他用来批评陆九渊“心具是理”命题的“心即理”观点，原来也正是陆九渊心学的基本观点，而他对于自己“随处体认天理”的方法和周、程“无欲主一”、“无丝毫人力，浑然与物同体”思想之间的联系也是很清楚的。因为所谓“主一”，就是排除杂念，唯一地以伦理道德规范制约思想言行，这正是湛若水“随处体认天理”方法中的“敬”；所谓“无丝毫人力”，“浑然与物同体”，就是保持心境的空虚本然状态，这正是湛若水“随处体认天理”方法中的“勿忘勿助”。故他说：“‘敬’字宋儒之论详矣，惟明道‘主一’之言为至当。”（卷七《答黄孟善》）“‘自然’之说，本于明道‘明觉自然’之说，‘无丝毫入力’之说，明道‘无丝毫人力’之说，本于孟子‘勿忘勿助’之说。”（卷二十一《自然堂铭序》）因此，他认为“孔孟之道在周、程”（卷十八《默识堂记》），对他们表示尊崇。
但是，湛若水的修养方法与周惇颐及二程也并非完全一致。如程颐的“主敬”功夫，据朱熹的概括是：“只云但庄整齐肃，则心便一，则自无非辟之干；又云但动容貌，整思虑，则自然生敬，只此便是下手处”（《朱文公文集》卷四十一《答程允夫》），则颇多于自我约束。与此相较，湛若水则着重于任心自然。他说：“心本活物，不必防闲太过，但得使之有路可循，如流水或淮或泗，各循其道，久之自无泛滥之患。”（卷二十三《天关语录》）周惇颐、程须不除窗前草，则是完全放任自然。与此相较，湛若水则又有所检束，主张“恶草”仍须剪除。他赋诗曰：“窗前草不除，吾除惟恐后。不除恶草根，芝兰安得茂？兰德馨通天，草秽虫蛇薮。无为无不为，自取为何有！”（卷二十七《禺山除草呤示同志》）这些说明他们关于修养的具体步骤或方法是不完全相同的。总之，湛若水与周、程、陆之间，固有所同，亦有所异。