大学层面：学术为本，完善内部治理结构
高等学校内部治理结构的完善是高校办学自主权得以落实与扩大的核心。所谓高等学校内部治理结构是指为维护高校的公益性目标，保证高校持续、健康、有序的发展，由法律法规等规定的有关高校内部权力分配与制衡的制度体系，其实质是对高校内部权力分配与制衡所作的一种制度安排，以达到相关利益主体之间的权力、责任和利益的相互制衡，追求各方利益的协调和均衡，从而健全以权力机制的构造与配置为核心内容与运行机制的高校治理结构，最终完成大学的责任与使命。大学作为学术型组织，具有自身独特性，其内在逻辑结构中的核心理念是要确保学术自由与大学自治。因此，从高校自身的角度而言，能够作为、可以作为、有所作为、必须作为的就是完善自身的治理结构。完善大学内部治理结构的价值旨趣与诉求在于追求大学精神、凸显学术价值、保障大学自治、彰显学术品格。但在实践层面，高校渐趋行政化导致高校学术权力不断萎缩，从而形成了我国高校行政权力主导的治理结构。具体表征为行政权力对学术权力的僭越、学术领域与行政领域边界模糊、学术人员在学术评价体系中缺位、监督权弱化等问题。高校内部治理结构的完善，关键在高校要依法治校，民主管理，学术自由，办学自主。建构高等学校学术权力本位的治理结构，应充分发挥学术委员会的主导作用，扩大院系以及基层学术组织的自主权，建立和完善高等学校的监督机构，充分发挥教职工代表大会、学生会在高校办学中的作用，强化高校行政权力的服务功能，彰显高校的学术逻辑，从而建构学术权力本位的高校治理结构。
（一）实现“行政型治理”的转型
大学去行政化目的是让大学治理符合自身逻辑，其治理逻辑需从不同利益群体角度出发，兼顾多方利益，但必须分清孰轻孰重、孰先孰后。因此，必须推进大学行政权力主导逻辑的转换，使其按照教育和学术规律而不是行政化思维手段来管理大学。当然，这并不意味着排斥和反对合理运用政治、行政、市场的力量与逻辑，而是强调大学必须以自身规律来回应政府和社会的需求。针对普遍存在的行政权力泛化的现象，首先应规范行政权力。确定“学术性行政”的大学治理理念，以服务学术为宗旨，以此重新匹配大学的行政权力和学术权力，实现“行政型治理”向“学术型治理”的转型。大学行政权力的行使应当以保障人才培养为中心的学术活动的顺利实施为目标，更多地体现为营造学术自由的氛围，组织各种力量和资源实现学科专业的建设目标，用行政力来服务和保障学术的发展。要彻底转变大学行政权力主导逻辑，有赖于国家治理体系和行政管理体制的整体改革，如何解决行政组织的限权问题？由于行政权力干预学术以及学术问题政治化仍是大学外部行政化的最突出体现，因此可以说，限权的前提是如何约束行政系统的“越位”。要改变与党政机关同构对接的组织设计模式，根据大学核心功能进行组织重构，推动大学行政管理机构改革向“大部门、大职能、大服务”范式转变，使大学组织逐渐褪去官僚化、行政化色彩，促进行政人员更好地为师生服务、为教学科研服务。同时，要继续深化大学人事制度改革，使大学行政人员进一步摆脱“官员”或“干部”身份而走向职业化。如果说这是对行政人员“专业化服务”职责提出要求的话，那么规避基于“双肩挑”“兼职”等“角色混搭”可能产生的违背或歪曲学术规律风险，则是推动行政人员职业化导向的更高价值诉求。这既可确保行政效率的提高，也可防止行政系统和学术系统“混权”所带来的对学术公平和学术秩序的损害，如此才能真正从权力运行要素上约束行政权力的“跨界”。对大学管理者的任命和考核，是政府控制大学的最有力手段之一。如果这种管理方式不改变，即使取消大学行政级别，也难以扭转大学的行政化倾向。因此，要随着事业单位改革的深化，改变大学校长选拔任命方式，探索实行公开选拔等新机制，推进大学校长和行政人员队伍的职业化，扫清大学去行政化的制度障碍。
（二）确立以学生发展为本的办学理念
