实行承包土地经营权和土地经营权的按地采编及分别登记
2015年山东省《关于引导农村土地经营权有序流转发展农业适度规模经营的实施意见》中明确提出：“2015年建成省、市、县、乡四级统一的土地承包经营管理信息系统，实现对土地承包经营权动态管理，方便群众查询，利于服务管理。”这在一定程度上直接促进了土地承包经营权的确权登记进程。除此之外，成都市农村产权制度改革也从2008年开始试点，历经两年基本完成土地承包经营权的确权颁证。[18]当农民的土地承包关系被公示后，便为土地经营权抵押权的登记奠定了基础。
《民法典》第333条规定：“土地承包经营权自土地承包经营权合同生效时设立。登记机构应当向土地承包经营权人发放土地承包经营权证、林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。”第335条规定：“土地承包经营权互换、转让的，当事人可以向登记机构申请登记；未经登记，不得对抗善意第三人。”
《民法典》第341条规定：“流转期限为五年以上的土地经营权，自流转合同生效时设立。当事人可以向登记机构申请土地经营权登记；未经登记，不得对抗善意第三人。”即土地经营权登记，须当事人申请。这与土地承包经营权登记不同。
（一）分别登记土地承包经营权和土地经营权
“三权分置”式土地权利结构视野下，土地流转的客体为土地经营权，在其上设定“抵押”等权利负担，则以本权利的存在为前提。也即土地经营权的抵押权公示当以土地经营权的登记为前提。
当前实践中，多以“土地承包经营权”为登记对象。随着承包土地以各种形式流转的规模化，“土地经营权”的实际占有者和经营者已经不再限定于本集体经济组织内部的成员，因此，在缺少登记公示的情况下，第三人无法确认土地经营权的占有者与承包土地的权属关系。另外，根据不动产权利的各项变动均应以初始登记作为基础的先登记原则，除法律另行规定外，未办理所有权初始登记的不动产不得登记其他权利；申请处分登记的须被处分的不动产权利已然登记在册。因此，如果土地经营权没有明确登记，那么在其上设定抵押权更无从谈起。因此，本书建议如下：
第一，应当分别单独登记土地承包经营权和土地经营权，建立起全国统一的农村承包地确权登记制度。主要包含以下两种情形：一是在承包土地尚未进行流转的时候，“土地承包经营权”的权利人为“承包农户”。“土地经营权” 的权利人也是为“承包农户”。二是承包土地的土地经营权被流转以后，“土地承包经营权”的权利人为“承包农户”，“土地经营权”的权利人为具体的“土地经营权人”，包括承包农户和各种农业经营主体。
第二，流转期限在5年以下的土地经营权也一律进行确权登记。无论流转期限为多久，土地经营权为用益物权的性质不会变化，在缺少登记公示的情况下，第三人无法确认土地经营权的占有者与承包土地的权属关系。
（二）按“地”采编土地承包经营权和土地经营权
新修订之前2014年11月24日颁布的《不动产登记暂行条例》第8条第1款中以不动产单元为基本单位进行登记的规定来看，我国不动产登记的采编方法是采物编成法。然而土地承包经营权的登记（包括土地经营权的登记），虽然其标的是承包土地，也属于不动产之一种，但却并未被纳入不动产统一登记范围。此前我国土地承包经营权登记的基于农业部办公厅印发的《农村土地承包经营权登记试点工作规程（试行）》（农办经〔2012〕19号）的规定，土地承包经营权登记簿包括承包主体情况、承包地块情况以及土地承包经营权证变更情况等三个主要部分。其中，承包主体部分登记发包方和承包方的姓名、名称或身份情况；承包地块部分记载承包户名下的多个承包地块，并分别标注四至方位。就以上规定不难看出，之前我国土地承包经营权登记的采编方式是以户为单位，登记本户所承包的多个承包地块，在性质上属于采人编成法。但是，这种采集方式存在明显的缺点，即不利于第三人查询在土地承包经营权上所设定的权利负担状态。尤其在独立出土地经营权，土地经营权人不再是承包农户的情况下，再在土地承包经营权上设定抵押权时，登记信息则多而乱，这一缺陷则更加明显，不利于地籍管理的明晰化。
以户为采编单位所编制的土地承包经营权登记册，其中某个承包地块上为其他农业经营主体设定土地经营权时，该户的土地承包经营权登记册的相关页即应作相应记载，同时农业经营主体将持有土地经营权证，农业经营主体将其土地经营权为抵押权人设定抵押权时，抵押权人此时查询土地承包经营权登记簿还需要了解土地经营权的设定人，以及原承包农户（土地承包经营权人），徒增查询工作的难度。[19]在抵押权设立登记时，还得在该户的土地承包经营权登记簿的相关土地经营权簿页上记载，权利人再次发生变化，给下一步的查询造成进一步的障碍。如此制度安排使得土地承包经营权登记簿的公示功能丧失殆尽，不利于农村土地的流转。
在我国土地流转日益频繁的大趋势下，原有的土地承包经营权登记制度需要改革，不但要土地承包经营权和土地经营权分别登记，在登记入册所采用的方式为改采人编成法为采物编成法。可以合理设想，采物编成法可能会导致承包农户会同时持有多份土地承包经营权证书，在这一环节无疑增加了登记成本。但是，无论采取哪种采编方式，确权办证前的资料准备、入户权属调查、测量地块成图[20]的成本都是不可或缺的，而若采用采物编成法，增加的成本则只限于增加了登记册数量和证书数量的成本；而若仍然采用采人编成法，增加的则是此后的查询成本，而且还不利于与统一的不动产登记册相衔接。
2019年3月24日，根据《国务院关于修改部分行政法规的决定》，对《不动产登记暂行条例》进行了修订，修订后的该条例第五条规定须办理登记的不动产权利，把“耕地的土地承包经营权”纳入其中。无疑是我国相关立法的一大进步。但是，未将“土地经营权”纳入须办理登记的不动产权利。2019年7月24日开始实施的自然资源部令第5号公布的《不动产登记暂行条例实施细则》中，也没有对土地经营权进行办理登记的规定条款。这些，建议在将来修法中逐一明确规定。