日本的机构设置
日本在2001年以前没有专门负责海洋事务管理的政府机构，其涉海工作主要由运输省、建设省、农林水产省、文部科学省、通商产业省、环境厅、国土厅和科学技术厅等政府职能部门分头管理。2001年1月，日本政府进行了大规模的行政机构缩编改革，与海洋有关的省厅经过重组合并后，主要由内阁官房、环境省、农林水产省、经济产业省、国土交通省、文部科学省、外务省、防卫省8个行政部门承担。其中：
1.国土交通省下设的主要海洋管理部门有国土规划局总务课海洋室、河川局海岸室、环境技术课、海事局造船课、舶用工业课、港湾局开发课等。这些部门管辖着日本70％的海岸线，业务范围包括海洋及海岸带管理、海洋利用、防止海洋污染、海上交通安全、海洋测量、海事、海运、船舶、气象观测、海上保安、港湾、下水道、国土规划、城市规划等。
2.农林水产省水产厅设有增殖推进部、渔政部、港湾渔场整备部、渔场资源课等4部15课，主要负责渔业和水产资源的管理与产业振兴。2001年4月1日，其下属的水产研究所（分为东北区、中央区、濑户内海区、西海区、日本海区、北海道区、远洋7个区域研究所）、养殖研究所及水产工学研究所合并为独立行政法人“水产综合研究中心”。
3.环境省下设的环境管理局水环境部水环境管理课负责与《海域水质污染法》相关的业务，封闭性海域对策室负责研究封闭性海域环境污染相关的政策法规。地球环境局环保对策课审查室和计划室负责与《海洋污染法》相关的国际业务。
由于日本没有专门负责海洋管理事务的综合性职能部门，因此跟我国一样，在处理海岸带管理事务时容易出现涉海主管机构众多、职权重叠或冲突等问题，有关省厅间的协调费时费力，反应迟缓，难以有效应对。因此，除了政府管理部门之外，日本政府内部还设有以下专门协调机构，负责统筹协调各省厅海洋管理部门间的政策推进情况，并制定相关海洋开发规划：
（1）海洋权益相关阁僚会：为解决各部门间的协调问题，1980年，日本成立了“海洋开发关系省厅联席会”，该机构由内阁官房长官牵头，组织运输、农林等各省长官进行决策，负责在各个海洋管理部门之间进行协调，统一制定和落实海洋管理政策。2004年，日本对海洋开发关系省厅联席会进行改组，设立海洋权益相关阁僚会，由首相牵头，相关省厅大臣参与，下设专门的干事会，通过共享信息、共同制定政策的方式实现各部门间顺畅的沟通和协调，从而加强了日本对海洋及海岸带的管理，更加有效地应对与海洋问题相关的紧急事态。
（2）海洋开发审议会：1969年，日本成立了海洋科学技术审议会，由内阁总理和14个省厅官房长官组成，负责协调制定各省厅海洋开发推进规划，并提出发展海洋科学技术的指导规划。为了把发展海洋科学技术与建立新兴的海洋产业和发展海洋经济更紧密地结合起来，1971年，日本将海洋科学技术审议会改组为海洋开发审议会，负责调查、审议有关海洋开发的综合性事项，制定海洋开发规划和政策措施。该审议会先后提出“基本推进方针咨询报告”和“日本海洋开发远景规划构想”，明确海洋开发的目标，并提出“21世纪海洋开发远景规划构想”。该构想中揭示了一个重要问题，即随着全球范围内对海洋资源、环境与安全的广泛关注以及日本与周边国家在岛屿争端、油气开发以及海域划界等方面问题的不断出现，原来的分散型海洋管理体制已经不能适应日益激烈的海洋权益争夺战。
进入21世纪以后，日本的海洋管理体制应逐渐向综合型转变，通过制定综合性海洋开发战略，维护日本海洋权益，力求在国际海洋事务及国际海洋纠纷中占据主动。因此，2003年11月，自民党政务调查会成立“海洋权益工作组”，于2004年6月15日提交了《维护海洋权益的9项提案》。提案指出，应尽早制定综合性海洋战略，坚决维护海洋秩序、确保日本自身的海洋权益。该提案建议政府设立一个由首相亲自领导的“海洋权益相关阁僚会议”，在所谓中日“中间线”的日方一侧开展海洋资源调查，并实施综合性海洋战略以及强化海上保安厅警备、监视机制和对中国海洋调查船采取措施等。此后，该工作组于2004年9月改组为“海洋权益特别委员会”，并于2005年3月向首相提交了《保护东海海洋权益紧急建议》；同月国会通过了《推进海底资源开发法》，规范他国在日本专属经济区内的资源勘探及海洋调查，促进日本的海底矿业开发。2005年12月，为着手准备维护海洋权益的国内法，“海洋权益特别委员会”拟定了《关于设定海洋构筑物安全水域的法律草案》，并以议员立法的形式提交给国会审议。2006年4月，自民党政务调查会长中川秀直联合民主党、自民党、公明党内10名议员、15名海洋问题专家以及相关省厅的10名政府官员成立了海洋基本法研究会，同时将海洋权益特别委员会改组为海洋政策委员会。 (https://www.daowen.com)