随着高等教育改革与发展进程的深入，以人为本的办学理念更加凸显，并且在办学实践中得到贯彻落实。从我国高校管理的现状看，大学生参与学校管理的重要性已被大多数学校领导所认识，几乎所有试点学校在制定学校管理规定中都有关于学生参与学校管理的具体规定和条文，参与的事项包括教学质量监督、奖学金评定、学生违纪处理等。然而在实践中，学生参与学校决策基本停留在形式上，特别是在涉及学生重大核心利益方面，缺乏实质意义。其实，阻碍大学开展学生参与决策和管理的关键不在于具体举措或有关模式，而在于思想观念。即大多数学校还没有真正树立“以学生发展为本”的理念，还不能或不愿有意识地去创设学生参与决策的路径，或者即使有意识，也创设了路径，但其“作秀”和“应对舆论”的成分还比较大。试点学校尚须进一步认真思考学生代表大会等关系学生权益、地位保护与确认的机制。
（三）确立教师的学术主体地位
在组织与个体体系构建方面，传统管理体系强调组织利益高于个人利益，组织凌驾于个体之上，个体是“组织人”而不是“独立人”。随着社会的进步和民主思潮的兴起，重视个体利益、尊重人的个性的民主管理应该受到重视。“民主是时代进步的标志，也是大学发展的基础，大学作为社会发展的先导，建立现代大学制度进程中实行民主管理的重要性不容忽视。”[40]民主管理应包括两个层面：一是管理者在处理组织与个体关系时，不能只要求个体对组织的服从和奉献，同时要重视组织为个体提供的机会和利益，重视个体在组织中的发展；二是管理者对个体的管理应是一种民主式的管理，管理规章的制定应广泛征求教职工的意见，管理方式应以激发和鼓励个体力量的发挥为主，重视个体表达的意见，管理内容要充分重视个体需求，有利于实现个体的多样化发展。教师是大学发展的第一资源，教师是学校事业赖以发展的中流砥柱，教师力量的强弱决定了大学发展的命运，大学在制度设计上应该充分吸纳最广泛的教师参与到学校各个级别、各个层面的管理之中。但是行政力量过分干预甚至统揽学术事务和学术管理活动，而作为具体开展学术事务的学术力量则处于被动弱势地位，在学术事务的决策上大多数教师处于被管理、被行政化的失语状态依然存在。第一，学术事务由行政权力主导，教师在学术事务中被边缘化。我国大学学术事务决策参与权依附校、院、系三级管理体制，形成“校长—院长—系主任—教师”的行政决策“金字塔”模式，越往上权力越大。在学术人员聘任、考核、晋升以及课程设置、科研管理、专业设置、研究所设立等学术事务上，决策权力仍然在较大程度上掌握在校级行政职能部门和有关行政领导手中。第二，“双肩挑”混淆了学术与行政的关系，造成学术与行政的双向紧张。从表面上，这类人是作为学术人员的身份参与决策事务和管理，似乎体现了“教授治学”。实际上，这是行政权力对学术事务的隐蔽渗透和隐秘干预。第三，行政科层制度的组织结构，限制了教师参与学术事务的机会。
（四）确保学术组织对学术事务的决策权
健全以学术委员会为核心的学术管理体系与组织架构，严格落实《高等学校学术委员会规程》，进一步改进和完善高校的决策机制，制定详细、具操作性的学术委员会章程及其实施细则，具体规定学术委员会及其下属委员会职能、地位及其与决策机制其他组成系统的关系、运作方式和学术委员会产生和罢免的办法等，做到有法可依，从制度上保障学术权力的合法、高效运行，推动高校形成自我约束、自我规范的内部管理体制和监督制约机制。与欧美国家不同，我国全国人大通过法律、教育部通过行政法规明确要求大学成立学术委员会，表明学术委员会的合法性源自外部权力组织，不是我国大学内生的组织机构，而是在国家法律要求下，根据有关法律精神和政策文件规定成立起来的民主参与管理组织机构。学术委员会的职责权利不取决于大学作为学术组织的内在要求，而是由外部权力组织通过法律赋予或授权；学术委员会的职责权利并不以大学学术事务管理的要求为转移，而是依据大学内外领导管理体制和社会环境的允许程度确定的。学术委员会作用的发挥不完全取决于其自身的能力，而是取决于大学内部领导管理体改革的推进状况。在学术委员会制度建立之前，我国大学学术和行政管理已经建立了系统而严密的领导管理体制，作为一种后生的民主参与管理制度，如何有效地嵌入到已有的领导管理体制中去，发挥已有的领导管理体制所不能发挥的作用，不是学术委员会制度本身能够决定的。建立学术委员会并使其发挥应有的作用，需要一个较长时期的积极探索。建立学术委员会制度本身是一项大学管理改革举措，除了学术委员会自身的建设外，它还要求调整大学内外部各种领导管理关系，营造学术委员会发挥作用的制度和文化环境。这都不可能是一蹴而就的事情，需要持续不断的改革探索。作为学术组织，大学具有权力弥散、底部沉重的特性。