相关部门间协调机制不够完善，改革举措缺乏综合性和系统性

现代大学制度建设改革试点是一项复杂的系统工程，涉及教育内外部方方面面制度改革因素。在现代大学制度的改革试点中，许多具体工作不再是教育行政部门牵头，而是由国家多个部门牵头，特别是涉及人事部、财政部和发改委等相关部门。试点单位普遍反映，改革最大的阻力来自教育之外的其他部门，财政部门管钱，人社部门管人，编办部门管编制，使得部分改革的可操作性和执行力不强，进而成为推进改革的阻力。特别是涉及人事、财经、招生、人才培养、制度建设等方面的改革，试点学校在改革实践中难以突破。评估组在调研中发现，有的省属高校进人事岗位、名额要由省编办和人事部门批准。重要的领导岗位由组织部来任命。对于试点单位而言，改革伊始，改革试点单位均成立了多部门合作，协同推进改革的领导机构，为改革试点的组织、管理和协调提供了平台，但是在实际运行过程中，在一定程度上存在部门之间协调沟通不够的问题。

改革涉及的面比较广，改革的统筹协调机制仍需进一步完善。特别是对于涉及学科交叉融合、学院和科研机构整合、管理机构重组等重大问题，如综合性大学医学教育和医疗事业改革，涉及不同部委，缺少统一的统筹和协调部门，时间成本和实验成本较高，导致改革难以进一步深化，部分政策的实施难以收到实效。改革要落到实处，各项政策的制定就必须接地气，就需要深入一线调研需求，需要广泛征求利益相关者意见。当前部分改革政策的制定仍存在调研不够充分、意见征求不够到位的情况，导致部分政策的实施难以收到实效。