发达国家与发展中国家在相关问题上的分歧
发展中国家与发达国家之间对传统知识、遗传资源、民间文艺表达的保护问题存在激烈的对抗。发展中国家坚持要求用有约束力的国际条约明确传统知识、遗传资源、民间文艺表达保护的“国家主权原则，知情同意原则和利益分享原则”（以下简称“三原则”），用以对抗发达国家对这些重要战略资源的掠夺和盗用。发达国家总体上坚持与发展中国家对立的立场，但内部分歧也很明显。例如，日本和美国认为没有必要单独设立国际条约，欧盟认为最好使用现有的知识产权条约来解决这个问题。对于发展中国家始终坚持以国际条约对遗传资源、传统知识和民间文艺表达进行保护的目标，发达国家则坚持先有国家条约再来签订国际条约，从而达到拖延建立国际条约的目的。
（一）遗传资源及相关传统知识保护问题的分歧
遗传资源的开发利用将影响未来自然保育领域的发展，从某种意义上讲，发掘它们的经济和利用价值在自然保育领域内已然成为热潮。但遗传资源的开发利用又是一把双刃剑，它在推动自然保育的同时，也带来了一些严峻的问题和挑战，如生物盗窃以及转基因食品的安全性问题等。
1.生物盗窃侵害的法律主体问题。随着生物技术的发展，医药研发和动植物新品种开发过程中，越来越多的人不经生物资源来源地国家的同意，擅自利用他国生物资源进行医药开发，并申请专利，获得垄断利益。我国富饶的东北是黄金大豆主产区，“世界绿色和平组织”2000年调查显示，中国拥有世界上90%以上野生大豆豆种。由于我国没有对遗传资源保护的法律，美国“孟山都”公司通过东北野生大豆种子遗传资源研究出转基因大豆，向全球包括中国在内的101个国家申请了64项转基因大豆专利。这类事例在中国还有很多，如猕猴桃、“北京鸭”遗传资源流失，就是典型的案例。如果仅仅将生物资源作为一种私权，这种生物盗窃的侵害主体就不明确，我国一直也没立法保护。因此，从世居民族环境权概念的内涵出发，我们应在相关领域立法进行保护。只占全球百分之三的地理环境的东南亚国家，拥有着超过全球百分之二十的动物、植物和海洋生物。菲律宾拥有高度丰富的生物多样性，吸引着众多发达国家及其跨国公司的兴趣，美国医药产业施贵宝就多次对当地资源进行调查以寻找医药的自然来源。正是在这种情况下，菲律宾通过总统令和行政令出台了一系列遗传资源及有关传统知识保护的法律。
2.转基因食品的安全性问题。利用生物技术开展农作物育种是农业科技的发展方向和必然趋势，美国的玉米很多是转基因的。袁隆平院士认为，转基因技术是分子技术中的一类，因此必须加强转基因技术的研究和应用，没有技术就没有地位。我国水稻杂交技术虽然现在居于世界优秀行列，但维护其竞争力，必须进一步研发转基因水稻。我国只有具有了转基因产品的自主知识产权，才能提高在国际市场中的竞争力，否则就会被美国这些发达国家垄断转基因产品市场。[55]美国孟山都公司在转基因种子方面建立起大规模的完全封闭的平台，没有任何一个平台可以与其竞争。根据孟山都相关规定，农民必须每年购买其新种子，如果有谁违反了规定，孟山都将永远不会再向其提供任何技术。不过对转基因食品的商品化，不管是发达国家还是发展中国家，都还存在不同观点。我国环境保护部南京环境科学研究所研究员、生物多样性保护研究首席专家薛达元就表示反对。他认为，至今国外对主粮的转基因品种一直不敢商业化生产，美国虽然批准了玉米、大豆的转基因商业化生产，这些主要用于饲料和榨油，而用于主粮的转基因小麦研究虽然早已成功，但是从来没有批准为商业化生产，因为小麦是西方的主粮，相当于中国的水稻。因此，对转基因水稻的商业化生产一定要慎之又慎，否则，潜在风险太大，出了问题谁也担不了责任。[56]转基因食品问题的争论，说明了科学技术与传统知识的冲突性，因此法律还应建立传统知识的分类、甄别和合理保护机制上。(https://www.daowen.com)