学术治理必须基于大学的这种组织特性。一是要明确学术管理的使命。学术管理的核心使命是维护学者的学术自由。学术研究需要一种相对轻松、自由甚至“无政府”的环境，学术管理必须尊重学术活动的这一特性。二是要扩大基层学术组织自治权的范围。基层学术组织是大学的学术心脏地带，是古老的教授治校理念的现代“保留地”。要激活大学的学术心脏地带，必须降低管理重心，把学术权力还给基层学术组织。三是要树立行政为学术服务的思想。学术是大学的立校之本，行政要为学术活动的开展创设良好的氛围与环境。亟须改革当前行政主导的学术评价机制，建立同行评价机制，充分发挥学术共同体的作用。
（五）促进学术管理重心下移
要把学术管理中心下移作为界定职能部门权责的重要依据，通过主动削弱职能部门机构权力、明确界定职能部门职权等方式，为大学管理重心下移创造条件。第一，职能机构改革要致力于弱化职能机构管理权限，收缩管理幅度，增强学术权力分量以平衡大学内部政治权力和行政权力，实现三维动力结构的动态平衡，建立校——院（系）二级分权管理模式，确立院（系）的办学主体地位。通过改革，推进行政权力的适当让渡，强化学术权力的主导地位，建立更加有利于大学教学、科研和社会服务的职能部门管理结构。基于校、院（系）的学术管理的重心下移，不断二次赋权，激发最基层的学术“细胞”发挥主动性和积极性，使学术系统可以获取更多的正式组织权力，从而真正实现自下而上的学术管理。第二，机构职责要进行深度整合。具体而言，从行政权力体系来看，校级层面的职能部门应该基于“管理即服务”理念，出台行政管理思路与措施，并将行政权力下放到学院。同时，学院作为单纯地服务于院内各基层学术组织的行政服务机构，只有行政权力而没有学术权力，成为独立拥有权力和职责的“管理实体中心”；从学术权力体系来看，除了上述赋予学术系统和学术组织的正式权力外，学院不能从行政角度对系一级的基层学术组织所开展的学术活动施加影响，保证各系按学术规律运行。当然，系的划分应以学科和职能作为依据，不赋予其行政管理职能，巩固其与行政权力间的“屏障”，淡化“官本位”，成为回归学术本位的“学术研究实体中心”。针对机构和职能的重叠交叉，一般都采取合并业务处室的办法，人员配备根据自身管理需要重新整合。另一种方式是在原有处室基础上成立新的机构如“部”以统筹不同处室。唯有如此才能最大限度地精简机构，提升效能，最大限度地实现管理目标，服务大学发展。
（六）建立章程实施监测评估机制
大学章程的核准颁布只是前提，如何建立与之相对应的制度体系是贯彻落实大学章程的重要内容。建议教育部以出台统一规定、设置专门机构等方式，明确大学章程的执行、监督机构，保障章程的顺利实施。推动全社会认真对待大学章程。章程制定之后更加需要整个社会、政府和大学自身认真地对待大学章程，培育“章程精神”，使章程获得广泛的认同、接受、尊崇和信奉，使依法治校成为共同的行为准则。建立科学的评估机制，评价其自主办学、自我约束机制的成效。大学自身不仅要通过制定章程来界定利益各方的权力边界，关键还要制定落实大学章程的制度细则，防止章程制定后被束之高阁。更重要的是，大学应营造一种宽松的、百花齐放的学术研究环境，使学术生态系统中所有学者能够保持“科学理性”的态度去对待科学知识与科研活动，形成和谐的学术共同体，并严格依据学术职业道德与操守，对科研活动中可能出现的风险与弊端进行防控，力求从“制度硬治理”和“道德软治理”两个层面共同推进学术治理体系现代化，从而不断优化大学学术生态环境。
（七）协调、平衡内部治理结构改革中的相关利益主体
在完善内部治理结构中，不可避免地会触及各方利益，并且，随着改革发展进入关键时期，以及教育改革的不断深入，因社会利益关系调整引发的人民内部矛盾大量显现，涉及教职工和学生切身利益的新矛盾新问题也不断涌现，且呈现复杂多样的趋势。尤其是如何彰显大学的学术属性，解决学术事务管理的效率与质量问题依然有待突破。改革试点中的利益协调还有待加强。在改革过程中，一些组织和机构的建立和撤并打破原有治理格局，涉及教职工切身利益的节点较多，敏感度较高，实践中突破起来较为困难。比如在学部制改革过程中，涉及一些院系教师归属的调整，如处理不好，会引发教师间的矛盾，影响到教学和科研的正常运转。