与此同时，日本学术界、经济界等也相继提出有关海洋保护问题的政策建议及政策。2005年7月21日，日本学术会议海洋科学研究联络委员会发表了《综合性推进海洋学术的必要性——制定综合性海洋政策的建议》。2005年7月22日，国会通过了《部分修订旨在综合开发国土而制定的国土综合开发法的有关法律》（《国土综合开发法》），该法首次将利用和保护包括专属经济区及大陆架在内的海域列入国土规划对象。2005年11月15日，日本经团联发表题为《关于推进海洋开发的重要课题》的政策意见书，提出“防止、减少自然灾害以及对海洋的污染和破坏”“开发海洋资源”“切实加强大陆架调查”“整备推进海洋开发体制”4点建议，并呼吁在海洋开发中“产学官”（即产业界、学界和政府）应该联合起来，在小学、初中、高中开设海洋教育课，以提高国民对海洋资源保护和开发问题的理解与关心。
2005年11月18日，日本海洋政策研究财团发表了《海洋与日本：21世纪海洋政策建议》，该建议共分为4个部分，提出了海洋立国的目标，详细论述了制定国家海洋政策的必要性、完善海洋管理体制的紧迫性和海洋对日本未来发展的重要意义。针对日本现行的松散型海洋管理模式，《海洋与日本：21世纪海洋政策建议》呼吁应完善和推进海洋综合管理体制，并提出了5项具体改革措施，即设置海洋内阁会议、任命海洋大臣、设置海洋政策统筹官（担任海洋事务）及海洋政策推进室、设置海洋咨询会议、设置与海洋相关的省厅间的联络会议。
在此基础上，2006年12月，日本海洋政策委员会和海洋政策研究财团联合发表了《日本海洋政策大纲——寻求新的海洋立国》和《海洋基本法概要》。在海洋管理方面，提出应在内阁增设拥有职权并能有力推进海洋综合政策的“综合海洋政策会议”等海洋组织机构，以调整海洋政策资源的分配方针，调查、审议与海洋相关的政策及规划，评价重要研究开发活动及其政策等；通过任命海洋政策大臣有效统管专业性和适应时效性强的海洋政策，开展和推进海洋综合管理活动。
2007年4月20日，日本参众两院通过《海洋建筑物安全水域法》和《海洋基本法》。其中，《海洋基本法》明确了日本海洋政策的6大基本理念，即开发、利用海洋与保护海洋环境相结合；健全发展海洋产业；综合管理海洋；确保海洋安全；充实海洋科学知识；国际合作。为了持续有效地对海洋进行综合管理和调查、审议、制订海洋基本计划，该法规定设置海洋政策担当大臣，增设由内阁总理大臣担任部长、海洋担当大臣为副部长的综合海洋政策本部，以期对当时分散的海洋管理实行统一管理，并负责制定日本政府的中长期海洋政策方针。
2007年7月20日，日本宣布正式实施《海洋基本法》，同时成立以首相为本部长的海洋政策本部。该部由经济产业省、国土交通省等8个省厅的37名工作人员组成，具体负责策划、拟定、调查、审议、推进日本的中长期海洋政策和海洋基本计划，并协调与各省厅与海洋有关的行政事务。应该说，《海洋基本法》的正式实施及海洋政策本部的成立，标志着日本已经基本完成了有关加强海洋资源开发向海洋大国迈进的立法、机构设置和人员配置等基础工作。
至此，在日本涉及海岸带的管理机构中，主要由以下几个部门负责海岸带海洋资源的管理工作：运输省负责海岸带区域内海上运输、海上交通安全、港湾建设及其管理方面的工作，负责制定与上述工作有关的法规，负责海岸带统一执法工作；建设省主要负责海岸带的保护及开发利用，开发海岸带空间利用，制定海岸带开发利用的有关法规和规划；国土厅负责制订海洋开发宏观计划，管理全国海洋国土开发和海岸带的开发利用，制定海洋国土开发有关的法律、法规；环境厅负责海洋环境保护工作；农林水产省负责全日本及海岸带水产资源开发与管理；通商产业省负责海岸带工业开发，负责海洋石油和天然气的调查勘探、开发工作，负责海水淡化、海洋能发电技术、海水提铀的研究工作等；科学技术厅负责调整和制定海洋开发政策，推进海洋技术开发计划；防卫厅负责海洋军事方面的工作。