（二）整体性和就地性法律保护问题的分歧
将传统知识和原生环境进行整体性、就地保护虽然是国际社会一般都承认的原则，但在实施过程中也存在发展中国家与发达国家的矛盾。
1.生态孤岛问题。为了维护生物多样性，根据《生物多样性公约》第8条规定，每一缔约方应尽一切可能，建立一种保护区制度，并在保护区内采取特殊措施，保护生物多样性。许多国家建立国家公园或自然保护区制度，就是运用法律手段来维护生物多样性的一种方法。生态系统是一定区域经过长期历史形成的生态平衡关系，它不受国界、行政区划的影响，但是却与人类活动密切相关。目前，美国国家公园的保护方式是将原住民迁出的“荒原式”保护，这就造成了人与公园之间的分离，形成了生态孤岛现象，这种保护方式不适合中国国情。我国人口众多，就连许多原始森林也有人类活动，国家公园要通过划分核心区、缓冲区等方式协调人与自然的关系。
2.家园变公园问题。成立自然保护区或国家公园，还带来另一个与遗传资源保护密切相关的问题，即自然保护区的当地居民或土著民的传统知识保护问题。一定的自然环境形成一定的文化，保护文化就是保护环境。国家划分的自然保护区或国家公园，往往与维持传统性生活方式的当地居民或原土著民生活空间相重叠，从而对于当地居民或土著民族而言，长期以来与自然界的和谐关系，如今反而导致了“家园变公园”的种种限制。在亚马逊热带雨林地区，有许多原住民领地，他们的传统知识为保留这块世界森林宝库作出了重要贡献。巴西政府先后颁布了全国环境法和亚马逊地区生态保护法，在1988年所颁布的新宪法中，加入了有关环境问题的条文，规定亚马逊地区是国家遗产。或许是为了协助保护自然环境，巴西的一些原住民组织将许多雨林使用权，连同保护生物多样性所得利益转让给一些外国企业，这些企业从当地原住民那里获得森林所有权，以此攫取碳交易额度。结果原住民出让森林所有权后因为不能开采有经济价值的树木，只好走私珍稀动物，被迫走向犯罪。可以说，原生态的自然环境得以保护，当地居民或土著人功不可没，他们才是这块土地的真正主人，应享有这些资源带来的利益。在家园变为公园后，如何使他们的生活得到保障，也是国际法面对的难题。
综上所述，在世界经济全球化、市场竞争日益升级的环境下，发展中国家要想生存和可持续的发展，形成自己的核心竞争力，就必须从战略高度重视运用法律手段来管理和运营遗传资源和传统知识这些物质和精神方面的财富，这不仅有利于经济发展，也有利于生态文明建设。至于发达国家，则应该给予发展中国家的技术、资金的支持。《斯德哥尔摩宣言》期望“为了同一目的，工业化国家应该作出努力，来缩短它们自己和发展中国家的差距”，“最好是向发展中国家大量提供财政和技术协助，以补充这些国家的国内努力，而加速推进发展工作，并及时提供可能需要的协助”。[57]《斯德哥尔摩宣言》宣布：“应提供资源，以保护和改善环境，惟须顾及发展中国家的情况和特殊需要，和这些国家因在其发展设计内加入环境保护方法而可能引起的任何费用，以及于它们请求时为此目的提供额外国际技术和财政协助的需要。”[58]二十年之后的《里约环境与发展宣言》又再次重申：“发展中国家、特别是最不发达国家和在环境方面最易受伤害的发展中国家的特殊情况和需要应受到优先考虑。环境与发展领域的国际行动也应着眼于所有国家的利益和需要。”[59]