大学内部治理结构改革积弊较深，难以毕其功于一役

大学章程公信力不足。现在各个试点学校章程已经制定完成，由于章程建设工作时间紧、任务重，一些试点学校存在对其他法律条款的搬移或者对其他高校章程的抄袭。有些大学章程不是为了体现大学的办学理念，而是为了应付上级领导的检查，一旦领导检查过后，大学章程就束之高阁，再也没有去过问；也有些高校制定章程几乎是学校领导的事情，没有经过严格调查、讨论和论证，这样制定出来的章程，在实施过程中肯定会大打折扣，势必会严重降低章程的公信力；有的高校章程制定后还没有建立起一套完善的落实机制，从而导致现行章程“乏力”以及现行章程从未产生过令人敬畏的法律效力，严重影响了我国大学章程建设的进程。

行政本位比较严重。完善学校内部治理结构，要求对学校治理理念、结构、方式、效能等都有基本的制度规范，要求学校致力于构建一个能够完整体现改革理念和思路的配套机制和管理体制。但在实际建设过程中，试点高校普遍存在内部管理继续沿用政府行政部门的管理模式，行政职能交叉、行政代替学术管理现象较普遍，行政力量过分干预甚至统揽学术事务和学术管理活动；而作为具体开展学术事物的学术力量则处于被动弱势地位，在学术事务的决策上大多数教师处于被管理、被行政化的失语状态依然存在。

学术组织对学术事务的决策权不彰。从学术委员会的功能定位看，部分学校学术委员会没有决策权。有的学院仅仅把学术委员会和教授委员会作为一般学术事务的决策机构，重大学术事务还是由党政联席会议决定；还有的学院认为教授委员会只是学院的智囊团，只有咨询建议权，鲜有决策权。如果教授委员会没有决策权，则“教授治学”将继续沦为一纸空文而有名无实。

以学生为中心的办学理念尚须进一步深化。从试点高校管理的现状看，大学生参与学校管理的重要性已被大多数学校领导所认识，几乎所有试点学校在制定学校管理规定中都有关于学生参与学校管理的具体规定和条文，参与的事项包括教学质量监督、奖学金评定、学生违纪处理等。然而在实践中，学生参与学校决策基本停留在形式上，特别是在涉及学生重大核心利益方面，缺乏实质意义。阻碍大学开展学生参与决策和管理的关键不在于具体举措或有关模式，而在于思想观念，即大多数学校还没有真正树立“以学生发展为本”的理念，还不能或不愿有意识地去创设学生参与决策的路径，或者即使有意识，也创设了路径，但其“作秀”和“应对舆论”的成分还比较大。试点学校尚须进一步认真思考学生代表大会等关系学生权益、地位保护与确认的机制。